La frégate La Sémillante quitta le port de Toulon le 14 février 1855, commandée par le capitaine Jugan, à destination de la Crimée (mer Noire) pour apporter aux forces françaises des vivres, des renforts en troupe et en matériel.
Son équipage était de 293 hommes outre son état-major. La Sémillante était un vaisseau de trois-mâts, un des derniers construit en bois, et formant l’une des plus fortes unités de la Marine de Guerre française. À son bord ont pris place un détachement de 393 militaires de l’armée de terre avec un matériel important (canons, mortiers, munitions, vivres…).
Elle fut prise dans une violente tempête au large de la Sardaigne et son commandant décida de passer par les bouches de Bonifacio, aux îles Lavezzi, dans une zone de brisants et d’écueils. Poussée par une rafale du sud, selon des témoins sans pareil de mémoire d’homme, elle vint se heurter avec une vitesse de 12 nœuds sur un rocher sous-marin signalé par une simple bouée. Broyée par le choc, elle a coulé par le fond dans la nuit du 15 au 16 février 1855, corps et biens, tout a été instantanément englouti.
Le 18 février les premiers cadavres, certains complètement déchiquetés, sont ramenés sur les grèves par les courants. Ils seront tous inhumés sur l’île, faute de moyens de transport, par une corvée de 50 soldats détachés en renfort des marins. Le 20 le nombre de corps inhumés s’élève à 250.
Finalement des plus de 700 hommes embarqués à bord de La Sémillante, seuls le capitaine Jugan et l’aumônier seront identifiés parmi les 560 qui reposent dans les deux cimetières de l’île. Les autres corps ne seront jamais retrouvés.
La plaque sur le bâtiment des cimetières sur les Îles Lavezzi indique :
" À la mémoire des officiers des armées de terre et de mer qui ont trouvés la mort dans le naufrage de la Sémillante le 15 février 1855 vers midi. Leurs restes sont confondus ici avec ceux de leurs hommes unis dans le repos éternel comme ils l'étaient dans le devoir que leurs noms soient connus pour nous permettre d'honorer leur mémoire. " Cet incipit en la mémoire des naufragés est suivi par une succincte liste de noms dont les restes sont enterrés ici. Les cimetières sont aussi composés d'autres plaques un peu partout nous exhortant à prier pour tel ou tel naufragé…
Alphonse Daudet, écrivain provençal, a porté à la postérité cet épisode tragique sous le nom de : L’Agonie de la Sémillante.