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Posté par Isabelle le Dimanche 05/06/2016 à 12:00
Domestication des chiens: le mystère de son origine enfin levé
Non, l’ancêtre du chien n’est pas à 100 % asiatique, comme le pensaient la plupart des généticiens. Le meilleur ami de l’homme serait issu du croisement entre un cousin domestiqué en Asie de l’Est et un autre domestiqué en Europe (L’Europe est une région terrestre qui peut être considérée comme un continent à part entière, mais aussi comme l’extrémité occidentale du continent eurasiatique, voire comme une des...) de l’Ouest (L’ouest est un point cardinal, opposé à l'est. C'est la direction vers laquelle se couche le Soleil à l'équinoxe, le couchant (ou...). C’est ce que montre pour la première fois une étude internationale. Explications.


Crâne et mandibule de chien (Le chien (Canis lupus familiaris) est un mammifère domestique de la famille des canidés, proche du loup et du renard. Autrefois regroupé dans une espèce à part entière,...) provenant du site néolithique de Bercy (Paris, ca. 4000 av. J.-C.) où plusieurs spécimens ont été séquencés pour l’étude. J.-C. DOMENECH/MUSEE DE L'HOMME (Un homme est un individu de sexe masculin adulte de l'espèce appelée Homme moderne (Homo sapiens) ou plus simplement « Homme ». Par distinction, l'homme prépubère est...)

Retracer précisément l’histoire de la domestication du chien est crucial pour la recherche fondamentale (La recherche fondamentale regroupe les travaux de recherche scientifique n'ayant pas de finalité économique déterminée au moment des travaux. On oppose en général la recherche fondamentale à la...). Ce sujet nécessite une approche interdisciplinaire (Un travail interdisciplinaire intègre des concepts provenant de différentes disciplines.) comme l’illustre une nouvelle étude internationale (1) qui réunit des archéozoologues et des paleogénéticiens. Pilotés par une équipe de l’université d’Oxford en Angleterre (L’Angleterre (England en anglais) est l'une des quatre nations constitutives du Royaume-Uni. Elle est de loin la plus peuplée, avec 50 763 000 habitants (en...), ces travaux ont mobilisé plusieurs laboratoires français (2).

« En savoir plus à ce sujet permet d’en savoir plus sur notre propre histoire ; car l’histoire du chien constitue une part de l’histoire de l’humanité », explique Anne Tresset (3), archéozoologue à Paris (Paris est une ville française, capitale de la France et le chef-lieu de la région d’Île-de-France. Cette ville est construite sur une boucle de la Seine, au centre du bassin parisien, entre les confluents de la Marne et...) et coauteur de l’étude. En effet, d’une part, le chien présente la particularité d’être le premier à avoir été domestiqué par l’homme: « Il vit dans des sociétés humaines depuis la fin du Paléolithique supérieur, c’est-à-dire depuis au moins 15 000 ans. À titre de comparaison, la domestication des bovins, du mouton (Le mouton (Ovis aries) est un mammifère domestique herbivore de la famille des bovidés, de la sous-famille des Caprinés et du genre Ovis....), de la chèvre et du porc (Le porc (du latin porcus) qui se dit aussi cochon domestique (Sus scrofa domesticus) ou cochon des villes est un mammifère domestique omnivore de la famille des porcins, ou suidés proche du sanglier avec lequel il peut se croiser.) n’a eu lieu, elle, que plusieurs millénaires après, au Néolithique, soit il y a 10 500 ans », précise notre contact. D’autre part, le chien a un statut très particulier: « Il est le meilleur ami de l’homme, et le fut sans doute dès l’origine. On a par exemple retrouvé des ossements de chiens aux côtés de défunts dans des tombes de la culture (La Culture est une civilisation pan-galactique inventée par Iain M. Banks au travers de ses romans et nouvelles de science-fiction. Décrite avec beaucoup de précision et de...) proche-orientale natoufienne, remontant à l’Épipaléolithique, donc à plus de 11 000 ans… », poursuit Anne Tresset.

Pas UNE seule domestication de loups… mais DEUX !

Plus précisément, la nouvelle étude suggère que le chien dérive non pas d’une seule, mais de deux domestications indépendantes de loups: une, survenue en Europe il y a au moins 15 000 ans ; et l’autre, en Asie (L'Asie est un des cinq continents ou une partie des supercontinents Eurasie ou Afro-Eurasie de la Terre. Il est le plus grand continent (8,6 % de la surface totale terrestre ou 29,4 % des terres...) de l’Est, il y a au moins 12 500 ans. Puis entre le Ve et le IVe millénaire avant notre ère, des chiens d’Asie auraient migré vers l’Europe, sans doute en même temps (Le temps est un concept développé par l'être humain pour appréhender le changement dans le monde.) que des populations humaines. Là, ils se seraient reproduits avec des chiens européens. Leurs descendants auraient ensuite peu à peu remplacé les chiens d’origine.


Pétroglyphes datant de l'Age du bronze, représentant trois hommes avec des haches accompagnés de chiens. WERNER FORMAN ARCHIVE/BRIDGEMAN IMAGES

Dans les faits, les archéozoologues soupçonnent une double origine du chien depuis plusieurs décennies déjà. Et ce grâce à l’étude de restes de chiens anciens, datés de la fin du Paléolithique supérieur ou de l’Épipaléolithique. Problème, les généticiens restaient, eux, persuadés qu’il n’y avait eu qu’une seule domestication: en Asie.

Et pour cause: les généticiens en question analysaient l’ADN des chiens actuels. Lesquels appartiennent majoritairement à un ensemble (En théorie des ensembles, un ensemble désigne intuitivement une collection d’objets (les éléments de l'ensemble), « une multitude qui peut être comprise comme un tout », comme...) de lignées génétiques particulier, d’origine asiatique: l’haplogroupe A. « Le problème avec cette démarche est qu’en cas d’événements gommant complètement le pool génétique antérieur de la population analysée – comme ici, l’arrivée de chiens asiatiques en Europe –, il est impossible de “voir” ce qu’il y avait avant, soit ici le fait qu’il existait déjà, avant l’arrivée des chiens asiatiques, des chiens en Europe de l’Ouest, appartenant à l’haplogroupe C… », explique Anne Tresset.

Des os remontant à l’époque des tout premiers chiens

« La force (Le mot force peut désigner un pouvoir mécanique sur les choses, et aussi, métaphoriquement, un pouvoir de la volonté ou encore une vertu morale...) de notre nouvelle étude est justement qu’elle a permis d’analyser pour la première fois l’ADN de nombreux restes archéologiques couvrant une longue période de l’histoire du chien, les plus vieux remontant à 14 000 ans, soit au début de l’histoire évolutive de ce mammifère. De plus, nos échantillons provenaient de différentes zones géographiques en Europe (France, Suisse, Allemagne, Roumanie…) et en Asie (Iran, Turkménistan, Russie asiatique) », souligne la paléogénéticienne lyonnaise Catherine Hänni (4).

"La force de notre étude est qu’elle a permis d’analyser pour la première fois l’ADN de nombreux restes archéologiques."

Concrètement, les chercheurs ont reconstitué l’histoire évolutive des chiens en étudiant 59 restes archéologiques de chiens qui ont vécu entre 14 000 et 3 000 ans avant le présent. Les scientifiques ont extrait l’ADN ancien de ces ossements puis ont séquencé l’ADN mitochondrial (présent dans des structures particulières des cellules: les mitochondries). Le génome complet des restes d’un chien vieux de 4 800 ans a également été séquencé.

« Cette recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances scientifiques. Par extension métonymique, la...) n’aurait jamais abouti sans la collaboration étroite entre l’archéozoologie, la paléogénétique et l’analyse génomique », se réjouit Catherine Hänni.

Une alliance tripartite gagnante

En pratique, les archéozoologues ont permis l’accès aux différents restes archéologiques de chiens analysés ici, qu’ils avaient étudiés lors de précédentes études indépendantes. « À elle seule, notre équipe a fourni (Les Foúrnoi Korséon (Grec: Φούρνοι Κορσέων) appelés plus...) plus des trois quarts des échantillons étudiés », indique Anne Tresset. Puis, les paléogénéticiens – dont l’équipe lyonnaise de Catherine Hänni – ont extrait et séquencé l’ADN des ossements collectés par les archéozoologues. Enfin, l’équipe d’Oxford a réalisé une modélisation informatique (L´informatique - contraction d´information et automatique - est le domaine d'activité scientifique, technique et industriel en rapport avec le traitement automatique de l'information par des machines telles que les...) à partir des séquences génétiques anciennes et de celles de 2 500 chiens modernes étudiés précédemment. Ce qui a permis au final de reconstituer l’arbre (Un arbre est une plante terrestre capable de se développer par elle-même en hauteur, en général au delà de sept mètres. Les arbres acquièrent une structure...) évolutif du chien.


Séquençage des génomes de chiens modernes et d'un chien ancien (Newgrange, 4800 AP) montrant une divergence entre des ancestralités européennes (jaune) et asiatiques (rouge). © A. Frantz et al.,“Genomic and archaeological evidence suggest a dual origin of domestic dogs,” Science, 2016. 10.1126/science.aaf3161

Chose surprenante, cette modélisation a révélé une divergence entre les chiens originaires d’Asie de l’Est et ceux d’Europe, remontant à il y a moins de 14 000 ans… soit après l’apparition du chien en Europe ! D’où la conclusion qu’il y avait à l’origine deux populations distinctes de chiens: une en Asie et une en Europe. Autre résultat important: les analyses des ADN mitochondriaux des chiens modernes et anciens ont montré que, si la majorité des anciens chiens européens appartenaient à l’haplogroupe C (60 % des chiens) ou D (20 %), la plupart des chiens européens modernes sont de l’haplogroupe A (64 %) et B (22 %), tous deux d’origines asiatiques. Ce qui est cohérent avec une arrivée de chiens originaires d’Asie en Europe.

D’autres zones d’ombre à éclaircir

À l’avenir, les équipes d’Anne Tresset et de Catherine Hänni espèrent pouvoir éclaircir plusieurs autres zones d’ombre de l’histoire européenne et proche-orientale du chien. « Par exemple, nous voudrions tenter de comprendre pourquoi on trouve dans l’Ouest de l’Europe plutôt des chiens petits, alors qu’à l’Est de l’Europe on a plutôt des grands types. Plus largement, nous souhaiterions étudier les facteurs à l’origine de l’évolution de la taille, de la couleur (La couleur est la perception subjective qu'a l'œil d'une ou plusieurs fréquences d'ondes lumineuses, avec une (ou des) amplitude(s) donnée(s).) ou encore de la forme des chiens lors de leur histoire évolutive (sélection par l’homme,…) », précise Anne Tresset. L’histoire du chien est donc loin d’avoir livré tous ses secrets.

Notes:
1. « Genomic and archaeological evidence suggest a dual origin of domestic dogs », Science, 1er juin 2016.
2. Plate-forme nationale de paléogénétique (CNRS/ENS de Lyon), Institut (Un institut est une organisation permanente créée dans un certain but. C'est habituellement une institution de recherche. Par exemple, le Perimeter Institute for Theoretical...) de génomique fonctionnelle (En mathématiques, le terme fonctionnelle se réfère à certaines fonctions. Initialement, le terme désignait les fonctions qui en prennent d'autres en...) de Lyon (CNRS/ENS de Lyon/Univ. Lyon 1), Laboratoire d’écologie alpine (CNRS/Univ. Joseph Fourier/Univ. de Savoie) ; Archéozoologie, archéobotanique: sociétés, pratiques, environnements (CNRS/MNHN) ; Institut de génétique et développement de Rennes (CNRS/Univ. de Rennes 1).
3. Archéozoologie, archéobotanique: sociétés, pratiques, environnements.
4. Plate-forme nationale de paléogénétique, Institut de génomique fonctionnelle de Lyon, Laboratoire d’écologie alpine


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Source: CNRS Le journal
 
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