Eukaryota (classification phylogénétique) - Définition

Introduction

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Eukaryota (Eukarya, Eucaryotes), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.

Arbre phylogénétique

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.

Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.

      ▲      └─o Eukaryota        ├─o Unikonta        │ │        │ ├─o Amoebozoa ►        │ │        │ └─o Opisthokonta ►        │        └─o Bikonta          ├─? Apusozoa          │ ├─o Diphyllatea ou Collodictyonidae          │ ├─o Hilomonadea          │ │ ├─o Micronuclearia          │ │ └─o Planomonadida          │ └─o Thecomonadea          │   ├─? Hemimastigophora ou Spironemidae          │   ├─o Ancyromonadidae          │   └─o Apusomonadida          └─o            ├─o Excavata ►            └─o              ├─o Plantae ou Archaeplastida ►              │              └─o Chromalveolata ► (paraphylétique ?)                │                └─o Rhizaria ►      

Orchis longicornu (Archaeplastida, Angiospermata, Asparagales, Orchidaceae)

Flammulina velutipes (Mycota, Basidiomycota, Agaricales, Marasmiaceae)

Chrysaora sp. (Metazoa, Cnidaria, Scyphozoa)]]

Lionne d'Afrique (Panthera leo, Metazoa, Mammalia, Felidae)

En savoir plus

Sources bibliographiques de référence

Sur les Eucaryotes en général

• Sandra L. Baldauf : « An overview of the phylogeny and diversity of eukaryotes », Journal of Systematics and Evolution, vol. 46, n°3, 2008, pp. 263–273
• Hwan Su Yoon, Jessica Grant, Yonas I. Tekle, Min Wu, Benjamin C. Chaon, Jeffrey C. Cole, John M. Logsdon Jr., David J. Patterson, Debashish Bhattacharya et Laura A. Katz (2008) « Broadly sampled multigene trees of eukaryotes », BMC Evolutionary Biology, 8:14
• Johanna Fehling, Diane Stoecker et Sandra L. Baldauf (2007) « Photosynthesis and the Eukaryote Tree of Life », in P. G. Falkowski et A. H. Knoll, Evolution of Primary Producers in the Sea, Elsevier, Boston, pp. 75-107
• Jeremiah D. Hackett, Hwan Su Yoon, Shenglan Li, Adrian Reyes-Prieto, Susanne E. Rümmele et Debashish Bhattacharya (2007) « Phylogenomic Analysis Supports the Monophyly of Cryptophytes and Haptophytes and the Association of Rhizaria with Chromalveolates », Mol. Biol. Evol. 24 (8), pp. 1702–1713
• Fabien Burki, Kamran Shalchian-Tabrizi, Marianne Minge, Åsmund Skjæveland, Sergey I. Nikolaev, Kjetill S. Jakobsen, Jan Pawlowski (2007) « Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups », PLoS One 2(8): e790
• Laura Wegener Parfrey, Erika Barbero, Elyse Lasser, Micah Dunthorn, Debashish Bhattacharya, David J. Patterson, Laura A. Katz (2006) « Evaluating Support for the Current Classification of Eukaryotic Diversity », PLoS Genet 2(12): e220
• Sina M. Adl, Alaistair G. B. Simpson, Mark A. Farmer, Robert A. Andersen, Roger Anderson, John R. Barta, Samuel S. Bowser, Guy Brugerolle, Robert A. Fensome, Suzanne Fredericq, Timothy Y. James, Sergei Karpov, Paul Kugrens, John Krug, Christopher E. Lane, Louise A. Lewis, Jean Lodge, Denis H. Lynn, David G. Mann, Richard M. McCourt, Leonel Mendoza, Øjvind Moestrup, Sharon E. Mozley-Standridge, Thomas A. Nerad, Carol A. Shearer, Alexey V. Smirnov, Frederick W. Spiegel et Max F. J. R. Taylor (2005) « The New Higher Level Classification of Eukaryotes », J. Eukaryot. Microbiol., 52 (5), p. 399–451
• Hwan Su Yoon, Jeremiah D. Hackett, Claudia Ciniglia, Gabriele Pinto et Debashish Bhattacharya (2004) « A Molecular Timeline for the Origin of Photosynthetic Eukaryotes », Mol. Biol. Evol. 21 (5) p. 809-818
• Hisayoshi Nozaki et alii (2003) « The phylogenetic position of Red Algae revealed by multiple nuclear genes from mitochondria-containing eukaryotes and an alternative hypothesis on the origin of plastids », J. Mol. Evol. 56 p. 485-497
• Thomas Cavalier-Smith (2002) « The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 52, p. 297–354
• Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader (2001, 2006³) Classification phylogénétique du vivant, Belin, ISBN 2-7011-4273-3
• Sandra L. Baldauf, A. J. Roger, I. Wenk-Siefert et W. F. Doolittle (2000) « A Kingdom-Level Phylogeny of Eukaryotes Based on Combined Protein Data », Science (290), p. 972-977
• Thomas Cavalier-Smith (1998) « A revised six-kingdom system of life », Biological reviews 73, p. 203-266
• Thomas Cavalier-Smith (1993) « Kingdom Protozoa and Its 18 Phyla », Microbiological Reviews 57 (4), pp. 953-994

Sur les Apusozoaires

• Thomas Cavalier-Smith, Ema E. Chao, Alexandra Stechmann, Brian Oates et Sergei Nikolaev : « Planomonadida ord. nov. (Apusozoa): Ultrastructural Affinity with Micronuclearia podoventralis and Deep Divergences within Planomonas gen. nov. », Protist, volume 159, n°4, 2008, pp. 535-562

Autres sources bibliographiques

Sources internet

• Inventaire illustré de la diversité des Eucaryotes sur le site du Cours de Microbiologie Eucaryote du Master IMVI de l'université Paris VII Denis Diderot
• Alexey B. Shipunov (2008) Systema Naturae
• Mikko's Phylogeny Archive
• The Taxonomicon
• Palaeos.org
• Palaeos.com
• Micro*scope
• NCBI Taxonomy Browser
• The Tree of Life Web Project
• Effervesciences (CINAPS Télévision) : Darwin aujourdhui (avec Guillaume Lecointre)

Liens internes

• Eukaryota -- Alveolata -- Archaeplastida -- Chromista -- Metazoa -- Mycota
• Le vivant (classification phylogénétique)
• Série Orientation bibliographique :
  • Origine et l'évolution du vivant - Zoologie - botanique, phycologie et mycologie - Microbiologie
• Photo-guide taxinomique du monde végétal
• Arbre phylogénétique
• Classification phylogénétique de Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader