Le puits situé devant la basilique date VIIIe siècle et porte des inscriptions probablement postérieures : In nomine patres et fili et spiritu santi et Omnes sitientes venite ad aquas (Que tous ceux qui ont soif viennent à l'eau). Le portique extérieur de quatre colonnes et cinq arches marque le niveau d'origine de l'édifice. L'intérieur de l'église est divisé en trois nefs séparées par cinq paires de colonnes de marbre toutes différentes et surmontées de chapitaux ioniens. L'abside semi-hexagonale est agrémentée de fenêtres à plaques d'onyx jaunes diffusant une lumière dorée.
Aux XVIe et XVIIe siècles de nouvelles mosaïques furent ajoutées dans l'abbatiale d'après les cartons du Cavalier d'Arpin et le plafond refait dans le style baroque avec de simples poutres de bois.