Comment Omicron échappe au système immunitaire

Publié par Adrien le 12/08/2022 à 09:00
Source: Université de Genève
En comparant la capacité de neutralisation induite par les différents variants du SARS-CoV-2, une équipe de l'UNIGE et des HUG révèle l'exceptionnelle capacité d'Omicron à échapper à notre immunité.


Meriem Bekliz, première auteure, avec un test de neutralisation par réduction de plaque utilisé pour déterminer la capacité de neutralisation des anticorps. © HUG-UNIGE

La vague (Une vague est un mouvement oscillatoire de la surface d'un océan, d'une mer ou d'un lac. Les...) actuelle de COVID-19 met en évidence un risque particulièrement élevé de réinfection par le variant Omicron du SARS-CoV-2. Pour quelles raisons ? Une équipe du Centre des maladies virales émergentes de l'Université de Genève (L'université de Genève (UNIGE) est l'université publique du canton de Genève en...) (UNIGE) et des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) a analysé la capacité de neutralisation des anticorps de 120 personnes infectées par la souche originale du SARS-CoV-2 ou l'un de ses variants Alpha, Beta (Le genre Beta appartient à la famille des Chénopodiacées, tribu des Cyclolobae.), Gamma, Delta, Zeta (ZETA est un système d'exploitation de la société allemande YellowTAB. Il est une évolution de...), ou Omicron (sous-variant BA.1). Contrairement à ses prédécesseurs, Omicron semble être capable d'échapper aux anticorps générés par tous les autres variants. Chez les personnes vaccinées, la capacité de neutralisation est également moindre mais reste néanmoins bien supérieure à l'immunité naturelle seule. Ceci pourrait expliquer pourquoi Omicron est responsable d'une augmentation nette (Le terme Nette est un nom vernaculaire attribué en français à plusieurs espèces...) des cas malgré la vaccination (La vaccination est un procédé consistant à introduire un agent extérieur (le...), mais pas des hospitalisations. Ces résultats sont à lire dans la revue Nature Communications.

Depuis le début de la pandémie (Une pandémie (du grec ancien πᾶν / pãn (tous) et...), le centre de dépistage (Le dépistage, en médecine, consiste en la recherche d'une ou de plusieurs maladies ou...) ambulatoire (Le terme ambulatoire désigne un traitement qui nécessite une hospitalisation de courte...) des HUG propose des tests SARS-CoV-2 à la population. "En tant que centre national de référence pour les maladies virales émergentes, nous avons la capacité de séquencer une grande partie des cas positifs afin notamment de surveiller l'apparition de nouveaux variants", explique Isabella Eckerle, professeure au Département de médecine (La médecine (du latin medicus, « qui guérit ») est la science et la...) de la Faculté de médecine de l'UNIGE et responsable du Centre pour les maladies virales émergentes HUG-UNIGE, qui a dirigé ces travaux.

"Depuis le début de l'année (Une année est une unité de temps exprimant la durée entre deux occurrences d'un évènement lié...) 2020, nous avons ainsi récolté des échantillons du virus (Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise...) original et de tous ses variants apparus en Suisse, y compris les plus rares comme Gamma ou Zeta. Nous disposons ainsi d'une collection complète d'échantillons provenant de personnes ayant des antécédents d'infection différents, mais collectés selon un protocole identique."

L'équipe de recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue...) a prélevé des échantillons de sang (Le sang est un tissu conjonctif liquide formé de populations cellulaires libres, dont le...) de 120 volontaires précédemment infectés par l'un des différents variants, certains non vaccinés et d'autres vaccinés et infectés avant ou après la vaccination. "Avec un âge moyen entre 28 et 52 ans, sans comorbidités majeures et ayant souffert d'une forme légère à modérée de COVID-19, cette cohorte représente la majorité des cas dans la population", explique Isabella Eckerle.

Les anticorps 10 fois plus élevé chez les vaccinés

L'objectif des scientifiques était de déterminer dans quelle mesure les anticorps générés lors d'une première infection étaient capables de neutraliser les différents variants du SARS-CoV-2. "Omicron s'est avéré le plus apte à échapper à l'immunité naturelle préexistante ainsi que, dans une moindre mesure, à celle induite par la vaccination", explique Benjamin Meyer, chercheur (Un chercheur (fem. chercheuse) désigne une personne dont le métier consiste à faire de la...) au Centre de vaccinologie du Département de pathologie (La pathologie, terme provenant du Grec ancien, est littéralement le discours, la...) et d'immunologie (L'immunologie est la branche de la biologie qui s'occupe de l'étude du système...) de la Faculté de médecine de l'UNIGE.

En effet, le niveau d'anticorps chez les personnes vaccinées contre le SARS-CoV-2 originel est environ 10 fois plus élevés que chez les personnes n'ayant développé qu'une immunité post-infection. De plus, la combinaison (Une combinaison peut être :) des deux, connue sous le nom d'immunité hybride (En génétique, l'hybride est le croisement de deux individus de deux variétés,...), semble maintenir des niveaux d'anticorps réactifs encore plus élevés et moins ciblés.

"Ainsi, Omicron peut échapper à l'immunité existante et provoquer une infection, mais les hospitalisations et les décès dus au COVID-19, même avec Omicron, restent toujours moins fréquents après la vaccination. Néanmoins, le SARS-CoV-2 conserve une capacité étonnante à muter, qui semble en outre s'accélérer. La vigilance (Son attention prend un aspect d'intensité pour solliciter l'ensemble de ses capacités de...) reste de mise, en particulier alors que les courbes épidémiologiques remontent nettement depuis l'apparition de BA.5, le sous-variant le plus récent d'Omicron", ajoute Isabella Eckerle.

Les scientifiques ont également effectué une cartographie (La cartographie désigne la réalisation et l'étude des cartes géographiques. Le...) antigénique des différents variants, basée sur le même modèle utilisé pour déterminer les changements génétiques de la grippe (La grippe (ou influenza) est une maladie infectieuse fréquente et contagieuse causée par...). "Cette méthode de modélisation permet de représenter la distance entre les caractéristiques des antigènes des variants concernés: plus ils sont éloignés, moins les anticorps générés lors des infections antérieures seront efficaces. Il s'avère que le sérotype d'Omicron est totalement différent des autres, tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprété comme le monde ou...) comme l'était le variant Zeta qui a disparu rapidement", rapporte Meriem Bekliz, post-doctorante dans le laboratoire d'Isabella Eckerle et première auteure de cette étude.

Des progrès dans la compréhension des virus

Jamais auparavant un virus respiratoire n'avait été examiné de si près. "Ce virus, qui appartient à la même famille des coronavirus qui causent près d'un tiers des rhumes, peut se propager comme une traînée (En mécanique des fluides, la traînée est la force qui s'oppose au mouvement d'un...) de poudre (La poudre est un état fractionné de la matière. Il s'agit d'un solide présent...) dans des populations sans immunité pour le combattre et en l'absence de mesures", explique Benjamin Meyer. "Nous avons maintenant des outils de séquençage (En biochimie, le séquençage consiste à déterminer l'ordre linéaire des...) et d'observation (L’observation est l’action de suivi attentif des phénomènes, sans volonté de les...) moléculaire qui étaient inconnus il y a quelques années; les découvertes que nous faisons aujourd'hui ouvrent des perspectives et une compréhension qui seront utiles bien au-delà du SARS-CoV-2."

La pandémie de COVID-19 a également permis une accélération (L'accélération désigne couramment une augmentation de la vitesse ; en physique,...) sans précédent de la recherche sur les vaccins. Plusieurs équipes travaillent actuellement sur des vaccins en spray (Le Spray était le nom du voilier utilisé par Joshua Slocum pour accomplir son tour du monde en...) nasal, qui sont plus faciles à administrer et, surtout, peuvent agir directement dans les muqueuses du nez (Le nez (du latin nasus) est chez l'homme la saillie médiane du visage située au-dessus de...) et de la gorge, où ils sont les plus utiles.

Ces recherches ont été menées grâce au soutien du Fonds national suisse pour la recherche scientifique (FNS), de la Fondation Ancrage bienfaisance du Groupe Pictet et de la Fondation privée des HUG.
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