La disparition des faunes de grands mammifères à la fin du Pléistocène, il y a environ 12.000 ans, est un phénomène global dont les causes ont pu varier localement et sont encore mal connues. Bien que la disparition des éléphants et des hippopotames nains de Chypre semble coïncider avec les débuts de la présence humaine sur l'île, le rôle joué par l'homme dans cette extinction reste encore très débattu. S'appuyant sur de nouvelles datations et analyses chimiques, une étude menée par des chercheurs du CNRS, du MNHN, de l'UPMC et de l'IFAO remet en question ce scenario et suggère que la disparition des hippopotames nains aurait pu avoir lieu plusieurs siècles avant que l'homme ne s'installe sur l'île. Ces travaux sont publiés depuis le 18 août 2015 dans PlosOne.
A la fin des années 1980, la fouille du site d'Akrotiri-Aetokremnos, au Sud de Chypre, met à jour un grand nombre d'ossements d'hippopotames nains. L'accumulation de ces ossements dont une grande partie montre des traces de chauffe suggère que les faunes auraient pu être chassés par l'homme provoquant ainsi leur extinction. C'est du moins la thèse défendu par l'archéologue américain Alan Simmons depuis une vingtaine d'années. Cependant, l'absence de traces de découpe et de datations directes sur les restes osseux suscite le doute auprès de la communauté scientifique. Pour lever ce doute, une équipe réunie dans le cadre du Site d'étude en écologie globale: SEEG Limassol (CNRS-INEE) et composée notamment de chercheurs des laboratoires Archéozoologie, archéobotanique: sociétés, pratiques et environnements (AASPE - CNRS/MNHN) et Histoire naturelle de l'Homme préhistorique (HNHP - CNRS/MNHN/ Univ. Perpignan Via Domitia) a réalisé de nouvelles datations et analyses physico-chimiques sur les ossements calcinés. Les datations au radiocarbone indiquent que les restes des hippopotames datent de la première moitié du 12e millénaire avant notre ère. Ces dates sont presque identiques à celles des charbons de bois retrouvés dans les foyers sus-jacents. Cependant, des expériences complémentaires de combustion menées par la même équipe ont montré que des ossements archéologiques brûlés dans un feu de bois peuvent paraître beaucoup plus récents qu'ils ne sont en réalité. En effet, durant la chauffe les ossements captent une grande partie du carbone provenant du bois, faussant ainsi les analyses.
Pour résoudre ce problème de chronologie les chercheurs se sont alors intéressés à plusieurs ossements montrant une coloration bleu-vert pâle mais bien visible. Des analyses réalisées à l'accélérateur Grand Louvre d'Analyse Elémentaire (AGLAE) indiquent que la couleur des ossements est liée à la présence d'ions manganèse dans le réseau cristallin. Il s'agit d'un phénomène connu depuis le Moyen-âge sous le nom de turquoise osseuse. A cette époque, des moines se sont aperçus qu'en faisant brûler des os fossiles enterrés dans un sol contenant du manganèse, ils prenaient une couleur bleu-vert, ce qui permettait ensuite aux artisans de les utiliser comme pièce d'ornement. La concentration en manganèse mesurée dans les ossements d'hippopotames indique que les os ont dû séjourner plusieurs siècles dans le sédiment avant de subir l'épisode de chauffe. Les ossements auraient donc pu tout simplement constituer une source de combustible facilement utilisable par l'homme à une époque où le bois était rare sur cette partie de l'île.
La contemporanéité entre les hommes et les hippopotames n'est donc pas établie, et la responsabilité de l'homme dans la disparition des hippopotames reste encore à démontrer. Ces résultats éclairent également d'un jour nouveau les raisons de l'introduction sur l'île de sangliers en provenance du continent. En effet, après la découverte d'ossements de cochons sur le site d'Akrotiri-Aetokremnos, une étude, publiée en 2009 par la même équipe, révélait que les premiers colons de Chypre auraient introduit des sangliers sur l'île pour les chasser et s'en nourrir (1). Un argument supplémentaire suggérant qu'à cette époque, hippopotames et éléphants nains avaient probablement déjà disparu.