L'université de Strasbourg est un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel (EPSCP), dirigé par un président élu à la majorité absolue des membres élus du conseil d'administration, à bulletins secrets. Son mandat correspond à celui du conseil d’administration et des autres conseils soit quatre ans, il est renouvelable une seule fois.. L'actuel président de l'université de Strasbourg est Alain Beretz, professeur de pharmacologie élu le 18 décembre 2008. Il est à la tête de la direction de l'université qui est représentée par le président et son équipe (vice-présidents, bureau et bureau élargi) est et assistée par le directeur général des services et ses adjoints.
Les trois conseils centraux de l'université sont :
Les autres organes légaux sont le comité technique paritaire (CTP), la commission paritaire d'établissement (CPE) ainsi que les comités de sélection, la commission consultative paritaire à l’égard des personnels contractuels (CPCC) et le comité d'hygiène et de sécurité (CHS).
D'autres organes interviennent en appui, ils sont dits statutaires car inscrits dans les statuts de l'université. Ainsi l'université a choisie de créer un nouvel échelon dans son organisation, en mettant en place 9 collégiums fédérant chacun des composantes suivant les domaines de formation. L'université les définis comme un organe de coordination entre la Présidence et les composantes. Il (le collégium) donne ses avis sur les dossiers relatifs à l’offre de formation, aux programmes de recherche et aux moyens associés. Il anime et renforce le lien entre la formation et la recherche, et suscite l’émergence de formations et de thématiques innovantes fondées sur la complémentarité des disciplines. À ce titre, il veille au développement de programmes disciplinaires ou pluridisciplinaires avec d’autres collégiums
Deux autres organes statutaires ont aussi étaient mis en place, les collège des écoles doctorales ainsi que le congrès qui réunit les trois conseils (CA, CS et CEVU) et peut être consulté sur décision du président.
L'université de Strasbourg s'est doté dés sa création, comme le permet la loi relative aux libertés et responsabilités des universités d'une fondation : La Fondation Université de Strasbourg qui est une fondation de type partenariale et qui a pour personnalité morale l'université de Strasbourg.