La vallée de Cagayan au nord de Luçon contient de nombreux outils préhistoriques de pierre qui témoignent de la présence d'hominidés chasseurs de grand gibier tels le stégodon (éléphant préhistorique), le rhinocéros, le crocodile, la tortue, le sanglier et le daim. Les grottes de Tabon, situées sur l'île de Palawan, montrent des traces d'installation qui remontent à plus de 30 500 ans ; ces chasseur-cueilleurs utilisaient des éclats de silex comme outils. Sur Mindanao, ces outils préhistoriques sont en abondance, ce que le héros national José Rizal remarque lui même dans les années 1880, grâce à ses nombreuses connaissances scientifiques et à ses contacts avec la communauté archéologique espagnole et allemande[réf. souhaitée].
Après la dernière ère glaciaire, le niveau de la mer s'élève d'environ 35 mètres submergeant ainsi l'isthme reliant les Philippines au continent, tout en donnant naissance aux mers peu profondes situées au nord de Bornéo.
Les flux de populations ne deviennent possibles que grâce à l'utilisation de pirogues de type prao, construites à partir de troncs d'arbres évidées par des piochons (NdT adze en anglais). Il y a 5 000 ans, des habitants du littoral de la Chine du Sud, cultivateurs de millet et de riz, commencent à traverser le détroit pour s'installer à Taiwan. Vers 2000 av. J.-C., des migrations ont lieu de Taiwan vers les Philippines. De nouvelles migrations commencent bientôt des Philippines vers Célèbes et Timor et de là, les autres îles de l'archipel indonésien. Vers 1500 av. J.-C., un autre mouvement mène des Philippines en Nouvelle-Guinée et au-delà, les îles du Pacifique. Les Austronésiens sont sans doute les premiers navigateurs de l'histoire de l'humanité. De nos jours, le mot en langue Filipino qui désigne « village » – barangay – a une étymologie proche du mot bateau.
La mer de Chine méridionale possède des courants qui tournent dans le sens inverse des aiguilles d'une montre. De fait, lors de la mousson du sud-ouest, entre juin et septembre, la navigation à partir des côtes ouest des Philippines jusqu'au nord de la mer de Chine méridionale se trouve simplifiée. Lors de la mousson de nord-est, de décembre à février, c'est la navigation entre la mer de Chine méridionale et le Viêt Nam qui devient plus facile. À partir du Viêt Nam, les navigateurs peuvent ainsi voyager vers l'est le long des latitudes 11 et 14 degrés, à destination de Palawan ou Mindoro, dans des bateaux à faible tirant d'eau.
Les zones d'habitation sont choisies pour leur ressources en eau douce, mais comme la terre est abondante, le commerce avec les autres peuples de la mer fournit un support aux échanges culturels et religieux.
Le fait d'enterrer des jarres est une coutume qui est pratiqué du Sri Lanka jusqu'à la plaine de Jarres du Laos mais aussi au Japon. On retrouve également des traces de ces pratiques dans les grottes de Tabon à Palawan. Un exemple d'une telle jarre, utilisée comme urne funéraire lors de funérailles secondaires, est conservé au Musée National des Philippines. Ce trésor national est une jarre dont le couvercle est surmonté par deux figures, l'une représentant le défunt avec les bras croisés et les mains touchant les épaules, l'autre représentant un timonier. Tous deux sont assis dans un prao dont le mât est absent. À cette période, les rites funèbres secondaires sont pratiqués dans toutes les Philippines : les os sont enterrés une seconde fois, et certains dans des jarres prévues à cet effet. Soixante-dix-huit poteries en terre cuite à vocation funéraire ont également été retrouvées dans la grotte de Manunggul, à Palawan.
Un pièce de musée - un piochon (NdT adze en anglais) de cérémonie en jade, de près de 7 cm de long et d'une remarquable qualité pour un outil primitif - est un indice sur les sources de richesse des Philippines. Mais on ignore exactement ce que ces peuples de navigateurs échangeaient à part peut-être du jade et de l'or.
Au début, les objets les plus prisés sont les jarres, symbole de richesse dans toute l'Asie du Sud, puis par la suite, le métal, le tabac et le sel. Ceci est échangé contre du cuir, des cornes de rhinocéros, des becs de calao, de la cire d'abeille, des nids d'oiseaux, de la résine.