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Posté par Adrien le Lundi 08/05/2017 à 00:00
Les petites populations font de gros génomes

Représentation d'une section de la double hélice d'ADN
Pourquoi les tailles de génomes varient-elles si fortement d'une espèce à une autre ? Pour s'attaquer à cette question difficile, des chercheurs du Laboratoire d'écologie des hydrosystèmes naturels et anthropisés (LEHNA - CNRS (Le Centre national de la recherche scientifique, plus connu sous son sigle CNRS, est le plus grand organisme de recherche scientifique public français...) / Université (Une université est un établissement d'enseignement supérieur dont l'objectif est la production du savoir (recherche), sa conservation et sa transmission (études supérieures). Aux...) Lyon 1/ ENTPE) et du laboratoire biométrie et biologie (La biologie, appelée couramment la « bio », est la science du vivant. Prise au sens large de science du vivant, elle recouvre...) évolutive (LBBE, CNRS / Université Lyon 1) et de l'Université de Copenhague, ont étudié les génomes d'espèces qui ont colonisé un habitat unique: le milieu souterrain. Publié dans la revue Genome Research, les chercheurs ont montré que suite à la colonisation du milieu souterrain, la baisse des tailles de population conduit à une diminution de l'efficacité de la sélection naturelle à lutter contre les éléments répétés et envahissants du génome (Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce codé dans son ADN (à l'exception de certains virus dont le génome est porté par des molécules d'ARN). Il...). In fine, les tailles de génome dépendent bien des tailles de population.

Les tailles de génome d'eucaryotes sont extrêmement variables. Chez les animaux on observe des variations allant du plus petit génome découvert chez un nématode (20Mb, Pratylenchus coffea) à des génomes gigantesques comme chez le dipneuste (130Gb, Protopterus aethiopicus). Ces variations ont longtemps alimenté un débat (Un débat est une discussion (constructive) sur un sujet, précis ou de fond, annoncé à l'avance, à laquelle prennent part des individus ayant des avis, idées, réflexions ou opinions...) autour (Autour est le nom que la nomenclature aviaire en langue française (mise à jour) donne à 31 espèces d'oiseaux qui, soit appartiennent...) du paradoxe (Un paradoxe est une proposition qui contient ou semble contenir une contradiction logique, ou un raisonnement qui, bien que sans faille apparente, aboutit à...) de l'absence de relation entre taille des génomes et complexité (La complexité est une notion utilisée en philosophie, épistémologie (par exemple par Anthony Wilden ou Edgar Morin), en physique, en biologie (par exemple...) biologique. "Grâce au séquençage de génomes entiers, nous savons aujourd'hui que ces fortes variations de taille de génomes ne sont pas liées au nombre (La notion de nombre en linguistique est traitée à l’article « Nombre grammatical ».) de gènes portés par un génome mais sont en grande partie déterminées par l'activité (Le terme d'activité peut désigner une profession.) d'éléments capables de s'auto-répliquer (les éléments transposables)", explique Tristan Lefébure, chercheur (Un chercheur (fem. chercheuse) désigne une personne dont le métier consiste à faire de la recherche. Il est difficile de bien cerner le métier de chercheur tant les domaines de...) au LEHNA et co-auteur de l'article. Le mystère est maintenant de savoir pourquoi ces éléments sont beaucoup plus fréquents dans certaines espèces que dans d'autres.

Une hypothèse développée (En géométrie, la développée d'une courbe plane est le lieu de ses centres de courbure. On peut aussi la décrire comme l'enveloppe de la famille des droites normales à...) dans les années 2000 par Michael Lynch met en avant le rôle des tailles de population. Quand le nombre d'individu (Le Wiktionnaire est un projet de dictionnaire libre et gratuit similaire à Wikipédia (tous deux sont soutenus par la fondation Wikimedia).) d'une population décroît, les phénomènes stochastiques (ici la dérive génétique) augmentent et diminuent l'efficacité de la sélection naturelle à éliminer les mutations légèrement délétères. Lynch propose que l'activité des éléments transposables et l'augmentation des tailles de génomes ont un effet faible mais négatif sur la survie des organismes et que dans des conditions de faible taille de population, la sélection naturelle luttera moins efficacement contre la prolifération de ces éléments. La théorie (Le mot théorie vient du mot grec theorein, qui signifie « contempler, observer, examiner ». Dans le langage courant, une théorie est une idée ou une...) prédit donc une relation négative entre taille de population et taille de génome. Bien que formulée il y a 15 ans, cette hypothèse reste très difficile à tester à cause de l'absence de données (Dans les technologies de l'information (TI), une donnée est une description élémentaire, souvent codée, d'une chose, d'une transaction d'affaire,...) adéquates.

Pour tester cette hypothèse, les chercheurs ont utilisé un modèle de transitions écologiques depuis les eaux de surface (Une surface désigne généralement la couche superficielle d'un objet. Le terme a plusieurs acceptions, parfois objet géométrique, parfois frontière physique,...) vers les eaux souterraines. En effet de nombreuses espèces ont colonisé les eaux souterraines, et se faisant, elles ont colonisé un habitat pauvre en ressources nutritives, contraignant fortement leur taille de population. En sélectionnant des couples d'espèces de surface et leurs espèces soeurs souterraines (11 couples), l'équipe de scientifiques ont ainsi pu tester l'impact d'une diminution de taille de population sur la taille des génomes. Grâce au séquençage du transcriptome de ces 22 espèces, l'équipe de scientifiques a montré que les espèces souterraines accumulent plus rapidement des substitutions faiblement délétères dans leurs gènes, démontrant ainsi un lien direct entre le passage à la vie (La vie est le nom donné :) souterraine, la baisse des tailles de population et la diminution de l'efficacité de la sélection naturelle. En même temps (Le temps est un concept développé par l'être humain pour appréhender le changement dans le monde.) que l'efficacité de la sélection naturelle diminue, les chercheurs ont observé que chez les espèces souterraines les tailles de génomes augmentent sous l'effet de l'accumulation d'éléments transposables. Les habitats souterrains et les espèces qui les colonisent, offrent un théâtre écologique unique qui vient, 15 ans après la théorie, démontrer que les tailles de génomes sont sous le contrôle (Le mot contrôle peut avoir plusieurs sens. Il peut être employé comme synonyme d'examen, de vérification et de maîtrise.) des tailles de population.

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Source: CNRS-INEE