Un organisme est dit saprophyte (σαπρ?ς pourri(huet), φ?τ? plante) s'il est capable de se nourrir de matière organique en décomposition.
Le saprophytisme est le fait de vivre en saprophyte.
Les micro-organismes saprophytes vivent dans l'eau, l'air ou le sol sans dépendre d'un autre être vivant. Ils se nourrissent de matières organiques en décomposition et la transforment en matière minérale.
La plupart des bactéries saprophytes sont inoffensives pour l'Homme. Leur rôle principal est le recyclage de la matière (surtout végétale) afin de maintenir l'équilibre biologique dans la nature. Certaines peuvent cependant devenir pathogènes, par exemple Clostridium tetani (responsable du tétanos).
La flore saprophyte désigne l'ensemble des bactéries nécessaires à l'organisme se situant dans les intestins. Ces bactéries symbiotiques sont indispensables pour la digestion des aliments et synthétisent de très nombreuses molécules nécessaires à la vie humaine ou animale telle que certaines vitamines.
De nombreux champignons se développent selon un mode de nutrition saprophyte et poussent sur des arbres ou des feuilles mortes. Ils participent ainsi à la formation de l'humus.
Cette capacité d'indépendance ne les empêche pas de participer à de nombreux types d'associations commensales ou mutualistes, notamment au niveau des mycorrhizosphères. La phytoremédiation a commencé ces dernières années à approfondir l'étude de ces fungi, qui influent grandement sur les différentes capacités des plantes à absorber les divers éléments contenus dans le sol. La mycorhizosphère est la rhizosphère des racines mycorhizées. Les champignons saprophytes mycorhiziens, en formant des mycorhizes où ils se nourrissent des cellules et autres déchets rejetés par les racines de la plante colonisée, induisent également un certain nombre de changements dans la physiologie des plantes, la disponibilité des nutriments, la composition des communautés microbiennes. Au-delà de la rhizosphère, les hyphes de champignons mycorrhiziens agissent comme les racines des plantes, et prolongent ainsi l'étendue de la rhizosphère en créant une nouvelle interface entre la plante et le sol : l'hyphosphère.
Ils jouent donc un rôle capital dans les cycles de la matière (cycle du carbone, de l'azote).
Quand l'hôte est une plante supérieure, celle-ci est généralement dépourvue de chlorophylle. Neottia, Limodorum et Monotropa seraient, grâce aux mycorhizes, les seuls genres saprophytes des pays tempérés.