Des virus infectant des bactéries: quand les virus deviennent nos amis

Publié par Adrien le 26/10/2021 à 09:00
Source: INRAE
Les virus sont parfois nos ennemis, mais parfois aussi nos amis. Dans la lutte contre les bactéries pathogènes, ils peuvent être des alliés précieux, pour éliminer ces bactéries quand nos médicaments ne fonctionnent plus. Mais plus important encore, ils ne sont pas sources de nouvelles résistances aux antibiotiques chez les bactéries. C'est la conclusion d'une étude menée par INRAE, parue le 25octobre 2021 dans la revue ISME Communications.


Les virus de bactéries: nos fidèles alliés contre l'antibiorésistance
© Pixabay

C'est un fait, de plus en plus de bactéries résistent aux antibiotiques. Le grand public sait déjà, grâce aux campagnes d'information, que la principale explication vient d'une "pression (La pression est une notion physique fondamentale. On peut la voir comme une force rapportée...) de sélection" élevée sur les bactéries, due à un usage (L’usage est l'action de se servir de quelque chose.) massif (Le mot massif peut être employé comme :) et inapproprié d'antibiotiques, en santé (La santé est un état de complet bien-être physique, mental et social, et ne consiste...) humaine, mais aussi en santé animale.

Mais ce n'est pas la seule explication. Un groupe de mécanismes présents chez les bactéries est en jeu également: les "transferts horizontaux de gènes". Les bactéries sont en effet capables d'échanger des morceaux d'ADN entre elles. Certains morceaux d'ADN échangés n'apportent rien de particulier, d'autres pourraient apportent du matériel conférant une résistance aux antibiotiques. Si les scientifiques comprenaient quels mécanismes transmettent des morceaux porteurs de gènes de résistance, alors une piste pourrait se dessiner dans la lutte contre les bactéries résistantes.

Les bactéries échanges des morceaux d'ADN ?

Ces morceaux d'ADN peuvent être soit libérés dans l'environnement (L'environnement est tout ce qui nous entoure. C'est l'ensemble des éléments naturels et...) (ils sont alors en libre-service pour toutes les autres bactéries qui peuvent les incorporer), soit transmis via une "reproduction" entre deux bactéries, appelée conjugaison. Une troisième voie de transmission de gènes utilise les bactériophages, ces petits virus de bactéries, qui sont capables de passer (Le genre Passer a été créé par le zoologiste français Mathurin Jacques...) leur ADN d'une bactérie (Les bactéries (Bacteria) sont des organismes vivants unicellulaires procaryotes, caractérisées...) à l'autre.

Les bactériophages, un vecteur de résistance ?

Depuis 10 ans, un sujet divise la communauté scientifique (Un scientifique est une personne qui se consacre à l'étude d'une science ou des sciences et qui...): les bactériophages, notamment ceux utilisés en phagothérapie (La phagothérapie est l'utilisation de bactériophages (ou phages) lytiques afin de traiter...), sont-ils capables oui ou non de transmettre aux bactéries des gènes de résistance aux antibiotiques ? Un article scientifique*, paru dans Nature Communication en 2016,a répondu par l'affirmative à cette question, mais cette réponse ne fait pas l'unanimité.

Cette controverse a interpellé une équipe de chercheurs d'INRAE, spécialistes des bactériophages. Ils ont ainsi mené des travaux de métagénomique (analyse de l'intégralité des gènes) sur des bactériophages provenant de 14 fermes porcines. Grace à des analyses informatiques approfondies, ils ont pu disséquer finement l'ADN de tous ces bactériophages et leur conclusion est nette (Le terme Nette est un nom vernaculaire attribué en français à plusieurs espèces...): les bactériophages étudiés ne possèdent pas un seul gène (Un gène est une séquence d'acide désoxyribonucléique (ADN) qui spécifie la...) de résistance aux antibiotiques. Ils ne peuvent donc pas être fournisseurs de gènes de résistance pour les bactéries.

Ces travaux permettent d'éclairer la question de l'antibiorésistance, au coeur d'enjeux de santé publique (La santé publique peut être définie de diverses manières. On peut en effet la...). Les bactériophages conservent leur statut d'alliés dans la lutte contre les bactéries résistantes aux antibiotiques, via la phagothérapie. Cette pratique, encore peu répandue, propose d'utiliser des bactériophages sur les patients infectés par des bactéries résistantes à tous les antibiotiques. Les bactériophages attaquent et détruisent ces bactéries, sans possibilité de transmettre des gènes de résistance à d'autres bactéries. Un espoir, parmi d'autres, pour lutter contre ce phénomène grandissant d'antibiorésistance.

Note:
* Haaber et al. Bacterial viruses enable their host to acquire antibiotic resistance genes from neighbouring cells. Nat Commun. 2016;7:13333.

Référence:
Billaud, M., Lamy-Besnier, Q., Lossouarn, J. et al. Analysis of viromes and microbiomes from pig fecal samples reveals that phages and prophages rarely carry antibiotic resistance genes. ISME COMMUN. 1, 55 (2021). https://www.nature.com/articles/s43705-021-00054-8
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