Os genomas dos humanos atuais ainda carregam a assinatura dos cruzamentos com os neandertais, influenciando nossa saúde de diversas maneiras. No entanto, o cromossomo Y, específico aos homens, é totalmente desprovido de DNA neandertal. Existem várias hipóteses para explicar esse fenômeno.
Os especialistas destacam que essa ausência pode ser devido ao acaso ou à incompatibilidade genética entre os machos neandertais e as fêmeas Homo sapiens. Em 2016, um estudo revelou o cromossomo Y de um neandertal macho de 49.000 anos. Contudo, nenhuma porção do DNA desse cromossomo foi encontrada em amostras humanas modernas.
Uma explicação possível é a deriva genética, onde o DNA neandertal foi simplesmente perdido ao longo do tempo. O DNA neandertal é raro em humanos atuais, portanto, é possível que tenha sido eliminado por esse processo. Outra hipótese sugere que o cromossomo Y neandertal era incompatível com o DNA humano moderno, levando a problemas imunológicos ou abortos nas mulheres que carregavam fetos masculinos com esse cromossomo.
Essa hipótese é baseada na ideia de que os genes do cromossomo Y neandertal interferiam com o sistema imunológico humano, causando rejeições. Além disso, uma teoria antiga chamada "regra de Haldane" propõe que a infertilidade entre populações geneticamente diferentes afeta principalmente o sexo com dois cromossomos sexuais distintos, neste caso, os machos.
Na história evolutiva, o cromossomo Y neandertal não conseguiu competir com o do Homem moderno. Os neandertais tinham uma população muito menor, o que favorece o acúmulo de mutações nocivas. O DNA humano moderno "mais saudável" teria, então, sido favorecido pela seleção natural.
Infelizmente, sem mais dados genômicos dos neandertais, essas hipóteses permanecem difíceis de confirmar.