Le Boeing 747-400 est actuellement le seul Boeing 747 en production et reste le plus gros avion commercial en service avant l'introduction de l'Airbus A380. La série -400 est la plus vendue et plus aboutie de la famille 747. L'appareil va être supplanté par le Boeing 747-8, attendu pour l'année 2008.
Annoncé en Octobre 1985, l'avion vola pour la première fois le 29 avril, 1988. La certification a été reçue le 10 janvier, 1989 avec les moteurs PW4000, le 18 mai, 1989 avec des CF6-80C2s et le 8 juin, 1989 avec des RB211-524Gs. Le premier 747-400 a été livré à la Northwest Airlines le 26 janvier, 1989, avec une entrée en service le 9 février.
Comparé au 747-300, le 747-400 voit ses ailes poussées de 2m avec supplément à leur bout des winglet, un cockpit équipé d'instruments électroniques (glass cockpit) supprimant ainsi le poste d'ingénieur de vol, un réservoir de queue, des moteurs ainsi que le fuselage et les ailes améliorés et de nouveaux divertissement proposés à bord de l'appareil
Alors que l'envergure a été augmentée, le poids total des ailes a diminué du à l'utilisation de matériaux composites et d'alliage d'aluminium.
Le 747-400F (Freighter) est un appareil entièrement dédié au fret qui utilise le fuselage du 747-200F. Le premier vol eut lieu le 4 mai, 1993 et est entré en service avec Cargolux Airlines le 17 novembre, 1993. Parmi les compagnies clientes on peut compter Atlas Air, Cargolux, China Airlines, Korean Air, Nippon Cargo Airlines, Polar Air Cargo, et Singapore Airlines.
La United States Air Force a acheté sept 747-400Fs pour les utiliser en guise de gros-porteur d'un laser embarqué (Boeing YAL-1). L'appareil a été grandement modifié afin de supporter une tourelle montée sur le nez et un équipement COIL (Chemical Oxygen Iodine Laser) ou encore Laser Chimique Iode-Oxygène.
Le 747-400M (possibilité de basculer de transport de passager à fret) vola pour la première fois le 30 juin, 1989 et entra en service avec KLM le 12 septembre, 1989. Le -400M possède une grande porte cargo à l'arrière du fuselage.
Le 747-400D (D pour domestique) est un modèle possédant une grosse densité de siège principalement destiné aux trajets nationaux. Avant la venue de l'A380, c'était l'avion avec la plus grande capacité passager au monde. Le -400D ne possède pas d'extension de bout d'aile et de winglets, réduisant ainsi le stress sur les ailes dû aux nombreux décollages/atterrissages. Le -400D peut être facilement converti vers la version longue distance au besoin.
Le premier vol eut lieu le 18 mars, 1991 et l'appareil pris son service avec Japan Airlines le 22 octobre, 1991.
Le 747-400ER (ER pour Extended range ou autonomie étendue) a été lancé le 28 novembre, 2000 à la suite d'une commande de Qantas pour 6 appareils. Le -400ER peut voler 805km supplémentaires et emporter 6800kg de fret en plus. Qantas reçu le premier -400ER le 31 octobre, 2002. Ce modèle présente une décoration intérieure proche de celle du 777, connu sous le nom de Boeing Signature Interior (Signature Intérieure de Boeing).
Le 747-400ERF est la version fret du -400ER, lancé le 30 avril, 2001. Le -400ERF a été livré à Air France (via ILFC) le 17 octobre, 2002.
Le 747-400SF (Special Freighter) est un programme de conversion de 747-400 passagers en version cargo. Le projet a été lancé en 2004.
Le 747-400LCF (Large Cargo Freighter) est une version modifiée du 747-400 que Boeing utilisera à partir de 2007 pour transporter les éléments de fuselage du 787 Dreamliner et d'autres éléments structurels depuis les sites de production en Italie et au Japon vers l'usine d'assemblage à Seattle aux États-Unis. Il est comparable au Beluga d'Airbus et au Super Guppy de Aero Spacelines, Inc..
2 catastrophes aériennes (avec perte de l'appareil) ont à ce jour impliqué un Boeing 747-400 faisant au total 83 morts: