L'origine des Eucaryote et de la variété génétique

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glevesque
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L'origine des Eucaryote et de la variété génétique

Message par glevesque » 23/09/2006 - 22:05:15

Salut

Image
http://img98.imageshack.us/img98/3439/v ... mh6dl7.jpg

Ce schéma représente les quatre époques qui peut-êtres associés à l’évolution des gènes de développement et de différenciation cellulaire. A chaque étape qui a impliqué la mutation des gènes de développement ou de différenciation cellulaire, il en est résulté une correspondance étroite avec une explosion de la biodiversité des organismes vivant à travers ces mêmes époques. Ce boom a été presque immédiatement suivit d'une sorte de grande décimination (1), causé par la pression sélective naturelle, et un peut de contingence ! Un peut comme le phénomène qui sait produit pour le nombres de phylums des arthropodes qui a explosé au Cambrien, mais dont un seul a survécu et qui existe toujours de nos jours.

Au début la terre était un environnement extrême ! Milieu qui était propice aux développements des organismes extrême, comme les Archéobactéries. Si on se base sur l'aspect évolutif de l'ingénirie génétique (paléogénétique) qui sont axées sur les gènes de réplication (étape 1 sur le schéma) et les gènes de développement ( différenciation, polarisation, segmentation, homéotique) (3-9) et également sur les différents mécanisme d’épissage de l’ARNm (représenté par les étape 3 et 4) (6-10). On peut supposé que l'ancêtre des cellules (LUCA), devait dupliquer son ADN de manière contigu (sans intron), un peut comme le fait les bactéries actuelles (ARN polycistronique). On peut supposer également, que différent facteurs endogène ou exogène de mutation, on agit directement sur les gènes de réplication, ou sur d’autres gènes qui étaient alors associés aux différents mécanismes de coordination, lors de la division et de la duplication de l’ADN, ou encore lors de processus de transfère horizontaux (comme chez les bactéries actuelle qui s’échange des morceaux d’ADN). Ces différents mécanismes mutationnels, (5) on put modifier ou altérer l’expression des gènes de réplication. La ou les cellules ancestrales, ont alors donnés naissance à différentes souches évolutives, dont une qui sait orienté vers les Eubactéries à l’ARN polycistronique, et une autre vers les ancêtres des archéobactéries à l’ARN monocistronique ou morcelé. Avec l’ARN monocistronique, est né l’épissage (6-10) des ARNm.

Une souche d’Archéobactérie aurait subit de nouvelle mutation, sur son matériel génétique. Celle-ci aurait évolué par la suite vers les Urcaryotes (ancêtres des eucaryotes), par différents processus d’endosymbionte (de Mereschkowski.) (8). L’étape 2 du schéma illustre cette étape. Une Archéobactérie aurait capturé des procaryotes, dont certains auraient développés une forme de symbiose avec leur hôte (comme les ancêtres des mitochondries et des chloroplastes). Certains phénomènes environnementaux, comme l’augmentation de la concentration de l’oxygène moléculaire dans l’atmosphère (vers 2.2 Ga), émit lors de la photosynthèse effectuée par les cyanobactéries, sont peut-être à l’origine de ce processus d’adaptation. De cette symbiose serait apparue les Urcaryotes, qui auraient donnés naissances par la suite au Eucaryotes, vers 1.4 Ga.

Les différentes formes de mécanisme d’épissage des ARNm (6-10), que nous retrouvons chez les Archéobactéries et les eucaryotes, ne sont peut-êtres pas étrangés à cette forme de symbiose entre (prè- ?) Archéobactérie et différents types d’Eubactéries ancestrale. Au début une forme de mutation sur l'ADN, aurait fait la promotion d'une nouvelle forme de synergie bio-moléculaire et génétique, qui aurait favorisé la résonance des phénomènes d'épissages, vers une forme de travail de coopération (synergie) avec les gènes de différenciation et de développement, qui viendront un peut plus tard dans l’histoire de l’évolution de la vie. Le tout aurait dut disparaître par la suite avec la pression sélective de l’époque. Mais peut-être que certains facteur environnementaux ou de contingence, en aurait désidé autrement (chute de météorite ou autre). Favorisant du même coût, l'émergence et l'évolution de ce grand facteur de diversification génétique. Puisque que les mécanismes d'épissages sont impliqués dans la variabilité des protéines (complexe Spliceosomes + ARN small) (2-10), et donc un grand facteur d'adaptation (un gène plusieurs protéines).

La première explosion de la vie sur terre, a donc commencé avec LUCA, elle fut la première véritable cellule vivante à faire l’acquisition de mécanisme de réplication transmissible et stable entre les générations. Un peut plus tard (quelque millions d'années) une branche se divise en 2, pour donner naissance aux premières Eubactéries (probablement l’ancêtre des bactéries actuelle) avec leur ARN polycistronique, et aux (pré- ?) Archéobactéries avec leurs gènes de type morceler (qui possède des introns) et qui son associé au au différents mécanisme d'épissage lors de la transcription génétique de l’ADN vers ARMm. Le deuxième boom de la vie sur terre, survient à l’étape 2 du schéma, lors de la fusion et de symbiose d’Archéobactéries avec différents type d’Eubactéries. Les organismes résultant de cette fusion, vont désormais se séparer de la branche évolutive principale des archéobactéries, pour former les ancêtres des eucaryotes (cellules animale et végétale avec noyau). Les Eucaryote marque la naissance des tous premier protistes sur terre, qui sait produit vers 900 à 750 Ma.

Voici un petit schéma pour illustrer mes propos ! (image lourde un peut !)

Image

Cette étape marque également la naissance des gènes précurseurs de différenciation cellulaire (gènes de polarité ou gènes maternels). Certains protistes Eucaryotes ce regroupe en colonie, et communique entre eux, via des molécules chimique (facteur de morphologie externe, et début de l’expérimentaion des gands plan d'organisation pluricellulaire), des axes de différenciations (11) qui sont portés sur leurs différentes activités métaboliques et biochimiques plus spécialisée. Les différents processus d’épissages poursuivent leurs évolutions, tout en favorisant une coopération de plus en plus accrût avec le reste du matériel génétique. Il ce développe à la longue, une synergie en forme de boucle résonnante ou récurente, qui est portée sur les affinités biochimique et d’aspect complémentaire à travers l'activité de réplication de l'ADN vers les ARNm. Différentes mutation ont sûrement favorisées de t’elle phénomènes, à cette époque reculée du protérozoique, et peut-être effectué à partir des gènes de réplications.

Cette évolution va ce diriger par la suite, vers les gènes qui sont impliqués dans la segmentation, lors du développement des métazoaire. Comme les gènes de polarité (impliqué dans le grand axe antéro-postérieure et dorso-ventrale), le gène paire rule et les gènes de polarité segmentaires (axé sur la répétition des segments) (3-9). Ils vont faire leurs apparitions et donnés naissances au tout premier organisme métazoaire (organisme multicellulaire). Ces organismes présentes quelques axes de différenciation cellulaire morphologique (comme les méduses, les éponges et les corraux). C'est le début et le boom des premiers métazoaires à corps mous, vers 700-600 Ma (faune d’Édiacara).

La quatrième et dernière étape, qui est représenté sur le schéma, marque l’évolution des gènes homéotiques (3-9). Ces dernier détermine la spécialisation des différents segments d’un organisme lors du développement embryonnaire. Cette étape est associée au boom et à l'explosion de la variété biologique, qui c’est produit au début du Cambrien (début du phanérozoique), situé entre 570 et 510 Ma. Cette période géologique est associé à la croissance des grands plans d'organisation ou organisateurs des organismes vivant (phylum). Comme par exemple l'explosion de la variété des arthropodes de cette époque. Plus d'une vingtaine d'embranchement d'Arthropode ont existés au cambrien inférieur, mais juste une a évolué jusqu'a notre époque, et une dizaine de phylum différents d'animaux on également disparut de la surface du globe à cette même époque ! (1)

A chaque étape qui ont marquées l’évolution des gènes de réplication et de développement, mais aussi sur l’évolution du gènes qui sont impliqués dans les phénomènes de l’épissage de l’ARNm (6-10) qui leurs sont directement associés. La terre à subit un boom dans la croissance de sa diversité biologique, et chacune d’elle a été immédiatement suivit par la suite (dans un intervale de quelque millions ou millier d’années) d'une perte par décimination d’une empleure tout aussi comparable. Les différents mécanismes de l'évolution-adaptation potés sur la pression sélective naturelle des espèces, en est la cause principal, mais a tout cela il faut aussi ajouté certaine notion de contingence. (mécanisme de décimination comme les chutes de météorites, grande activité volcanique lors de la collision des plaques tectonique entre autre).

1 – La vie est belle, Stephen Jay Gould, Édition du Seuil 1991
2 - Les microARN, une nouvelle classe de régulateur de l’expression génétique. (Caroline Hartmann/ Fabienne Corre-Menguy/ Adnane Boualem/ Mariana Jovanovic/ Christine Lelandais-Brière)
http://www.erudit.org/revue/ms/2004/v20 ... 336ar.html

3 – Les gènes de segmentation
Définitions :
- Le gène homéotique se caractérise par une séquence nucléotidique commune à tous les gènes homéotiques : l'homéoboîte. Le gène homéotique code pour une protéine appelée homéoprotéine.
- L'homéoprotéine est un facteur de transcription codé par un gène homéotique. Elle possède une séquence en acides aminés
commune à toutes les homéoprotéines : l'homéodomaine.
- L'homéoboîte est une séquence de 180 paires de base nucléotidiques qui code pour l'homéodomaine.
- L'homéodomaine est une séquence de 60 acides aminés dont la conformation tridimensionnelle reconnaît spécifiquement des régions régulatrices de certains gènes.
http://www.ac-reims.fr/datice/svt/docpe ... segmen.htm

4 - Développement embryonnaire et gènes sélecteurs, Michel Delarue
http://www.snv.jussieu.fr/bmedia/homeotique/homeo0.html
5 – Les modification du matériel génétiques (type de mutation/altération)
http://formation.etud.u-psud.fr/biologi ... /index.htm
6 - LA TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES ET LES MODIFICATIONS POST-TRANSCRIPTIONNELLES CHEZ LES EUCARYOTES
http://spiral.univ-lyon1.fr/polycops/Bi ... ire-9.html
7 - Biochimie
http://perso.orange.fr/vincent.masson/bioch/index.htm
8 - les théories de fusion et d'endosymbioses
http://cgdc3.igmors.u-psud.fr/microbiol ... p01_06.htm
9 – Gènes de développement (description des trois catégorie comme 3)
http://quasimodo.versailles.inra.fr/ina ... p07p01.htm
10 – Spliceosomes
http://fr.wikipedia.org/wiki/Spliceosome
11 - Le cycle kystique de Sterkiella
Processus d'Enkystement et gène de différenciation
http://www.umr8080.u-psud.fr/bc4new/fr/kystebilan.htm
et
http://www.umr8080.u-psud.fr/bc4new/fr/morphobilan.htm

Gilles

glevesque
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Message par glevesque » 29/08/2007 - 17:29:25

Salut

Le processus s'éclaircis :

Des procaryotes aux eucaryotes le phénomène d'épissages a évolué du type 1 à 3 (pour les eucaryotes) ! L'épissage est aussi relié à l'épigénitique dans son évolution, par son association d'interface entre la production des ARN pré-messager via les molécules d'ADN et l'activité de leurs polymérase et l'environnement, il s'agit d'une activité d'équilible chimique adaptationnelle qui relie le milieu interne de l'activité génétique de synthèse des protéines à l'environnement immédiat qui englobe et dans lequel beigne la structure génétique, leurs influence mutuelle permet une adaptation et un feelback plus rapide pour l'évolution des organisme vivant via des ajustements qu'établit l'épissage à travers ses activité de maturation des ARN pré-messager vers les ARN messager. Voilà donc un nouveau niveau de coopération génétique inductionnelle !

L'épissage est un phénomène qui emplifit le feelbak sous une forme de résonance coopérative sur la traduction génétique par rapport à l'évolution et à l'adaptation sélective des produit protéiniques et enzymatiques découlant des gènes de base, face à leur milieu ! Il y a donc eu un phénomène biochimique de rétroaction sur la traduction génétique (de l'ADN aux ARN messager) mis en branle par l'épissage, agissant en quelque sorte comme une interface entre le milieu génétique et le milieu extérieur. C'est le fruit de l'activité indirecte de l'épissage, qui rétroagit sur la maturation des molécule d'ARN aprèes leur traduction à partir des gènes, qui est réellement responssables des pression sélectives et de l'adaptabilité.

Ce mécanismes peut aussi bien être a l'origine de l'évolution des gènes de développement (gène architèque et gène de segmentation). Résultant d'une bifurcation mutationnelle de l'appareillage génétique impliquer dans certaines forme de mécanisme d'épissage, mais cette fois ci au lieu de controler les processus de rétroaction enzymatique sur la maturation des ARN messager, ce dernier aurait évoluer vers un mécanisme de feelback directe sur l'expression (activation) génétique pouvant controler (par processus de résonnance fonctionnelle de l'activité génétique et enzymatique) l'activité de plusieurs autres gènes (via des facteur de transcription spécifique) dans une suite cohérentes relié a la concentration de leurs produits d'activité individuelle, formant ainsi par différents processus d'activité diriger et controlé biochimiquement des complexe génétique relié au gènes de développement. (voilà en gros le résumer de ma thèse)

Donc il est tout a fait possible d'immaginer que ce phénomène aurait put participer à l'origine à l'évolution des métazoaires !

Gilles

glevesque
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Message par glevesque » 29/08/2007 - 18:15:52

Salut

Personne pour contester ?

Gilles

Oswald_le_fort
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Message par Oswald_le_fort » 29/08/2007 - 19:26:47

Desole, personne ne lit.. C'est trop long...

glevesque
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Message par glevesque » 29/08/2007 - 19:54:22

Salut

Et oui pour connaitre il faut travailler un peut et étudier, rien ne viens a celui qui ne prend pas la peine de s'instruire !

La recherche est le fruit d'un travail et non d'une paresse intellectuelle !

Gilles

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bongo1981
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Message par bongo1981 » 29/08/2007 - 22:15:15

Est-ce valable pour toi aussi ? Parce que vue la teneur de tes postes, j'ai l'impression que tu n'as rien appris de plus, donc je reste à l'écart des discussions avec toi.

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Stardust
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Message par Stardust » 29/08/2007 - 22:27:24

Tiens, tiens !!!! mais le sujet de ce post, je le connais déjà ! Je l'ai vu ailleurs ! C'est une très vieille blague de glevesque !!!!

Ce cher glebvesque, est un posteur assez frappadingue tout de même.... :larme:
Image
(j'ai dit "imposteur" ?... hé, hé, jeu de mots ! :lol: )

Hé oui, en effet, depuis 2006 (au moins*), glevesque fait rire, grimacer ou grincer des dents les membres d'autres forums avec exactement la même blague, avec la même image illisible et les mêmes fôtes doretograffe.
Voir entre autres, les réactions super rigolottes des membres du forum hardware (le premier des liens suivants) :
Forum hardware : 22/09/2006 :lol: :lol: :lol:
Forum webastro : 22/09/2006

* certains des posts de glevesque, du même style, et sur le même thème de l'origine de la vie datent de 2004...

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Message par glevesque » 29/08/2007 - 22:52:55

Salut

Sauf que depuis le sujet a évoluer sur certains aspect !

Au lieu de vous regarder le nombris et de croire que tout est expliquer, regarder donc un peut autour de vous et dite moi si tout va vraiment pour le mieu ! Votre limitation d'esprit et votre ignorance sur plusieur sujet me fait bien rire, et ceci dite-le vous bien !

Dite moi pourquoi vous intervenez et polué le sujet, si ce dernier ne vous intéresse pas ! Car sinon vous pourrier au moins argument de manière intelligente et non en adolesssent pour savoir juste qui a réson ou a le plus gros nombril !

Votre ignorance sur les portées réelle et conceptuelles de certaines des grandes théoriques actuelle, vous dévoiles en plein jours sur votre approche terre à terre sur les connaissances qui fond réellement avancé les choses ! Et ce n'est pas des techniciens technocrate qui pourrons y faire tout simplement face ! Vous regarder les thèse et les bouquin et vous croyer après tout connaitre, sans même avoir prit le temps de peser les pour et les contre dans une approche annalytique et associative pluriel (multidisiplinaire) !

Si seulement vous pouriez comprendre la réelle porté de votre ignorance, et pour preuve vous n'apporté aucune argumentations constructif pouvant appuyer votre contestation a ma thèse !

Un autre liens pour les intéressés :
http://abcd.vosforums.com/index.php?sid ... 27c2d2886a


Gilles

glevesque
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Message par glevesque » 29/08/2007 - 23:30:16

Forum hardware : 22/09/2006
effectivement, nic a boulet !

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D@rkstone
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Message par D@rkstone » 30/08/2007 - 10:17:35

Bien drole le sujet sur forum adware :lol: :lol: :lol:
Les ordinateurs peuvent battre les hommes aux échecs. Je m'inquiéterai quand ils pourront nous battre au judo.

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buck
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Message par buck » 30/08/2007 - 10:33:40

je em demande si c'est une bonne idee de lui repondre ...

glevesque
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Message par glevesque » 24/10/2007 - 18:49:45

Salut

La vérité sur "l'ADN poubelle"
    L'ADN humain est composé de 3,3 milliards de paires de bases mais seul 1,5% de ce potentiel serait utilisé pour la synthèse des protéines de l'organisme tout entier. Le reste du génome, soit 3,25 milliards de paires de bases, était considéré jusqu'alors comme de "l'ADN poubelle", sans fonction significative. Désormais ces chercheurs viennent de montrer, sur une partie représentative du génome, que même les ADN non-codants sont presque tous transcrits en ARN, qui ont en outre des fonctions non négligeables: les ARN non-codants régulent très spécifiquement l'expression protéique. Ainsi, si une protéine est trop ou trop peu produite dans une cellule, l'équilibre est déplacé et des maladies peuvent survenir.
Animal ou végétal ? Le génome d'une algue modèle livre ses secrets
    Chlamydomonas qui retient l'attention des scientifiques: il s'agit d'une véritable mosaïque évolutive, combinant des caractéristiques clairement "végétales" et d'autres typiques des animaux. En tant que plante, le séquençage de Chlamydomonas éclaire de façon originale l'évolution du règne végétal, de l'aquatique au terrestre, de l'unicellulaire au pluricellulaire. La comparaison avec d'autres génomes d'algues et de plantes a déjà permis de dresser un catalogue de nouveaux gènes impliqués dans la photosynthèse et la biologie du chloroplaste. En revanche, d'autres gènes, et pas seulement ceux liés aux flagelles, sont plus proches du répertoire des animaux. Citons par exemple toute une série de nucléotide cyclases, des enzymes qui sont essentielles chez les animaux pour de nombreuses voies de signalisation intra- et intercellulaires. De nombreuses sélénoprotéines sont également présentes chez Chlamydomonas: elles comportent dans leur séquence un acide aminé rarissime, la sélénocystéine. Il s'agit là d'une propriété très ancienne des eucaryotes, qui n'a été conservée que dans certaines lignées, parmi lesquelles Chlamydomonas et les vertébrés.
La transformation génétique naturelle chez la bactérie
    Découverte chez S. pneumoniae (le pneumocoque), pathogène humain majeur, vecteur de méningites, otites et pneumonies, la transformation naturelle bactérienne consiste en l'intégration d'ADN d'origine externe dans le génome de la bactérie receveuse. La transformation est considérée comme une forme de parasexualité (1) réduite à sa forme la plus simple, l'un des partenaires étant la bactérie, et l'autre de l'ADN présent dans le milieu extérieur.
Eléments de classification des protozoaires
    Les zooflagellés sont les ancêtres des animaux, les phytoflagellés sont les ancêtres des plantes. Les Euglènes (Euglena) ont un flagelle tracteur, et sont à la fois des algues (elles effectuent la photosynthèse en présence de lumière) et des animaux (en l’absence de lumière, elles perdent leurs chloroplastes et se nourrissent de matière organique).
Arché et Parenté
    Quels facteurs? Nous commençons tout juste à découvrir qu’il s’agit de diverses protéines, clairement parentes des «facteurs de transcription» eucaryotiques, à telle enseigne qu’en laboratoire on peut parfois remplacer avec succès les protéines archéobactériennes par des «facteurs de transcription» eucaryotiques. Sur ce point fondamental de la vie de toute cellule, les archéobactéries ressemblent donc indubitablement aux eucaryotes. (convergence ou divergence homologue)
[url=http://www.cnrs.fr/cw/fr/pres/compress/mist250699bis.html]Le vent souffle sur l’arbre de l’évolution des animaux
Un indice pour expliquer la fameuse " explosion " du Cambrien [/url]
    Selon une étude menée par trois équipes de chercheurs français (du Centre de génétique moléculaire du CNRS à Gif-sur-Yvette), britanniques et américains, publiée dans la revue Nature (24 juin 1999), l'ancêtre de l'ensemble des animaux à symétrie bilatérale possédait déjà un système complexe de gènes de développement

Une veille discussion sur le sujet chez futura science :
http://forums.futura-sciences.com/thread99402.html

A cette époque les intervenant (dont piwi) m'avait induit en érreur sur l'aspect non homologue des gènes hox (voir le point 9), de nos jours nous savons qu'il le sont (voir : Comment les pattes viennent au Serpent de Lambert et Rezsohazy, Champs Flammarion 2004) (8 gènes hox chez la mouche drosophile et 39 chez la souris et l'homme divisé en 4 complexe contre 1 pour les arthropodes, voir la page 153)

Résumer :

1 - Concepte de Multistabilité (page 89, et étant le sujet principale du livre sur la plasticité, très bon !) (homéostasie élargie/épigénétique/épissage alternatif (page 133 sur la diversité des assemblages modulaire des protéines avec les introns))
2 - Boucle de rétroaction et régulations croisées sont dans le monde vivant des thèmes récurrents qui permettrent de coordonner, d'ajuster, d'adapter, de maintenir la cellule, l'organisme, la population en harmonie avec les fluctuations du milieu extérieurs. (page 69-70)
3 - Gènes hox bicoid (facteur de transcription Hunchback-Kruppel-Knirps-Giant, rétrocontrol par gradient de concentration croisée antério-postérieur et gène Gap et pair-rule Even-skipped) (page 79-83)
4 - Un facteur de transcription (à effet extracellulaire) pourrait donc agie comme une hormonne a effet locale (page 87)
5 - L'ADN humain est truffé de transposons (page 117), qui se recopit par transcription inverse (nommé rétrotransposons et similaire au rétrovirus (page 121) qui compte pour 45% du génome (page 117) et observation d'un premier cas observé de saut d'un rétroélément humain chez un enfant atteint d'hémophilie, alors que les parent avaient des copies intactes. Certain (Short INtersperced Element (SINE)) sont exprimer en condition de stress (page 121)
6 - L'activité des transposons peut être néfaste pour l'espèce qui les héberge, car les incersions dans le génome peuvent entrainer l'inactivation des gènes indispenssables à l'intégralité des fonctions cellulaires (page 123/152 pour antennapedia). Pas bon pour aussi les PGM donc lors des incersion aléatoire ! Si cela affecte les gènes de développement des gamètes reproductive, et bien métamorphose il y aura (c'est moi qui souligne) !!!!!!
7 - Les facteur de transcription des Bilatéria ont une origine commune (page 146 et 156)
8 - les homéodomaine sont concervé a travers les phylum (page 140 et suivante)
9 - Si on compare les complexes homéotiques des mammifères à celui de la drosophile, on constate que l'agencement des gènes homéotiques au sein de ces complexes a été concervé. Cette observation renforce l'idée que les complexes homéotique de la drosophile et des mammifères on une origine commune. Il y a même corrélation sur la position des gènes au sein du complexe et de leur temporalité d'expression (page 152)

Alors que les grandes classes de facteurs de transcriptions et de molécules de signalisation sont concervées et se retrouve dans toutes les lignées Bilatéria, les modes de développement embryonnaire précoce, quand à eux, sont très variés et parfois très différents d'un groupe à l'autre d'animaux. Ainsi il est remarquable de constater que les gènes homéotiques remplissent des rôles homologue chez des organismes qui, au départ, se développe de manière différentes et qui présentent in fine des formes extrêmement variées. Si les gènes actuelles ont été concervés, ainsi que leurs fonctions, leur implication dans la diversification des formes provient de ce qu'ils prennent part à des réseaux de régulation différentes. Lapparition de nouvelles formes, sur une base de gènes architectes homologue, reposerait ainsi entre autres sur l'établissement de nouvelles relation régulatoires.
10 - La différenciation cellulaire est sous le controle épigénétique (page 211)

Gilles

glevesque
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Message par glevesque » 24/10/2007 - 19:27:59

PS : Allez-vous encore me dire qu'il s'agit de plagiat ici !

Gilles

Verrouillé