Les apiculteurs considèrent que le fipronil et l'imidaclopride, qui étaient largement employés en traitement des semences, sont responsables de mortalités importantes d'abeilles.
Dans le cadre de l'évaluation communautaire de la toxicité du fipronil, les autorités françaises ont transmis le 6 février 2004 à l'Agence européenne de sécurité sanitaire des aliments un projet de monographie concluant à la non-inscription du fipronil à cette annexe I de la directive 91/414/CEE. Cette proposition est fondée sur deux avis de la Commission d'étude de la toxicité des 19 novembre et 17 décembre 2003, recommandant la non-inscription du fipronil « compte tenu des préoccupations majeures pour l'environnement et les espèces sauvages (organismes aquatiques, abeilles, oiseaux et mammifères sauvages) ».
En France, par une décision en date du 24 février 2004, publiée au Journal officiel par un avis du 27 février 2004, il a été procédé :
Ces décisions ont été annulées par le Conseil d'État le 4 avril 2005 en raison d'un vice de forme, le ministère de l'agriculture n'ayant pas accordé à la société BASF, avant de prendre sa décision, le nombre de jours suffisants pour formuler ses observations.
Considérant qu’il y a lieu de suspendre, jusqu’à la fin de la procédure communautaire d’évaluation, la mise sur le marché des semences traitées avec des produits phytopharmaceutiques contenant du fipronil, trois arrêtés sont alors pris :
Un rapport d'étude (Évaluation des risques pour la santé humaine liés à une exposition au fipronil) publié conjointement par l'AFSSA et l'AFSSE en France le 5 avril 2005 conclut que l'utilisation du fipronil, dans les conditions normales d'usage, ne présente pas de danger pour l'homme, qu'il s'agisse de la population générale au travers des résidus alimentaires ou par exposition aux insecticides domestiques, ou des populations professionnelles (agents des usines de production et des stations de semences, agriculteurs). L'étude ne traite pas des effets du fipronil sur l'environnement, la faune et la flore.
En revanche, le fipronil est largement utilisé comme antipuces pour animaux domestiques en usage vétérinaire et domestique.
Sur le plan de l’écotoxicologie, les concentrations létales 50 (CL50) dont l'ordre de grandeur est indiqué ci-après, sont observées :