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Posté par Adrien le Mercredi 30/07/2014 à 00:00
Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain
Toutes les séquences de notre ADN ne sont pas "codantes" et ne sont donc pas exprimées sous forme de protéine. La détection et la caractérisation des millions de gènes présents dans l'immense masse d'information représentée par les quelques 3 milliards de paires de base azotées qui composent notre ADN est une tâche extrêmement complexe, et qui continue encore aujourd'hui à faire débat (Un débat est une discussion (constructive) sur un sujet, précis ou de fond, annoncé à l'avance, à laquelle prennent part des individus ayant des...) depuis les tous premiers essais de séquencement systématique (En sciences de la vie et en histoire naturelle, la systématique est la science qui a pour objet de dénombrer et de classer les taxons dans un certain ordre, basé sur des principes divers. Elle ne doit...) réalisés dans le cadre du Projet (Un projet est un engagement irréversible de résultat incertain, non reproductible a priori à l’identique, nécessitant le concours et l’intégration d’une grande diversité de...) Génome (Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce codé dans son ADN (à l'exception de certains virus dont le...) Humain lancé en 1990.

Une étude dirigée par Alfonso Valencia, et Michael Tress du groupe de recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances scientifiques....) Biologie (La biologie, appelée couramment la « bio », est la science du vivant. Prise au sens large de science du vivant, elle recouvre une partie des sciences naturelles et de...) Informatique (L´informatique - contraction d´information et automatique - est le domaine d'activité scientifique, technique et industriel en rapport avec le traitement automatique de l'information...) Structurelle au CNIO, a récemment actualisé le nombre (La notion de nombre en linguistique est traitée à l’article « Nombre grammatical ».) de gènes humains -qui sont traduits en protéines- à 19.000, soit 1 700 de moins que le dernier chiffre (Un chiffre est un symbole utilisé pour représenter les nombres.) estimé, et un chiffre très inférieur aux 100.000 gènes estimés le Prix Nobel Walter Gilbert, de l'université Harvard (L’université Harvard (Harvard University), ou plus simplement Harvard, est une université privée américaine située à Cambridge dans le...), dans les années 1980. Ce travail, publié dans la revue Human Molecular Genetics, conclue que la quasi-totalité de ces gènes ont une origine antérieure à l'apparition des premiers primates (Les primates (du latin primas, atis signifiant « celui qui occupe la première place ») constituent un ordre au sein des mammifères placentaires. Ce clade regroupe les singes - dont l'homme - ainsi que quelques...) il y a plus de 50 millions d'années.

Les scientifiques se sont basé sur des analyses protéomiques à grande échelle (La grande échelle, aussi appelée échelle aérienne ou auto échelle, est un véhicule utilisé par les sapeurs-pompiers, et qui emporte une échelle escamotable de grande hauteur. Le terme...) pour déterminer une "carte" des protéines humaines, à partir de laquelle identifier les gènes à l'origine de la production de ces protéine (Une protéine est une macromolécule biologique composée par une ou plusieurs chaîne(s) d'acides aminés liés entre eux par des liaisons...) et ainsi vérifier leur existence. Pour cela, ils ont intégré les données (Dans les technologies de l'information (TI), une donnée est une description élémentaire, souvent codée, d'une chose, d'une transaction d'affaire, d'un...) de 7 précédents travaux de spectrométrie de masse (La spectrométrie de masse est une technique d'analyse chimique permettant de détecter et d'identifier des molécules d’intérêt par mesure de leur...) -qui est l'outil (Un outil est un objet finalisé utilisé par un être vivant dans le but d'augmenter son efficacité naturelle dans l'action. Cette augmentation se traduit par la simplification des actions entreprises, par une plus grande...) le plus puissant de détection de molécules, qui avaient pour objectif l'identification de protéines provenant de plus de 50 tissus humains.

Les résultats obtenus ont mis en lumière (La lumière est l'ensemble des ondes électromagnétiques visibles par l'œil humain, c'est-à-dire comprises dans des longueurs d'onde de 380nm...) un peu plus de 12.000 protéines que les scientifiques ont ensuite pu relier aux régions correspondantes du génome humain. Suite à cela, ils ont analysé des milliers de gènes qui apparaissaient dans d'autres bases de données mais pas dans leur étude. Il leur est alors apparu qu'un total ( Total est la qualité de ce qui est complet, sans exception. D'un point de vue comptable, un total est le résultat d'une addition, c'est-à-dire une somme. Exemple : "Le total des dettes". En physique le total n'est pas forcément...) de 1 700 gènes qui étaient considérés comme tel n'en était pas en réalité, pour différentes raisons. Une hypothèse dérivée (La dérivée d'une fonction est le moyen de déterminer combien cette fonction varie quand la quantité dont elle dépend, son argument, change. Plus précisément,...) de ce travail est que plus de 90% des gènes humains codant pour des protéines sont apparu chez des métazoaires ou des organismes pluricellulaires du règne animal (Un animal (du latin animus, esprit, ou principe vital) est, selon la classification classique, un être vivant hétérotrophe, c’est-à-dire qu’il se nourrit de...) il y a plus de 100 millions d'années.

Pour David de Juan, un des auteurs de l'étude, les chiffres obtenus indiquent que le nombre de gènes qui séparent l'homme (Un homme est un individu de sexe masculin adulte de l'espèce appelée Homme moderne (Homo sapiens) ou plus simplement « Homme ». Par distinction, l'homme...) de la souris (Le terme souris est un nom vernaculaire ambigu qui peut désigner, pour les francophones, avant tout l’espèce commune Mus musculus, connue aussi...) (qui est apparue avant les primates sur l'échelle de l'évolution) pourrait être inférieur à 10. La source de la complexité (La complexité est une notion utilisée en philosophie, épistémologie (par exemple par Anthony Wilden ou Edgar Morin), en physique, en biologie (par exemple par Henri Atlan),...) de notre organisme réside d'avantage dans la manière dont nos gènes sont utilisés et dans les modifications chimiques qui affectent les protéines qui en sont issues, que dans leur nombre. Le projet international ENCODE, lancé en 2003, a également démontré que cette complexité réside aussi dans le contrôle (Le mot contrôle peut avoir plusieurs sens. Il peut être employé comme synonyme d'examen, de vérification et de maîtrise.) de la production des protéines par des régions non codantes du génome - anciennement appelées "ADN poubelle" - qui constitue notre génome à 90%.

Les résultats de l'étude menée par le CNIO font partie des résultats de GENCODE, un consortium scientifique (Un scientifique est une personne qui se consacre à l'étude d'une science ou des sciences et qui se consacre à l'étude d'un domaine avec la rigueur et les méthodes scientifiques.) intégré au projet ENCODE, et auquel participent plusieurs groupes de recherche du monde (Le mot monde peut désigner :) entier, pour introduire les nouvelles annotations du génome humain. Les données obtenues par l'équipe de Valencia sont actuellement étudiées par GENCODE pour être incorporées dans les nouvelles annotations.

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Source: BE Espagne numéro 139 (18/07/2014) - Ambassade de France en Espagne / ADIT - http://www.bulletins-electroniques.com/actualites/76412.htm