[News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

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Adrien
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[News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par Adrien » 30/07/2014 - 0:00:20


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Toutes les séquences de notre ADN ne sont pas "codantes" et ne sont donc pas exprimées sous forme de protéine. La détection et la caractérisation des millions de gènes présents dans l'immense masse d'information représentée par les quelques 3 milliards de paires de base azotées qui composent notre ADN est une tâche extrêmement complexe, et qui continue encore aujourd'hui à faire débat depuis les tous premiers essais de séquencement systématique réalisés dans le cadre du Projet Génome Humain lancé en 1990.

Une étude dirigée par Alfonso Valencia, et Michael Tress du groupe de recherche Biologie Informatique Structurelle au CNIO, a récemment actualisé le nombre de gènes humains -qui sont traduits en protéines- à 19.000, soit 1 700 de moins que le dernier chiffre estimé, et un chiffre très inférieur aux 100.000 gènes estimés le Prix Nobel Walter Gilbert, de l'université Harvard, dans les années 1980. Ce travail, publié dans la revue Human Molecular Genetics, conclue que la quasi-totalité de ces gènes ont une origine antérieure à l'apparition des premiers primates il y a plus de 50 millions d'années.

Les scientifiques se sont basé sur des analyses protéomiques à grande échelle pour déterminer une "carte" des protéines humaines, à partir de laquelle identifier les gènes à l'origine de la production de ces protéine et ainsi vérifier leur existence. Pour cela, ils ont intégré les données de 7 précédents travaux de spectrométrie de masse -qui est l'outil le plus puissant de détection de molécules, qui avaient pour objectif l'identification de protéines provenant de plus de 50 tissus humains.

Les résultats obtenus ont mis en lumière un peu plus de 12.000 protéines que les scientifiques ont ensuite pu relier aux régions correspondantes du génome humain. Suite à cela, ils ont analysé des milliers de gènes qui apparaissaient dans d'autres bases de données mais pas dans leur étude. Il leur est alors apparu qu'un total de 1 700 gènes qui étaient considérés comme tel n'en était pas en réalité, pour différentes raisons. Une hypothèse dérivée de ce travail est que plus de 90% des gènes humains codant pour des protéines sont apparu chez des métazoaires ou des organismes pluricellulaires du règne animal il y a plus de 100 millions d'années.

Pour David de Juan, un des auteurs de l'étude, les chiffres obtenus indiquent que le nombre de gènes qui séparent l'homme de la souris (qui est apparue avant les primates sur l'échelle de l'évolution) pourrait être inférieur à 10. La source de la complexité de notre organisme réside d'avantage dans la manière dont nos gènes sont utilisés et dans les modifications chimiques qui affectent les protéines qui en sont issues, que dans leur nombre. Le projet international ENCODE, lancé en 2003, a également démontré que cette complexité réside aussi dans le contrôle de la production des protéines par des régions non codantes du génome - anciennement appelées "ADN poubelle" - qui constitue notre génome à 90%.

Les résultats de l'étude menée par le CNIO font partie des résultats de GENCODE, un consortium scientifique intégré au projet ENCODE, et auquel participent plusieurs groupes de recherche du monde entier, pour introduire les nouvelles annotations du génome humain. Les données obtenues par l'équipe de Valencia sont actuellement étudiées par GENCODE pour être incorporées dans les nouvelles annotations.

Source: BE Espagne numéro 139 (18/07/2014) - Ambassade de France en Espagne / ADIT - http://www.bulletins-electroniques.com/ ... /76412.htm

Noxx
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Re: [News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par Noxx » 30/07/2014 - 11:04:05

"Pour David de Juan, un des auteurs de l'étude, les chiffres obtenus indiquent que le nombre de gènes qui séparent l'homme de la souris pourrait être inférieur à 10."
Imaginez les différences génétiques entre un homme et un autre homme... Et il y a encore des racistes. Vous me direz que la raison n'a rien à voir avec cette opinion.
En tout cas la tendance est minimiser l'importance des gènes dans la formation de l'individu au profit de la régulation de ces mêmes gènes et avec sans doute une part, à déterminer, pour l'environnement (physique comme psychologique).
Nous ne somme pas la simple expression d'un programme, humains comme animaux.

alessandro pendesini
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Re: [News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par alessandro pendesini » 30/07/2014 - 12:05:16

Noxx : Observation que je considère bien pertinente !

En d’autres mots, la configuration neurosynaptique du cortex ne dépend pas du génome (code génétique) qui relève de l’inné mais de l’acquis ! Car nous ne devons pas perdre de vue que les gènes contribuent plus à la détermination des traits de personnalité qu’ils ne la dictent. !

N.B. Le génome « pilote » la mise en place de 86 milliards de neurones depuis la naissance, mais LEURS CONNEXIONS NEOCORTICALES NE DEPENDENT PRATIQUEMENT PLUS DE L’INNE MAIS DE L’ACQUIS ! (Seuls les circuits sous-corticaux sont assemblés d’une façon plus déterministe « innée » que les circuits néo-corticaux).
P.S. Nous devons considérer la culture (apprentissage) comme un phénomène NON génétique mais épigénétique ! L’enfant naît avec un cerveau cognitif vide. Sans apprentissage depuis la naissance, l’enfant n’apprend pas grand-chose, même pas à parler…. :??:

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cisou9
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Re: [News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par cisou9 » 30/07/2014 - 15:56:45

Exact ! __________________ :+1:
Un homme est heureux tant qu'il décide de l'être et nul ne peux l'en empêcher.
Alexandre Soljenitsyne.

philouze
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Re: [News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par philouze » 30/07/2014 - 19:20:03

Le problème est un poil plus pénible à mon sens ... nous découvrons depuis quelques années que ce que nous appelons 'codant' n'est à considérer que pour la partie la plus basique du code (les protéines) si finalement l'adn 'que l'on croyait poubelle' a bien un contrôle avancé du code, vous avez bien deux strates d'adn codant, même si l'un des deux est un "surcode".
En terme de complexité, ça augmente énormément plus que ça ne les diminue, le nombre de ces 'gènes virtuels'

On se doute bien que plus de 10 caractéristiques nous distinguent d'une souris non ?
cette sur-génétique me fait penser à une information cachée dans l'information elle-même, prise au départ comme un simple bruit par les chercheurs.
Les gènes tels qu'on les identifient fabriquent des boulons, des tournevis, quelques pièces de meccano standard... et ce qu'on croyait être le papier d'emballage est en fait le schéma de montage nous expliquant comment changer le tas de boulons en vaisseau spatial.

Parallèlement, les cellules gliales du cerveau sont en train de prendre le même chemin : de glue-poubelle, leur statut est en train d'évoluer vers un outil de contrôle des neurones, dont on se rend compte qu'il est totalement central !

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Yougo
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Re: [News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par Yougo » 31/07/2014 - 13:58:54

quote="philouze"]Les gènes tels qu'on les identifient fabriquent des boulons, des tournevis, quelques pièces de meccano standard... et ce qu'on croyait être le papier d'emballage est en fait le schéma de montage[/quote]

J'aime bien la métaphore. Je vous l'emprunt pour mes prochaines discutions.

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Re: [News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par alessandro pendesini » 31/07/2014 - 14:43:34

@Philouze :
Pourrais-je vous demander de quelles études académiques (sources : nom des scientifiques/chercheurs et des Universités) émergent vos propos qui, à mon humble avis, ne sont pas très clairs ? Merci pour votre réponse.
:jap:

Reumain.
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Re: [News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par Reumain. » 31/07/2014 - 22:33:09

alessandro pendesini a écrit :@Philouze :
Pourrais-je vous demander de quelles études académiques (sources : nom des scientifiques/chercheurs et des Universités) émergent vos propos qui, à mon humble avis, ne sont pas très clairs ? Merci pour votre réponse.
:jap:
Il parle probablement des rôles de l'ADN non-codant.

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Re: [News] Révision à la baisse de l'estimation de la taille du génome humain

Message par Victor » 31/07/2014 - 23:18:10

Là je reste vraiment baba quelles avancées faites depuis les années 60 ou l'on pensait un gène, une fonction, puis années 1970-80 où l'on pensait un pool de gènes utiles qui gérait l'expression des gènes, puis sont venus les codants et non codant, et là je vois que même les non codants ils sont utile pour la structure de l'ADN et l'expression des gènes, bref ça vous rends modeste...
En ce qui concerne la recherche en sciences, Je dirais : Cherche encore !

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