La marque « iPhone » a été au centre d'un contentieux entre Apple et la société Cisco. Cette dernière a racheté en 2000 la société Infogear, qui avait déposé cette marque le 20 mars 1996 (Infogear avait hérité des droits sur la marque après que la société l'ayant précédemment déposée, Cisco, renonça à l'exploiter). Cisco, via sa filiale Linksys, a ensuite utilisé cette marque pour commercialiser différents produits destinés à des appareils utilisant la technologie VoIP, mais n'en a pas fait usage avant 2006, lorsque la société renouvelle ses droits sur la marque auprès de l'USPTO le 4 mai 2006 en l'amendant, selon le règlement, d'une photo d'un produit Linksys portant la marque « iPhone » sur son emballage. En décembre 2006, Cisco présente une nouvelle gamme de produits sous cette marque.
Apple avait fait l'acquisition du nom de domaine iphone.org en 1999. Selon Cisco, les deux sociétés étaient en cours de négociations lorsque Apple, le 9 janvier 2007, utilise la marque pour présenter son produit, sans qu'un accord final ait été trouvé. Cisco intente dès le lendemain une action en justice auprès de la United States District Court for the Northern District of California, avec pour but officiel d'empêcher Apple d'utiliser délibérément la marque « iPhone ». Apple a considéré que de nombreuses sociétés utilisaient déjà cette marque, et qu'elle était la première à l'utiliser pour un téléphone mobile. Cisco aurait perdu les droits sur la marque en 2006, après avoir manqué de renouveler son dépôt avant le 16 novembre 2005, soit six ans après l'enregistrement de la marque.
Pour mettre fin à cette querelle, Apple et Cisco ont signé un accord le le 21 février 2007.
L'iPhone a été critiqué pour l'absence de certaines fonctionnalités par rapport à des produits concurrents comme la radio FM, l'impossibilité d'afficher une vue par semaine dans le calendrier, l'absence d'une option « accusé de réception » pour un message , l'absence de support de Flash et de Java dans le navigateur : l'ajout futur de cette fonctionnalité est réellement peu probable, au vu de l'opinion de Steve Jobs sur ces technologies, ainsi que de l'aveu d'Adobe de son désintéressement pour ce projet ;
L'iPhone est un téléphone toxique selon Greenpeace. L'association écologiste a soumis l'iPhone à un laboratoire d'analyses indépendant. Il en ressort que le produit phare de la firme américaine intègre un certain nombre de produits toxiques.
L'ONG dénonce la présence d'éléments dangereux dans l'appareil d'Apple. Le téléphone d'Apple recèle des substances et des matériaux nocifs pour l'environnement. Un résultat décevant étant donné que Steve Jobs avait annoncé vouloir faire de son entreprise « une pomme plus verte ».
Apple s'était notamment engagé sur l'élimination du polychlorure de vinyle (PVC) et des retardateurs de flamme bromés (RFB) d'ici à la fin de 2008, des substances qui ont précisément été repérées dans l'iPhone. Le constructeur en est donc resté au stade des intentions.
Pratiquée par un laboratoire anglais, la dissection de l'iPhone a révélé la présence de composants bromés, représentant 10 % du poids du circuit imprimé flexible de l'antenne. De l'antimoine et des esters de phtalates ont aussi été détectés. Des substances reconnues comme toxiques - les phtalates sont interdits pour la fabrication de jouets en Europe - mais qui ne sont pas proscrites dans l'industrie des télécoms.
Le laboratoire a également constaté que la batterie de l'iPhone était soudée dans le combiné, ce qui nuira au recyclage. « Apple respecte la directive RoHS, qui interdit certains produits, concède Yannick Vicaire, qui mène les campagnes d'alerte sur les produits toxiques chez Greenpeace. Mais sachant que la réglementation est loin d'être assez stricte, on pouvait attendre beaucoup mieux de la part d'un constructeur qui dit « réinventer le téléphone » ! »
Aujourd'hui, avec sa dernière étude, l'association met de nouveau sur la sellette une marque, reconnue pour sa modernité et sa créativité. Et ce ne sont pas les concurrents comme Nokia, Motorola et Sony Ericsson qui vont s'en plaindre. D'autant qu'ils sont plutôt cités en exemple par Greenpeace.
Depuis la sortie de l'iPhone, divers dysfonctionnements se sont produits suivant le modèle de l'iPhone : l'iPhone 3G et 3GS sont la cible d'explosions inexpliquées lors d'une utilisation normale de l'appareil. De plus de nombreux problèmes de fissures sont apparus ; cependant, les problèmes observés ci-dessus ont été corrigés lors de nouvelles fabrications des produits ou ont été échangés sous garanties.
Peu après que l'iPhone 4 fut lancé, plusieurs consommateurs ont rapporté que la puissance de l'appareil était fortement diminuée si l'appareil était tenu par le coin gauche inférieur. Apple a publié un communiqué qui affirme que les utilisateurs ne « devraient pas tenir [le téléphone] par le coin gauche inférieur » lorsqu'ils font ou reçoivent un appel téléphonique.
Le 2 juillet 2010, plusieurs clients d'Apple et AT&T avaient l'intention de les poursuivre pour ce « défaut ». Un bureau d'avocats californiens a mis en ligne un site pour faciliter leur recrutement visant à entamer une telle poursuite. Plus tard la même journée, Apple a émis un communiqué que ses ingénieurs avaient découvert la cause de la « chute dramatique dans les barres » : la formule utilisée pour calculer le nombre de barres à afficher était « fautive ». La société a promis de corriger ce problème et a publié une mise à jour logicielle quelques semaines plus tard. Cette « erreur » était présent depuis le lancement du premier iPhone. The New York Times a commenté cette situation : « l'incapacité à détecter ce problème, présent depuis longtemps, est incroyable ». Cet « antennagate » a entrainé le départ de Mark Papermaster (« senior vice president of Devices Hardware Engineering »), débauché un an auparavant d'IBM.
Consumer Reports a rejeté les affirmations d'Apple après avoir conduit des expériences en milieu contrôlé et comparé les résultats avec ceux d'iPhone des générations précédentes. Le magazine recommande aux consommateurs qui « veulent un iPhone qui fonctionne bien sans appliquer un correctif temporaire » d'acheter plutôt un iPhone 3GS. Le magazine rapporte également qu'un cadre métallique protecteur vendu par Apple, lequel empêche un contact direct avec l'antenne, corrige le problème. CNN a rapporté que coller un bout de duct tape suffit à corriger ce problème. Le 16 juillet 2010, Apple a annoncé qu'elle remettrait gratuitement un étui à tous les propriétaires d'iPhone 4 et qu'elle rembourserait tout propriétaire ayant acquis un cadre métallique d'Apple. Consumer Reports affirme que la solution proposée est un pas dans la bonne direction, mais n'est pas permanente. Cependant, Steve Jobs n'ayant publié aucun échéance pour mettre fin au problème et l'offre relative aux étuis et aux cadres métalliques étant temporaire, PC World a décidé de retirer le produit de sa liste des 10 meilleurs téléphones cellulaires.
Les problèmes relatifs à l'antenne sont surtout détectés aux États-Unis et au Royaume-Uni. À Hong Kong et à Singapour, pratiquement personne n'a signalé un tel problème. Malgré une couverture médiatique souvent négative relativement à l'antenne, 72 % des utilisateurs du iPhone 4 seraient très satisfaits.
Apple ayant, semble-t-il, caché volontairement les problèmes d'antenne du iPhone 4, cette situation a été désignée par « antennagate ».