Maladies du foie: lancement d'un projet de recherche pan-européen sur le microbiome
Publié par Isabelle le 07/02/2019 à 14:00
Source: INRA
Vingt-deux institutions européennes, dont pour la France: le CEA (1), l'Inra (2) et la société de biotechnologie Vaiomer, s'allient pour lutter contre les maladies du foie en phase terminale et les insuffisances du foie (Le foie est un organe abdominal impair et asymétrique, logé chez l'homme dans l'hypocondre droit, la loge sous-phrénique droite, la partie supérieure du creux épigastrique puis atteint l'hyponcondre et...), grâce à des stratégies thérapeutiques personnalisées prenant en compte le microbiome (3). MICROB-PREDICT, projet (Un projet est un engagement irréversible de résultat incertain, non reproductible a priori à l’identique, nécessitant le concours et...) de recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances...) financé par l'Union européenne a été lancé les 28, 29 et 30 janvier 2019 à Barcelone (Barcelone (Barcelona en catalan et en castillan) est une commune de Catalogne - Espagne, située dans la province de Barcelone. Elle est la capitale historique, administrative et économique de la Catalogne....).

MICROB-PREDICT vise à élaborer des stratégies thérapeutiques personnalisées, en prenant en compte le microbiome, afin de traiter la cirrhose (La cirrhose est une maladie chronique du foie dans laquelle l'architecture hépatique est bouleversée de manière diffuse par une destruction des cellules du foie...) décompensée, de prévenir l'ACLF, la défaillance aiguë chronique du foie, et de réduire la mortalité en menant des recherches sur le microbiome intestinal humain. L'objectif est d'identifier les indicateurs et les mécanismes associés au développement d'une cirrhose décompensée et son évolution vers une ACLF. Le besoin (Les besoins se situent au niveau de l'interaction entre l'individu et l'environnement. Il est souvent fait un classement des besoins humains en trois grandes catégories : les...) de stratégies thérapeutiques personnalisées est lié aux différences individuelles substantielles et pourtant largement inexpliquées, observées dans le développement de la cirrhose décompensée et de l'ACLF. Dans le même temps (Le temps est un concept développé par l'être humain pour appréhender le changement dans le monde.), cette observation (L’observation est l’action de suivi attentif des phénomènes, sans volonté de les modifier, à l’aide de moyens d’enquête et d’étude appropriés. Le plaisir procuré...) rend possible l'élaboration de traitements plus efficaces et mieux ciblés.

Ce projet de recherche, financé par l'Union européenne à hauteur (La hauteur a plusieurs significations suivant le domaine abordé.) de 15 millions d'euros et coordonné par la Fondation européenne pour l'étude de la défaillance chronique du foie (EF-CLIF), intégrera des résultats portants sur les microbiomes et plus largement les données (Dans les technologies de l'information (TI), une donnée est une description élémentaire, souvent codée, d'une chose, d'une transaction d'affaire, d'un événement, etc.) de quelques 10 000 patients, collectées précédemment dans le cadre d'études à grande échelle (La grande échelle, aussi appelée échelle aérienne ou auto échelle, est un véhicule utilisé par les sapeurs-pompiers, et qui emporte une échelle escamotable de...), telles que GALAXY, LIVERHOPE et PREDICT, rassemblant au total ( Total est la qualité de ce qui est complet, sans exception. D'un point de vue comptable, un total est le résultat d'une addition, c'est-à-dire...) plus de 100 000 points de données. Il en résultera une base de données (En informatique, une base de données (Abr. : « BD » ou « BDD ») est un lot d'informations stockées dans un...) exhaustive, comprenant des échantillons de selle, sang (Le sang est un tissu conjonctif liquide formé de populations cellulaires libres, dont le plasma est la substance fondamentale et est présent chez la plupart des animaux. Un humain adulte est doté...), salive (La salive est un liquide biologique sécrété par les glandes salivaires, à l'intérieur de la bouche.), muqueuse (Les muqueuses (du latin mucus) sont des minces couches de tissus d'origine ectodermique constituées de cellules épithéliales, et de tissu...) et urine (L'urine est un liquide biologique composé des déchets de l'organisme. L'urine est secrétée par les reins par filtration du sang, puis par récupération des molécules de l'urine...) prélevés tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprété comme le monde ou l'univers.) au long de l'évolution de la maladie (La maladie est une altération des fonctions ou de la santé d'un organisme vivant, animal ou végétal.), qui permettront une analyse longitudinale novatrice à forte valeur ajoutée, comparée aux recherches précédentes. MICROB-PREDICT souhaite ainsi identifier et adopter des biomarqueurs et des indicateurs individuels prenant en compte le microbiome de patients a) en bonne santé (La santé est un état de complet bien-être physique, mental et social, et ne consiste pas seulement en une absence de maladie ou d'infirmité.) ou à risque faible, b) en cirrhose décompensée et en évolution vers l'ACLF et c) avec une bonne réponse thérapeutique (La thérapeutique (du grec therapeuein, soigner) est la partie de la médecine qui étudie et applique le traitement des maladies.). De plus, le rôle de l'environnement (L'environnement est tout ce qui nous entoure. C'est l'ensemble des éléments naturels et artificiels au sein duquel se déroule la vie humaine. Avec les enjeux écologiques...) (exposition à la pollution (La pollution est définie comme ce qui rend un milieu malsain. La définition varie selon le contexte, selon le milieu considéré et selon ce que l'on peut entendre par malsain [1].)...), des habitudes de vie (La vie est le nom donné :) (consommation de tabac...), du régime alimentaire (Pour les régimes alimentaires d'ordre culturel pratiqués par l'Homme voir pratique alimentaire; Pour les régimes visant à perdre du poids voir régime amaigrissant.) (consommation d'alcool...), de la comorbidité, du vieillissement (La notion de vieillissement décrit une ou plusieurs modifications fonctionnelles diminuant progressivement l'aptitude d'un objet, d'une information ou d'un organisme à assurer ses fonctions.) et des différences géographiques et socio-économiques sera également pris en compte.

Les connaissances ainsi acquises seront exploitées pour développer des tests cliniques à destination des médecins et outils du quotidien pour les patients concernés par les maladies du foie, tels que les tests de diagnostic (Le diagnostic (du grec δι?γνωση, diágnosi, à partir de δια-, dia-, „par, à travers, séparation, distinction“ et...) d'urgence sur le lieu de soins ou POC (Point-of-Care) et les nanobiocapteurs de pointe permettant un diagnostic via un smartphone. En résumé, ce projet de six ans se concentre sur la recherche de traitements basés sur des faits, plutôt que sur des symptômes, et vise à développer des approches thérapeutiques personnalisées, efficaces et très ciblées afin d'atténuer les effets de la maladie sur le patient (Dans le domaine de la médecine, le terme patient désigne couramment une personne recevant une attention médicale ou à qui est prodigué un soin.) et sur le système de santé (Un système de santé réunit "toutes les organisations, institutions et ressources qui interviennent en matière de santé et qui fournissent des soins formels...).

L'évolution de la cirrhose décompensée et de l'ACLF

Les maladies chroniques du foie en phase (Le mot phase peut avoir plusieurs significations, il employé dans plusieurs domaines et principalement en physique :) terminale sont une importante source de morbidité et de mortalité et ont d'importantes conséquences socio-économiques, car elles sont très coûteuses en soins de santé (Les soins de santé relèvent des sciences appliquées. Ils se centrent sur la santé de l'Homme ou de l'animal. Ils impliquent non seulement la recherche, l'étude et la connaissance de la santé, mais...) et incapacitantes. Les patients souffrent dans un premier temps de divers symptômes, puis si leur état s'aggrave, peuvent décéder finalement d'une cirrhose du foie chronique, quand le corps du patient ne peut plus compenser les dysfonctionnements du foie. C'est pourquoi cette affection est appelée cirrhose décompensée (par opposition à la cirrhose compensée). La cirrhose décompensée est caractérisée par une accumulation de fluides dans l'abdomen (L’abdomen désigne une partie du corps humain ou du corps d'un animal.) (appelée ascite), des défaillances cérébrales (encéphalopathie hépatique) et souvent des saignements dans l'appareil digestif (hémorragie digestive). Enfin, cette affection peut évoluer vers une défaillance aiguë chronique du foie (ACLF), forme aggravée de la cirrhose décompensée. Des prédispositions génétiques et/ou des infections peuvent augmenter le risque de cirrhose décompensée et aggraver le pronostic. Le microbiome intestinal (aussi appelé flore (La flore est l'ensemble des espèces végétales présentes dans un espace géographique ou un écosystème déterminé...) intestinale) comprend toutes les bactéries (Les bactéries (Bacteria) sont des organismes vivants unicellulaires procaryotes, caractérisées par une absence de noyau et d'organites. La plupart des bactéries possèdent une paroi cellulaire glucidique, le peptidoglycane. Les bactéries...), virus (Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se multiplier. Les virus existent sous une forme...), parasites, champignons et archées qui colonisent l'appareil digestif. Une aberration du microbiome intestinal, des parois intestinales endommagées, un excès de bactéries traversant la paroi (translocation bactérienne) impactant entre autre le microbiome circulant et tissulaire ou une réponse inflammatoire systémique (La systémique - du grec « systema », « ensemble organisé » - est une méthode scientifique qui applique la théorie systémique...) peuvent provoquer une cirrhose décompensée, puis évoluer éventuellement vers une ACLF. Une étude multicentrique récente, réalisée par la Fondation européenne pour l'étude de la défaillance chronique du foie (l'EF-CLIF, basée à Barcelone), a également montré que les infections bactériennes sont souvent un facteur accélérateur de l'ACLF dans les pays (Pays vient du latin pagus qui désignait une subdivision territoriale et tribale d'étendue restreinte (de l'ordre de quelques centaines de km²), subdivision...) occidentaux, et a confirmé le taux élevé de mortalité, dû à l'ACLF.

Notes:

(1). Le porteur principal du projet pour le CEA est le Service de Pharmacologie et Immunoanalyse de l'Institut (Un institut est une organisation permanente créée dans un certain but. C'est habituellement une institution de recherche. Par exemple, le Perimeter Institute for Theoretical Physics est un tel institut.) des sciences du vivant Frédéric Joliot (Direction de la recherche fondamentale (La recherche fondamentale regroupe les travaux de recherche scientifique n'ayant pas de finalité économique déterminée au moment des travaux. On oppose en général la recherche...) du CEA). Le SPI s'attèle à mieux comprendre le rôle du microbiome dans l'interaction (Une interaction est un échange d'information, d'affects ou d'énergie entre deux agents au sein d'un système. C'est une action réciproque qui suppose l'entrée en contact de sujets.) entre les intestins et le foie mais aussi à l'identification et la validation des biomarqueurs. Le LADIS de la Direction de la Recherche Technologique (La recherche technologique constitue la suite de la recherche scientifique, afin de valoriser dans l'industrie les découvertes scientifiques.) du CEA est également engagé sur le projet pour le traitement informatique (L´informatique - contraction d´information et automatique - est le domaine d'activité scientifique, technique et industriel en rapport avec...) et statistique (Une statistique est, au premier abord, un nombre calculé à propos d'un échantillon. D'une façon générale, c'est le résultat de l'application...) des données d'analyse métabolomique.

(2). Le porteur du projet pour l'Inra est l'unité Metagenopolis pour les questions de métagénomique quantitative (S. Dusko Ehrlich). Un second volet de métagénomique fonctionnelle (En mathématiques, le terme fonctionnelle se réfère à certaines fonctions. Initialement, le terme désignait les fonctions qui en prennent...), implique l'unité "Microbiologie (La microbiologie est la science qui étudie les micro-organismes (ou microorganismes).) de l'alimentation au service de la santé" de l'Inra (Hervé Blottière).

(3). Les micro-organismes, essentiellement des bactéries, vivent sur la peau (La peau est un organe composé de plusieurs couches de tissus. Elle joue, entre autres, le rôle d'enveloppe protectrice du corps.), à l'intérieur du tube digestif et de manière générale sur les muqueuses ; on en compte de 75 à 200 mille milliards environ par individu (Le Wiktionnaire est un projet de dictionnaire libre et gratuit similaire à Wikipédia (tous deux sont soutenus par la fondation Wikimedia).): ils sont appelés microbiotes. L'ensemble (En théorie des ensembles, un ensemble désigne intuitivement une collection d’objets (les éléments de l'ensemble), « une multitude qui...) des microbiotes d'un individu est appelé "microbiome", par extension du terme "biome (Un biome (du grec bios = vie), appelé aussi aire biotique, écozone ou écorégion, est un ensemble d'écosystèmes caractéristique d'une aire biogéographique et nommé à partir de la végétation...)" qui désigne l'ensemble des êtres qui vivent dans un écosystème donné (www.universalis.fr).

Un consortium pan-européen

Le professeur Jonel Trebicka (docteur en sciences, docteur en médecine), de l'EF-CLIF de Barcelone, conduit et coordonne le projet MICROB-PREDICT. Les 22 institutions qui participent à ce projet pan-européen comprennent des cliniciens, des ingénieurs et des spécialistes du microbiome, ainsi que d'importantes associations de patients. L'équipe pluridisciplinaire s'assurera d'une diffusion (Dans le langage courant, le terme diffusion fait référence à une notion de « distribution », de « mise à disposition » (diffusion d'un produit, d'une information), voire de...) la plus large possible de ses résultats scientifiques et d'une mise en oeuvre adaptée dans les directives cliniques. Le consortium prévoit de protéger et de breveter les droits de propriété intellectuelle (PI) applicables pour l'exploitation commerciale de tout nouveau biomarqueur adopté, car ses cibles thérapeutiques potentielles intéresseront certains des partenaires du projet MICROB-PREDICT. Cependant, le consortium pourrait aussi se rapprocher d'entreprises de diagnostic extérieures. Les chefs d'équipes se rencontreront physiquement deux fois par an pour parler de l'avancement du projet. La réunion (La Réunion est une île française du sud-ouest de l'océan Indien située dans l'archipel des Mascareignes à environ 700 kilomètres...) de lancement a eu lieu du 28 au 30 janvier, à Barcelone.

Les 22 membres du consortium MICROB-PREDICT, coordonné par l'EF-CLIF, sont:

- Centre hospitalier universitaire de Leiden (LUMC)
- Biobyte Solutions GmbH (Biobyte)
- Commissariat à l'énergie (Dans le sens commun l'énergie désigne tout ce qui permet d'effectuer un travail, fabriquer de la chaleur, de la lumière, de produire un mouvement.) atomique et aux énergies alternatives (Alternatives (titre original : Destiny Three Times) est un roman de Fritz Leiber publié en 1945.) (CEA)
- Concentris research management GmbH (Concentris)
- Université (Une université est un établissement d'enseignement supérieur dont l'objectif est la production du savoir (recherche), sa conservation et sa transmission (études...) de Debrecen (Debreceni Egyetem ou UNIDEB)
- Association européenne pour l'étude du foie (EASL)
- Fondation européenne pour l'étude de la défaillance chronique du foie (EF-CLIF)
- Association européenne des malades du foie (ELPA)
- Laboratoire européen de biologie (La biologie, appelée couramment la « bio », est la science du vivant. Prise au sens large de science du vivant, elle recouvre une partie des sciences naturelles et de l'histoire naturelle des...) moléculaire (European Molecular Biology Laboratory ou EMBL)
- Fondation Clinique pour la Recherche Biomédicale (FCRB)
- Institut catalan de Nanoscience et de Nanotechnologie (Les nanosciences et nanotechnologies (NST) peuvent être définies a minima comme l'ensemble des études et des procédés de fabrication et de manipulation de structures, de dispositifs et de systèmes matériels à l'échelle du...) (ICN2)
- Institut national de la recherche agronomique (INRA)
- Université Johann Wolfgang Goethe de Francfort-sur-le-Main (GUF)
- Université KU Leuven.
- King's College de Londres (Londres (en anglais : London - /?l?nd?n/) est la capitale ainsi que la plus grande ville d'Angleterre et du Royaume-Uni. Fondée il y a plus de 2...) (KCL)
- Société Max-Planck (La Société Max-Planck (en allemand Max-Planck-Gesellschaft zur Förderung der Wissenschaften e.V. soit Société Max-Planck pour le développement de la science) est un organisme public allemand de recherche...) pour le développement des sciences (MPG)
- Centre hospitalier universitaire d'Odense (OUH)
- Université de Barcelone (UB)
- Université d'Oslo (UIO)
- University College de Londres (UCL)
- Université de Copenhague (UCPH)
- Vaiomer SAS (Vaiomer)
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