Avec la demande globale en énergie, les biocarburants s'annoncent comme une alternative séduisante aux carburants fossiles, mais cela ne va pas sans inconvénients indiquent des chercheurs. Les cultures destinées aux biocarburants seront indirectement une cause substantielle d'émissions de gaz (Au niveau microscopique, on décrit un gaz comme un ensemble d'atomes ou de molécules très faiblement liés et quasi...) à effet de serre si les agriculteurs déboisent et utilisent plus d'engrais selon une nouvelle étude. Et les règles actuelles d'application du Protocole de Kyoto et de bourse du carbone (Table complète - Table étendue) ne prennent pas aussi précisément en compte les émissions dans l'atmosphère (Le mot atmosphère peut avoir plusieurs significations :) du carbone dues à la production de biocarburant (Les biocarburants (ou agrocarburants) au sens strict sont des carburants liquides produits à partir de plantes...) selon un article Policy Forum publié dans la revue Science.

Dans une première étude, Jerry Melillo, du Marine Biological Laboratory à Woods Hole dans le Massachusetts , et ses collègues ont eu recours à un modèle simulant les changements économiques et environnementaux pour prédire les effets indirects, liés à l'utilisation des terres, causés par les cultures de biocarburant cellulosique. Ceux-ci correspondent à des plantes ligneuses ou herbacées qui ont récemment été jugées comme étant plus avantageux que le maïs ou le soja, notamment parce qu'elles ne requièrent pas d'engrais et ne sont pas affectées par les marchés de l'agroalimentaire. Le problème est qu'il n'existe qu'une quantité (La quantité est un terme générique de la métrologie (compte, montant) ; un scalaire, vecteur, nombre...) limitée de terres où l'on peut faire de nouvelles cultures. Mellilo et ses collègues rapportent maintenant que si les cultures destinées aux biocarburants remplacent celles pour l'agroalimentaire, le déboisement pour avoir de nouvelles surfaces agricoles libèrera plus de carbone du sol que là où les cultures de biocarburants seront faites. Et le recours aux engrais pour développer ces nouvelles cultures sera une source importante de protoxyde d'azote (Table complète - Table étendue), une molécule bien plus efficace que le dioxyde de carbone pour retenir la chaleur (Dans le langage courant, les mots chaleur et température ont souvent un sens équivalent : Quelle chaleur !). "Une politique globale des émissions de gaz à effet de serre qui protège les forêts et encourage une meilleure utilisation des engrais azotés peut réduire de façon spectaculaire les émissions associées à la production des biocarburants" écrivent les auteurs.

Dans leur article Policy Forum, Timothy Searchinger, de l'Université (Une université est un établissement d'enseignement supérieur dont l'objectif est la production du savoir (recherche),...) de Princeton à Princeton dans le New Jersey , et ses collègues préviennent que les règles d'application du Protocole de Kyoto et de bourse du carbone contiennent une erreur "de contribution" majeure mais réparable à propos des bioénergies. Et ils précisent que si elle n'est pas corrigée, elle compromettra largement les objectifs de réduction des gaz à effet de serre. En effet, ces règles ne comptabilisent pas les émissions de dioxyde de carbone produites par la combustion (La combustion est une réaction chimique exothermique (c’est-à-dire accompagnée d’une production d'énergie...) des biocarburants puisque celle-ci ne fait que libérer le carbone initialement fixé par les plantes. Mais ces cultures induisent aussi la libération de carbone dans l'atmosphère par des voies indirectes telles que la destruction des forêts. Cette erreur, où les bioénergies sont considérées comme "neutres" du point (Graphie) de vue du carbone alors que ce n'est pas le cas pourrait, si elle est reproduite globalement fortement, inciter aux déboisements quand les objectifs de réduction des émissions se tendront.