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Posté par Adrien le Samedi 09/12/2017 à 00:00
Les phages, redoutables nanomachines tueuses de bactéries: comment ça marche ?
Les bactéries aussi sont attaquées par des virus: les bactériophages. Ces particules sont formées d'une capside renfermant le matériel génétique et d'une queue reconnaissant l'hôte. Mais comment l'extrémité de la queue et la capside communiquent-elles ? En combinant cryo-microscopie électronique et cristallographie, des chercheurs de l'Institut (Un institut est une organisation permanente créée dans un certain but. C'est habituellement une institution de recherche. Par exemple, le Perimeter Institute for Theoretical Physics est un tel...) de biologie (La biologie, appelée couramment la « bio », est la science du vivant. Prise au sens large de science du vivant, elle recouvre une partie des sciences naturelles et de l'histoire naturelle des êtres vivants...) structurale ont répondu à cette question grâce à la détermination de la structure du tube de la queue. Ils révèlent qu'une protéine vernier repliée dans le tube de la queue, et non le tube lui-même, transmet à la capside l'information de reconnaissance de l'hôte bactérien. Cette étude a été publiée le 5 décembre 2017 dans la revue Nature Communications.


Figure. A. a. Structure de pb6, protéine majeure de la queue du bactériophage T5, représentée en ruban: les différents domaines sont indiqués de couleurs différentes. Bleu clair et bleu foncé: les deux sous domaines dupliqués. Jaune (Il existe (au minimum) cinq définitions du jaune qui désignent à peu près la même couleur :): domaine de liaison faible aux protéines. Rouge (La couleur rouge répond à différentes définitions, selon le système chromatique dont on fait usage.) et orange: lien entre les deux sous domaines et entre le dernier sous domaine et le domaine de liaison aux protéines, respectivement. b. Superposition (En mécanique quantique, le principe de superposition stipule qu'un même état quantique peut possèder plusieurs valeurs pour une certaine quantité observable (spin, position, quantité de mouvement etc.)) des deux sous domaines et c. superposition du premier sous domaine avec la protéine majeure de tube du système de sécrétion de type VI de Yersinia pestis, vus de côté et de dessus. B. a. Structure du tube de la queue déterminé à 6Å de résolution par cryo microscopie (La microscopie est l'observation d'un échantillon (placé dans une préparation microscopique plane de faible épaisseur) à travers...) électronique avant (bleu) et après (rose) interaction (Une interaction est un échange d'information, d'affects ou d'énergie entre deux agents au sein d'un système. C'est une action...) avec le récepteur bactérien. b. Coupes de la superposition des tubes avec le même code couleur (La couleur est la perception subjective qu'a l'œil d'une ou plusieurs fréquences d'ondes lumineuses, avec une (ou des) amplitude(s) donnée(s).), deux coupes vues de haut, une de côté. En jaune, un monomère de pb6 est ajusté dans un segment du tube. C. a. Ajustement de la structure de pb6 dans la densité du tube, vue (La vue est le sens qui permet d'observer et d'analyser l'environnement par la réception et l'interprétation des rayonnements lumineux.) de haut et de côté. Le ruban de pb6 est coloré selon le facteur de température de la protéine dans le cristal (Cristal est un terme usuel pour désigner un solide aux formes régulières, bien que cet usage diffère quelque peu de la définition scientifique de ce mot. Selon l'Union internationale de...): en bleu les structures plus rigides, en rouge, structures plus flexible. b. Droite: ajustement de pb6 dans tous les segments du tube. Gauche: comparaison de la structure du tube de T5 avec ceux du tube interne (En France, ce nom désigne un médecin, un pharmacien ou un chirurgien-dentiste, à la fois en activité et en formation à l'hôpital ou en cabinet pendant une durée variable...) de la queue du phage T4 et du tube interne de la pyocine R de [i]Pseudomonas aeruginosa. Les éléments structuraux importants dans les interactions entre monomères et retrouvés dans les différents tubes sont colorés de même couleur dans les trois tubes.
© Cécile Breyton[/i]

Les bactériophages, virus (Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se multiplier. Les virus existent sous une forme extracellulaire ou...) qui attaquent les bactéries, sont l'entité biologique la plus abondante et la plus diversifiée sur Terre (La Terre est la troisième planète du Système solaire par ordre de distance croissante au Soleil, et la quatrième par taille et par masse croissantes. C'est la plus grande et la plus massive des quatre...). Ils sont présents dans tous les biotopes, de la haute atmosphère aux fosses océaniques profondes en passant par nos intestins et le lait maternel (Cet article décrit le lait maternel humain.). Tueurs de bactéries, mais également vecteurs d'information génétique entre bactéries, les phages ont un rôle essentiel dans l'évolution, la diversité et la régulation des populations bactériennes. Ils ont par exemple un impact majeur sur les cycles biogéochimiques de la matière et sur le climat (Le climat correspond à la distribution statistique des conditions atmosphériques dans une région donnée pendant une période de temps donnée. Il se distingue de la météorologie qui...). Ils jouent également un rôle important dans l'acquisition (En général l'acquisition est l'action qui consiste à obtenir une information ou à acquérir un bien.) de toxines par les souches bactériennes qui peuvent alors devenir infectieuses pour l'homme (Un homme est un individu de sexe masculin adulte de l'espèce appelée Homme moderne (Homo sapiens) ou plus simplement « Homme ». Par distinction, l'homme...). Cependant, prédateurs naturels des bactéries, ils commencent à être utilisés pour soigner les maladies infectieuses dues à des bactéries qui sont de plus en plus résistantes aux antibiotiques.

Les phages sont, dans leur grande majorité, composés d'une capside renfermant le matériel génétique, et d'une queue protéique permettant la reconnaissance de l'hôte et l'injection (Le mot injection peut avoir plusieurs significations :) de l'ADN viral dans le cytoplasme de la bactérie. Ceci conduit au détournement de la machinerie biosynthétique de l'hôte au profit de la synthèse de nouveaux et nombreux virions, libérés en fin de cycle par l'éclatement de la bactérie.

Les auteurs de l'étude s'intéressent aux mécanismes moléculaires qui permettent aux phages d'injecter leur matériel génétique dans le cytoplasme de la bactérie après reconnaissance spécifique de leur hôte, en travaillant sur le phage T5 qui possède une longue queue flexible et qui attaque la bactérie Escherichia coli. Ils ont dans un premier temps (Le temps est un concept développé par l'être humain pour appréhender le changement dans le monde.) déterminé par cristallographie aux rayons X la structure atomique à 2,2 Å de résolution de la protéine majeure de queue pb6, mettant en évidence une duplication de domaine au sein (Le sein (du latin sinus, « courbure, sinuosité, pli ») ou la poitrine dans son ensemble, constitue la région ventrale supérieure du torse d'un animal, et en particulier...) de la protéine: chaque sous-domaine est l'homologue structural i) des protéines majeures de queue des phages à longue queue, contractile ou non, ii) des protéines majeures de tube du système de sécrétion de type VI de différentes bactéries et iii) de la protéine majeure du tube des pyocines R. Ces deux derniers systèmes sont des seringues moléculaires structuralement homologues aux queues contractiles des phages, que les bactéries ont hérité des phages pour en faire des machineries permettant d'injecter des toxines dans des cellules cible ou concurrentes, ou des bactéricides sécrétées par des souches de Pseudomonas aeruginosa, respectivement. Ainsi, les chercheurs ont pu confirmer que toutes ces protéines majeures de tube, bien que non reliées par homologie de séquence, ont une homologie de structure importante, confirmant leur origine commune.

Ils ont dans un deuxième temps déterminé la structure du tube de la queue du phage à 6 Å de résolution, avant et après reconnaissance de l'hôte, par cryo microscopie électronique. Ils ont pu montrer que, contrairement au mécanisme jusqu'alors proposé, l'information de reconnaissance de l'hôte n'est pas transmise jusqu'à la capside par le tube de la queue ! En effet, les deux structures sont identiques, à la résolution d'étude. Ils proposent que cette fonction soit assurée par la protéine vernier qui, insérée dans le lumen du tube, sert d'échafaudage à la polymérisation de la protéine majeure de queue et détermine la longueur (La longueur d’un objet est la distance entre ses deux extrémités les plus éloignées. Lorsque l’objet est filiforme ou en forme de lacet, sa longueur...) de la queue. Cette protéine serait repliée dans un état métastable au sein de la queue: l'interaction avec l'hôte induirait des modifications de la structure de l'extrémité de la queue, déstabilisant la protéine vernier qui serait alors expulsée de la queue. Ceci constituerait le signal ( Termes généraux Un signal est un message simplifié et généralement codé. Il existe sous forme d'objets ayant des formes...) permettant à la capside de s'ouvrir et libérer l'ADN viral. Aux vues de la grande conservation de structure des protéines majeures de queues, les auteurs proposent que ce mécanisme soit commun à tous les phages à longue queue, qui ne représentent pas moins de 86% des phages.

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Source: CNRS-INSB
 
Samedi 13 Janvier 2018 à 12:00:17 - Physique - 0 commentaire
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