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[News] Une approche révolutionnaire pour l'étude du microbiote intestinal
Publié : 08/07/2014 - 12:00:11
par Adrien
Une collaboration internationale au sein du consortium MetaHIT pilotée par l'Inra et impliquant des équipes du CEA, du CNRS et de l'Université d'Evry, a mis au point une nouvelle méthode pour l'analyse du génome global, ou métagénome du microbiote intestinal (1). Cette méthode permet de réduire considérablement la quantité d'éléments à analyser tout en délivrant des données de haute qualité, avec des résultats encore plus précis et plus rapides à obtenir. Les chercheurs ont a...
Re: [News] Une approche révolutionnaire pour l'étude du microbiote intestinal
Publié : 09/07/2014 - 14:03:21
par Yougo
Pour y parvenir, ils sont partis d'une hypothèse simple:
- pour chacune des centaines d'espèces bactériennes qu'un individu abrite dans son tube digestif l'abondance de tous ses gènes est constante, puisque chaque cellule d'une même espèce possède les mêmes gènes
- entre individus, l'abondance relative des différentes espèces varie fortement, entre 10 et 1000 fois, et, bien entendu, l'abondance des gènes que chacune abrite varie d'autant
- en comparant cette abondance de gènes bactériens entre différents individus, il est possible d'affirmer que les gènes dont l'abondance varie similairement appartiennent à une même espèce bactérienne.
Hey ! Ca me rappelle le principe des signatures spectrales en télédetection. Je serai curieux de savoir si en étude génétique on utilise des algorithmes de classification plutôt du type moyennes-mobiles ou plutôt DBSCAN-OPTICS
(à moins que je ne sois à la traine ?)