Neurocrâne et splanchnocrâne sont issus de deux mécanismes embryologiques différents. Le neurocrâne est issue du mésenchyme. Ces éléments peuvent se présenter sous deux formes : une cartilagineuse qui forme le crâne cartilagineux ou chondrocrâne; crâne définitif chez les Chondrichtiens, les Myxine et les Lamproie. Chez tous les autres vertébrés cette forme est remplacée par une forme osseuse qui donne l'ostéocrâne.
Chez les mammaliens le chondrocrâne (ou neurocrâne) se forme à la base du crâne embryonnaire et se compose de trois noyaux cartilagineux: le basi-ethmoïde, le basi-sphénoïde et le basi-occipital. Les cartilages paracordaux se développent pour former la plaque basale et d'autres cartilages occipitaux se développent pour former l'arc occipitale (cartilage entourant complètement la corde). Des cartilages vont être associés à la plaque éthmoïde (issu du développement de cartilages trabéculaires): ce sont les capsules olfactifs et les capsules nasales. La moelle épinière se dilate dans le chondrocrâne en passant dans le foramen magnum. L'oreille interne occupera la capsule otique.
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