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Posté par Michel le Mercredi 30/11/2011 à 00:00
L'interaction ARN-protéine: démêler pour mieux observer
Comment les protéines ribosomiques participent-elles à la formation et à la stabilisation de la structure biologiquement active du ribosome ? Pour étudier cette question, des chercheurs du Laboratoire de Nanobiophysique de l'unité Gulliver (CNRS/ ESPCI) et du Laboratoire d'Expression Génétique (La génétique (du grec genno γεννώ = donner naissance) est la science qui étudie l'hérédité et les gènes.) Microbienne (CNRS) se sont focalisés sur la protéine (Une protéine est une macromolécule biologique composée par une ou plusieurs chaîne(s) d'acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques. En général, on parle de...) ribosomique L20 d'Escherichia coli. Ils ont étiré à l'aide de pièges optiques des molécules individuelles d'ARN et ont observé l'interaction (Une interaction est un échange d'information, d'affects ou d'énergie entre deux agents au sein d'un système. C'est une action réciproque qui suppose l'entrée en contact de sujets.) avec la protéine L20. L'utilisation de cette technique montre de manière directe que la protéine agit comme une pince (Une pince est un dispositif mécanique ou un outil, ayant pour fonction de pincer quelque chose d'autre, c'est-à-dire serrer pour saisir ou maintenir.) stabilisant la structure de ses sites de liaison à l'ARN, qui constituent le coeur du fonctionnement du ribosome. Les chercheurs ont publiés ce travail dans les Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A.

Le ribosome est une magnifique machine moléculaire responsable de la traduction de l'ARN messager, c'est à dire de la synthèse des protéines. Chez E. coli, il est constitué de trois molécules d'ARN et de cinquante quatre protéines ribosomiques. L'ARN ribosomique (ARNr) est l'acteur (Un acteur est un artiste qui incarne un personnage dans un film, dans une pièce de théâtre, à la télévision, à la radio, ou même dans des spectacles de rue. En plus de l'interprétation proprement dite, un acteur (ou...) principal de la traduction. Dans le ribosome, l'ARNr adopte une structure bien définie qui est indispensable à son activité (Le terme d'activité peut désigner une profession.) biologique. Cette structure est très bien connue aujourd'hui, mais le rôle des protéines ribosomiques dans l'assemblage du ribosome et dans sa stabilisation reste mal comprise.

Pour répondre à cette question, les chercheurs ont tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprété comme le monde ou l'univers.) d'abord démontré qu'en utilisant la technique des pinces optiques, ils pouvaient dérouler et étirer des structures d'ARN insérées dans une construction moléculaire tendue entre deux billes (voir Fig.1 et l'insert de la Fig.2).


Figure 1: Vue d'artiste (Est communément appelée artiste toute personne exerçant l'un des métiers ou activités suivantes :) de l'expérience. On voit au premier plan la partie C-terminale de la protéine L20 (bleu) qui pince la molécule (Une molécule est un assemblage chimique électriquement neutre d'au moins deux atomes, qui peut exister à l'état libre, et qui représente la plus petite quantité de matière...) d'ARN (or). L'ARN forme une double hélice (Hélice est issu d'un mot grec helix signifiant « spirale ». Un objet en forme d'hélice est dit hélicoïdal.) avec des brins d'ADN (argent), les hélices ainsi formées sont liées à des billes. Une bille tenue dans un piège optique (L'optique est la branche de la physique qui traite de la lumière, du rayonnement électromagnétique et de ses relations avec la vision.) est visible à l'arrière-plan.
© Pierre Mageol

Les chercheurs ont ensuite réitéré l'étirement des fragments d'ARN, cette fois-ci en présence de la protéine L20. En mesurant la force (Le mot force peut désigner un pouvoir mécanique sur les choses, et aussi, métaphoriquement, un pouvoir de la volonté ou encore une vertu morale « cardinale » équivalent au courage...) en fonction de l'étirement, ils ont constaté que la protéine rend un fragment d'ARN plus difficile à étirer, donc mécaniquement plus stable (Fig.2). Ce fragment d'ARN correspond à celui comportant le site de reconnaissance de la protéine. Par la même occasion, les chercheurs ont pu localiser ce site avec une précision de l'ordre du nucléotide.

Ce travail montre directement que la protéine L20 agit comme une pince, stabilisant la structure de son site de liaison à l'ARN ; en revanche, L20 est incapable d'accélérer la formation de ce site si celui-ci n'est pas initialement présent. En résumé, sur cet exemple de l'interaction L20-ARN, les chercheurs ont démontré que l'étirement d'un fragment d'ARN permet de dire où et avec quelle affinité il interagit spécifiquement avec une protéine. Aucune autre technique ne peut donner cette double information. Ces résultats présentent un intérêt général pour la biologie (La biologie, appelée couramment la « bio », est la science du vivant. Prise au sens large de science du vivant, elle recouvre une partie des sciences...) (assemblage du ribosome et régulation (Le terme de régulation renvoie dans son sens concret à une discipline technique, qui se rattache au plan scientifique à l'automatique.) de la traduction) et la physique (La physique (du grec φυσις, la nature) est étymologiquement la « science de la nature ». Dans un sens général et...) (physique statistique (Une statistique est, au premier abord, un nombre calculé à propos d'un échantillon. D'une façon générale, c'est le...) et mesures de force sur molécule unique).


Figure2: Etirement d'un fragment de 173 nucléotides provenant de l'ARN 23S et contenant le site de fixation de L20. Le graphe montre la relation entre force et déplacement ( En géométrie, un déplacement est une similitude qui conserve les distances et les angles orientés. En psychanalyse, le déplacement est mécanisme de défense déplaçant la valeur, et finalement le sens En...) en absence (rouge) et en présence (bleu) de la protéine L20. Les chutes de force correspondent au dépliement de la structure d'ARN. On voit que le fragment s'ouvre à une force plus grande en présence de L20. Insert: schéma de l'expérience.
©PNAS

Ces travaux ont été menés dans le cadre de la thèse (Une thèse (du nom grec thesis, se traduisant par « action de poser ») est l'affirmation ou la prise de position d'un locuteur,...) que Pierre Mangeol a préparé au Laboratoire de Nanobiophysique dirigé par Ulrich Bockelmann.

Le Laboratoire de Nanobiophysique étudie les propriétés physiques des acides nucléiques ADN et ARN, sur les principes physiques de l'activité des protéines qui manipulent les acides nucléiques et sur de nouvelles approches pour extraire l'information génétique de l'ADN. L'Unité "Expression Génétique Microbienne", dirigée par Marc Dreyfus, se consacre à l'étude fondamentale (En musique, le mot fondamentale peut renvoyer à plusieurs sens.) de l'expression génétique des micro-organismes, particulièrement E. coli, Bacillus subtilis, et Saccharomyces cerevisiae.

La protéine L20 reconnaît spécifiquement d'une part l'ARN ribosomique 23S et d'autre part son propre ARN messager

Les pinces optiques sont des outils qui utilisent des faisceaux laser (Un laser est un appareil émettant de la lumière (rayonnement électromagnétique) amplifiée par émission stimulée. Le terme laser provient de...) pour maintenir et déplacer physiquement des objets diélectriques (qui ne conduisent pas le courant électrique) comme des billes de plastique ou des cellules biologiques.


Référence:

P. Mangeol, T. Bizebard, C. Chiaruttini, M. Dreyfus, M. Springer and U. Bockelmann
Probing ribosomal protein-RNA interactions with an external force
Proc. Natl. Acad. Sci. 108, 18272, 24 octobre 2011, (doi: 10.1073/pnas.1107121108


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Source: CNRS-INSB
 
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