La biogéographie est une branche de la géographie physique et de l'écologie qui étudie la vie à la surface du globe par des analyses descriptives et explicatives de la répartition des êtres vivants, et plus particulièrement des communautés d'êtres vivants. Les pères de la biogéographie sont les explorateurs des XVIIIe et XIXe siècles, parmi lesquels Alexander von Humboldt (1769-1859), Aimé Bonpland (1773-1858), Alfred Russel Wallace (1823-1913), Charles Darwin (1809-1882)...
En effet, les êtres vivants s'organisent pour donner des paysages différents que l'on appelle "formations" (dénommées le plus souvent selon leurs profils ou les formations végétales les composant). Ce sont les formations végétales qui marquent le plus un paysage, le vivant végétal (appartenant à la biosphère), et qui a des interactions avec l'atmosphère, l'hydrosphère et la lithosphère (le substrat).
Longtemps, la tendance des biogéographes a été de vouloir décrire la réparition spatiale des êtres vivants dans une Terre vierge de toute influence anthropique. Ce fut notamment l'approche de Pierre BIROT dans Les formations végétales du globe.
Mais cette approche est aujourd'hui remise en cause. Le concept de climax est contestable du point de vue naturaliste, et les forêts actuelles ne sont pas compréhensibles sans tenir compte des héritages de la reconquête glaciaire : certains sites des Alpes auraient potentiellement une hêtraie mais n'en présentent pas car le hêtre ne s'y est pas implanté depuis ses refuges glaciaires.
Mais ce n'est pas tout. Sur des forêts qui ont subi des siècles de pratiques usagères entraînant une dégradation des sols, le déterminisme climat-édaphologie n'a plus de sens. La forêt d'Andenne, en Normandie, présente des sols très dégradés et des formations sans rapport avec les climax tels que définis par Gaussen, comme le montra Gérard Houzard. Un cas extrêmes est celui du polémosystème : les forêts se développant sur les anciens fronts de 1914-1918 sont absolument aberrant du point de vue naturaliste, et incompréhensibles si l'on ne tient pas compte de l'histoire.
Cette approche actuelle, qui se développe en France, constitue la biogéographie historique.
Ainsi, deux profils s'opposent ou se complètent : les naturalistes et les biogéographes. Ces derniers font intervenir les facteurs humains pour décrire le paysage qui en grande partie résulte de l'action de l'Homme. L'Écologie du paysage tente de concilier ces deux approches.
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