[News] Une approche révolutionnaire pour l'étude du microbiote intestinal
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[News] Une approche révolutionnaire pour l'étude du microbiote intestinal
Une collaboration internationale au sein du consortium MetaHIT pilotée par l'Inra et impliquant des équipes du CEA, du CNRS et de l'Université d'Evry, a mis au point une nouvelle méthode pour l'analyse du génome global, ou métagénome du microbiote intestinal (1). Cette méthode permet de réduire considérablement la quantité d'éléments à analyser tout en délivrant des données de haute qualité, avec des résultats encore plus précis et plus rapides à obtenir. Les chercheurs ont a...
Re: [News] Une approche révolutionnaire pour l'étude du microbiote intestinal
Hey ! Ca me rappelle le principe des signatures spectrales en télédetection. Je serai curieux de savoir si en étude génétique on utilise des algorithmes de classification plutôt du type moyennes-mobiles ou plutôt DBSCAN-OPTICSPour y parvenir, ils sont partis d'une hypothèse simple:
- pour chacune des centaines d'espèces bactériennes qu'un individu abrite dans son tube digestif l'abondance de tous ses gènes est constante, puisque chaque cellule d'une même espèce possède les mêmes gènes
- entre individus, l'abondance relative des différentes espèces varie fortement, entre 10 et 1000 fois, et, bien entendu, l'abondance des gènes que chacune abrite varie d'autant
- en comparant cette abondance de gènes bactériens entre différents individus, il est possible d'affirmer que les gènes dont l'abondance varie similairement appartiennent à une même espèce bactérienne.
