Il repose sur l'identification du germe, soit à l'examen direct d'un échantillon (expectoration) au microscope, soit après mise en culture de ce même échantillon. Cette dernière procédure est cependant longue (plusieurs semaines), ce qui retarde d'autant le diagnostic. Elle permet d'effectuer un antibiogramme (test de la sensibilité du germe à différents antibiotiques).
La détection de certains gènes de la mycobactérie après une réaction en chaîne par polymérase semble être prometteuse avec cependant un coût plus important.
La tuberculose peut être causée par différents germes :
Le test à la tuberculine (intra-dermo réaction) consiste à injecter sous la peau une dose de ce dernier et de visualiser la présence ou l'absence de réaction allergique (taille de la papule) après 48 à 72 h. Ce test est cependant peu sensible, surtout chez le patient immunodéprimé, et peu spécifique (patient vacciné ou ayant été au contact d'autres mycobactéries).
La détermination des souches résistantes aux anti-tuberculeux habituels est importante pour adapter le traitement. La mise en culture du germe identifié dans différents milieux enrichis en antibiotiques (antibiogramme) reste la méthode de référence mais peut demander plusieurs semaines pour avoir une réponse. Des sondes génétiques permettant d'identifier directement les souches résistantes dans un délai très bref ont été mises au point avec une bonne sensibilité et spécificité.
Selon une étude d'Olivier Neyrolles de l'Institut Pasteur, le bacille de Koch se cacherait dans les cellules adipeuses. C'est ainsi qu'il résisterait aux antibiotiques les plus puissants et qu'il serait capable de réapparaître après de nombreuses années chez des personnes guéries.
Un premier vaccin fut expérimenté en 1886 par Vittorio Cavagnis tandis qu'à cette même époque Robert Koch tenta vainement de développer un sérum curatif basé sur la tuberculine. En 1902, à partir d'un bacille d'origine humaine atténué, Behring essaya un vaccin contre la tuberculose bovine : le bovovaccin.Behring proposa également, sans succès, la tuberculase. Toujours dans le domaine vétérinaire, Koch essaya le tauruman. Pour mémoire, il faut aussi citer le sérum de Marmorek ( 1904), le sérum de Maragliano, les sérums de Richet et Héricourt, ainsi que les tentatives peu honnêtes de Friedmann et de Spahlinger. C'est en 1921, qu'Albert Calmette et Camille Guérin essayent avec succès le premier vaccin contre la tuberculose sur lequel ils travaillaient depuis 1908 - qui était conçu pour être un vaccin vétérinaire -. Baptisé BCG (pour Bacille de Calmette et Guérin ou Bilié de Calmette et Guérin) ce vaccin issu d'une souche vivante atténuée de Mycobacterium bovis deviendra obligatoire en France en 1950.
L’efficacité de la vaccination par BCG se limite à la protection contre l’évolution mortelle de la tuberculose, particulièrement la méningite tuberculeuse et la maladie disséminée (miliaire). Le vaccin est plus efficace chez le nouveau-né et l'enfant que chez l'adulte.
Il ne permet donc pas d'empêcher la transmission de la maladie et d'enrayer l'épidémie mondiale. L'avenir est dans la recherche des gènes de virulence du bacille.
Signalons au passage que si on regarde attentivement l'évolution de la régression de la tuberculose depuis le XIXe siècle (fait constaté dans de nombreux pays), on constate objectivement qu'elle a régressé avant la découverte des antituberculeux, ou de la vaccination. Les épidémiologistes l'interprètent essentiellement par l'amélioration des conditions d'hygiène, des conditions nutritionnelles, etc.
Sur base d'études faites à grande échelle et organisées par l'Organisation mondiale de la santé (OMS), certains pensent que l'efficacité du BCG est faible : dans une étude faite sur 260 000 personnes dans un pays d'endémie tuberculeuse (en Inde), les auteurs n'ont pas trouvé de différence significative entre le groupe qui avait reçu le BCG et celui qui ne l'avait pas reçu. Une autre étude faite également en Inde sur 366.625 personnes a montré que le BCG n'avait aucune action préventive sur les formes de tuberculoses pulmonaires adultes.
En juillet 2007, le ministre français de la santé, Roselyne Bachelot, a annoncé la suspension de l'obligation de vacciner tous les enfants et les adolescents contre la tuberculose par le BCG, à l'occasion de la présentation du nouveau programme de lutte contre cette maladie.
Après plus de deux ans de débats, et conformément aux recommandations du Conseil supérieur d'hygiène publique français et du Comité technique des vaccinations, la France, à l'image d'autres pays européens, veut optimiser sa stratégie de vaccination en la ciblant vers les enfants dits « à risque » et en renforçant le dépistage.
En France ( depuis 1964 ), en Belgique et en Suisse, cette maladie est sur la liste des Maladies infectieuses à déclaration obligatoire.
En France, en particulier, c'est la mise sous traitement antituberculeux qui fait partie de la déclaration. Cela permet d'inclure les cas confirmés bactériologiquement et les cas probables reposant sur un faisceau d'arguments épidémiologiques, cliniques et d'imagerie en l'absence de preuve bactériologique formelle. En effet ces cas probables nécessitant les mêmes investigations d'enquête épidémiologique pour rechercher d'éventuels cas contact ou contaminant autour d'eux...
Toutes les espèces de vertébrés peuvent être atteintes spontanément par différents types de bacilles tuberculeux . Ces tuberculoses animales peuvent être cause de zoonoses .
Les symptômes de la tuberculose animale n’ont été décrits et rapprochés de ceux de l’homme que très tardivement .Si Aristote décrivit déjà les scrofules chez les animaux , les lésions de la tuberculose bovine restèrent longtemps confondues avec celles de la péripneumonie contagieuse et de l’hydatidose bovine ou de la morve des chevaux.Le premier à rapprocher les tubercules humains de ceux du boeuf fut Ernst Friedrich Gurlt , en 1831 . Auparavant la tuberculose bovine ,surtout dans les cas de localisation pleurale, a pu être assimilée plutôt à la syphilis humaine. Après les découvertes de Koch , la question des rapports entre tuberculose humaine et tuberculose bovine ,se reposant en des termes nouveaux ,ne fut résolue que tardivement .
Afin de prévenir la transmission du bacille à l'homme, soit par voie aérienne directement par contact, soit par voie digestive après ingestion de viande ou de lait insuffisamment cuit ou pasteurisé, la plupart des pays développés ont entrepris d'assainir leur cheptel bovin.
La détection des animaux porteurs se fait par voie clinique, allergique et par recherche des lésions évocatrices sur les carcasses à l'abattoir. En France, cette prophylaxie est obligatoire depuis 1963 sur tout le territoire national pour tous les bovins âgés de plus de 6 semaines. Pour que les animaux puissent se déplacer sans contrainte, le cheptel doit obtenir le statut « officiellement indemne de tuberculose ». Pour cela, tous les animaux sont testés régulièrement par intradermotuberculination. La fréquence est annuelle mais peut être allégée quand la prévalence de la maladie dans le département est faible.
Les animaux réagissant peuvent être soit testés comparativement par une tuberculine aviaire (pour détecter les faux positifs), soit envoyés à l'abattoir (l'abattage est alors subventionné) où les lésions évocatrices seront recherchées par un vétérinaire inspecteur, et éventuellement confirmées par diagnostic de laboratoire. Les troupeaux où l'infection est confirmée peuvent faire l'objet d'un abattage total, également subventionné.
Parallèlement, en France, un réseau de 5 000 vétérinaires sanitaires surveille l'apparition de signes cliniques évocateurs. Des visites sanitaires biennales de tous les troupeaux de bovins sont obligatoires.
La vaccination au BCG positivant le test intradermique, elle est interdite sur le territoire français.
Cette politique a permis de faire considérablement baisser la prévalence de la tuberculose bovine. En 2000, la commission européenne a reconnu à la France le statut de pays officiellement indemne. En 2006 le taux d'incidence était de 0,032 % de cheptels infectés alors qu'il était de près de 25 % en 1955.
Il convient de distinguer la tuberculose bovine de la paratuberculose bovine ,due également à une mycobactérie , mais qui n'est pas une zoonose .
Avant l’obligation de pasteurisation du lait , la proportion des cas de tuberculose humaine d’origine bovine était estimée à 1,3 % des cas de tuberculose humaine. En France aujourd'hui, les rares cas de tuberculose humaine d'origine animale ( 0,5 p. cent des cas )sont constatés dans leur majorité chez des sujets de plus de 60 ans, ce qui est le signe d’une infection ancienne.
La fréquence de la tuberculose chez les carnivores domestiques ,essentiellement due à M. bovis ou M. tuberculosis ,a baissé, en même temps que celles des tuberculoses humaine et bovine. Le vétérinaire doit cependant toujours veiller à ce que que les carnivores ne servent pas de relais épidémiologique secondaire dans un foyer de tuberculose, qu’il soit animal ou humain. Le diagnostic de la tuberculose des carnivores est extrêmement difficile à poser .