Les bactéries chimiotrophes sont des procaryotes qui utilisent l'énergie de composés chimiques comme source initiale d'énergie. On les distingue des bactéries phototrophes, lesquelles utilisent l'énergie lumineuse.

Ces bactéries utilisent des composés chimiques, par oxydo-réduction pour élaborer leurs propres constituants organiques. Selon la nature du composé utilisé, minéral ou organique (La chimie organique est une branche de la chimie concernant la description et l'étude d'une grande classe de molécules à base de carbone : les composés organiques.), on en distingue deux grands types :

• les bactéries (Les bactéries (Bacteria) sont des organismes vivants unicellulaires procaryotes, caractérisées par une absence de noyau et d'organites. La plupart des bactéries possèdent une paroi cellulaire glucidique, le...) chimio-lithotrophes utilisent des composés minéraux
• les bactéries chimio-organotrophes utilisent des composés organiques. Elles constituent l'immense majorité des eubactéries chimiotrophes.