Freedesktop.org est une zone informelle de collaboration entre différents projets de logiciels libres comme GNOME, KDE, Enlightenment, GStreamer, Xgl/AIGLX ou encore X.Org pour travailler à l'interopérabilité des environnements graphiques sous les systèmes utilisant X Window System comme GNU/Linux (ou sur d'autres UNIX) en produisant des logiciels et des spécifications.
Les deux principaux environnements de bureau actuels sont GNOME et KDE, mais le but de Freedesktop est d'être neutre et de proposer des spécifications (presque élevées au rang de standards) afin de faciliter le travail de développeurs en améliorant la compatibilité des programmes GNOME et KDE, mais aussi de rendre l'expérience des utilisateurs finaux la plus agréable possible.
Notons que Freedesktop n'a pas pour objectif de standardiser les interfaces utilisateur, qui doivent au contraire avoir chacune leurs originalités pour plaire à des publics différents, mais d'harmoniser l'infrastructure : copier/coller, raccourcis claviers, détection du matériel, etc. Freedesktop encourage des protocoles unifiés et des symboles distincts (voir protocole-symbole).
Les projets développés sous l'égide de freedesktop.org sont nombreux, on trouve notamment :