Détection de SARS-CoV-2: la spectrométrie de masse montre son potentiel de rapidité

Publié par Redbran le 13/08/2020 à 13:00
Source: CEA

(c) Chan2545
Une équipe du CEA-Joliot à Marcoule a détecté par spectrométrie de masse, en 3 minutes et sans réactifs spécifiques, des peptides signatures du virus SARS-CoV-2 dans des échantillons cliniques. Elle apporte ainsi une preuve de concept de cette méthode comme alternative possible à la PCR, actuellement méthode de référence.

La méthode de référence actuelle pour détecter le virus (Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se multiplier. Les virus existent sous une forme extracellulaire ou...) SARS-CoV-2 dans un organisme est la PCR qui recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances...) une séquence génétique (La génétique (du grec genno γεννώ = donner naissance) est la science qui étudie l'hérédité et les gènes.) spécifique au virus, après prélèvement nasal. Cette approche permet un flux (Le mot flux (du latin fluxus, écoulement) désigne en général un ensemble d'éléments (informations / données, énergie, matière, ...) évoluant dans un sens commun. Plus précisément le terme est employé dans les domaines...) important d'analyses, mais reste toutefois tributaire des mutations génétiques qui peuvent apparaître dans le virus et est longue à mettre en oeuvre.

L'équipe du CEA-Joliot a récemment démontré la possibilité d'une autre stratégie (La stratégie - du grec stratos qui signifie « armée » et ageîn qui signifie « conduire » - est :) de détection du virus, afin de compléter les moyens de diagnostic (Le diagnostic (du grec δι?γνωση, diágnosi, à partir de δια-, dia-, „par, à travers, séparation, distinction“ et...). Elle a utilisé avec succès la protéomique shotgun (1) pour détecter et identifier une shortlist de 14 peptides signatures de SARS-CoV-2 dans un modèle de cellules en culture (La définition que donne l'UNESCO de la culture est la suivante [1] :) exprimant les protéines virales.

Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé des échantillons d'écouvillons nasals provenant de patients en phase (Le mot phase peut avoir plusieurs significations, il employé dans plusieurs domaines et principalement en physique :) de rémission du CHU de Nîmes par spectrométrie de masse (La spectrométrie de masse (mass spectrometry ou MS) est une technique physique d'analyse permettant de détecter et d'identifier des...) en tandem et ont réussi à identifier 2 peptides de la nucléoprotéine de SARS-CoV-2 et ce, en seulement 3 minutes ( Forme première d'un document : Droit : une minute est l'original d'un acte. Cartographie géologique ; la minute de terrain est la carte originale, au crayon,...) d'acquisition (En général l'acquisition est l'action qui consiste à obtenir une information ou à acquérir un bien.) et sans aucun réactif spécifique.

Plus rapide, plus précise, et non soumise aux variations génétiques de SARS-CoV-2, la méthode de spectrométrie de masse (Le terme masse est utilisé pour désigner deux grandeurs attachées à un corps : l'une quantifie l'inertie du corps (la masse inerte)...) utilisée ici apporte ainsi une preuve de concept pour compléter la méthode PCR de référence, qui reste à ce stade (Un stade (du grec ancien στ?διον stadion, du verbe ?στημι istêmi, « se tenir droit et ferme ») est un équipement sportif.) indispensable. Pour se démocratiser, l'approche proposée doit encore compter sur la miniaturisation des instruments et l'optimisation du procédé.

Note:
(1) La protéomique "shotgun" fait référence à la caractérisation de fragments de protéines pour les identifier, et ce dans des mélanges complexes, en utilisant une combinaison (Une combinaison peut être :) de chromatographie liquide (La phase liquide est un état de la matière. Sous cette forme, la matière est facilement déformable mais difficilement compressible.) à haute performance combinée à la spectrométrie de masse en tandem.


Références:
Proteotyping SARS-CoV-2 virus from nasopharyngeal swabs: a proof-of-concept focused on a 3 min mass spectrometry window | Journal of Proteome Research
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