Diplômée de l’École des hautes études commerciales (HEC), de l’École nationale d'administration (ENA) et de l’Institut Multi-médias, Isabelle Falque-Pierrotin (née Boulin) est conseiller d'État.
Elle est entrée au Conseil d'État en 1986. Elle a été directeur auprès du président de Bull de 1991 à 1993. Elle est nommée directeur-adjoint au cabinet de Jacques Toubon, ministre de la Culture et de la communication, de 1993 à 1995.
Elle est ensuite experte auprès de l'OCDE de 1996 à 1997 en matière de développement de la coopération internationale sur l'Internet.
A partir de 1998, elle est rapporteur générale de la Section du rapport et des études du Conseil d'État. Elle coordonne le rapport du Conseil d'État publié en 1998 sur l'Internet et les réseaux numériques.
Elle est chargée en décembre 2000 de mettre en place le Forum des droits sur l'internet dont elle est la déléguée générale et la présidente du Conseil d'orientation depuis mai 2001.
Elle a épousé Thierry Falque-Pierrotin, président directeur général de Redcats.