Émergence de souches de tuberculose multirésistantes, non détectées par les tests standards
Publié par Adrien le 19/10/2018 à 08:00
Source: CNRS
Alors que les Nations Unies ont annoncé un plan pour éradiquer la tuberculose d'ici 2030, une nouvelle étude démontre l'émergence de souches multirésistantes de cette maladie, non détectées par les tests approuvés par l'Organisation (Une organisation est) mondiale de la santé (La santé est un état de complet bien-être physique, mental et social, et ne consiste pas seulement en une absence de maladie ou d'infirmité.) (OMS). Ces travaux d'une équipe internationale codirigée par Philip Supply, chercheur (Un chercheur (fem. chercheuse) désigne une personne dont le métier consiste à faire de la recherche. Il est difficile de bien cerner le métier de chercheur tant les domaines de...) CNRS (Le Centre national de la recherche scientifique, plus connu sous son sigle CNRS, est le plus grand organisme de recherche scientifique public français (EPST).) au Centre d'infection et d'immunité de Lille (CNRS/Inserm/Institut Pasteur de Lille/Université de Lille), sont publiés dans The Lancet Infectious Diseases le 18 octobre 2018. Ils font écho à un autre article paru dans The New England Journal of Medicine le 26 septembre, proposant un nouvel algorithme de détection de résistances de souches de tuberculose (La tuberculose est une maladie infectieuse transmissible et non immunisante, avec des signes cliniques variables. Elle est provoquée par une mycobactérie du complexe tuberculosis correspondant à différents germes et...).


Détection de multirésistance aux antibiotiques chez une souche sud-africaine de tuberculose par le test moléculaire Deeplex-MycTB®. Les secteurs en rouge et en bleu (Bleu (de l'ancien haut-allemand « blao » = brillant) est une des trois couleurs primaires. Sa longueur d'onde est comprise approximativement entre 446 et 520 nm. Elle varie en luminosité du cyan à...) indiquent des mutations avérées ou probables de résistance aux antibiotiques de première intention et à la bédaquiline, respectivement.
© Genoscreen Lille

Le 26 septembre dernier, les Nations Unies ont convenu de lever 13 milliards de dollars annuels afin d'éradiquer la tuberculose d'ici 2030. Avec 10 millions de nouveaux cas et 1,6 millions de morts en 2017, elle est la première maladie infectieuse (Une maladie infectieuse est une maladie provoquée par la transmission d'un micro-organisme : virus, bactérie, parasite, champignon. Les virus ne sont pas vivants, mais, comme le prion, qui n'est pas à proprement parler un...) au monde (Le mot monde peut désigner :), devant le VIH. Plus de 450 000 nouveaux cas de tuberculose multiresistante aux antibiotiques sont apparus, dont seulement 25% ont été détectés. Une étude d'une équipe de recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances scientifiques. Par extension...) internationale (1) co-dirigée par Philip Supply, chercheur CNRS au Centre d'infection et d'immunité de Lille (CNRS/Inserm/Institut Pasteur de Lille/Université de Lille), souligne la gravité (La gravitation est une des quatre interactions fondamentales de la physique.) de ce problème de sous-détection, notamment en Afrique (D’une superficie de 30 221 532 km2 en incluant les îles, l’Afrique est un continent couvrant 6 % de la surface...) du Sud (Le sud est un point cardinal, opposé au nord.).

Ces travaux publiés dans The Lancet Infectious Diseases montrent que des souches de Mycobacterium tuberculosis (bactérie responsable de la maladie) isolées dans ce pays (Pays vient du latin pagus qui désignait une subdivision territoriale et tribale d'étendue restreinte (de l'ordre de quelques centaines de km²), subdivision de la...) portent une combinaison (Une combinaison peut être :) particulière de mutations les rendant résistantes notamment aux deux antibiotiques principaux prescrits en première intention, la rifampicine et l'isoniazide. Cette résistance combinée n'est pas détectée par les tests standards recommandés par l'OMS: la région génétique (La génétique (du grec genno γεννώ = donner naissance) est la science qui étudie l'hérédité et les...) portant une mutation singulière de résistance à la rifampicine n'est pas couverte par le test ADN, et la résistance au traitement associée à cette mutation n'est pas repérée par le test de culture (La définition que donne l'UNESCO de la culture est la suivante [1] :).

Cette non-détection entraîne des traitements de première intention inefficaces chez les patients, une mortalité et une contagion (La contagion est le fait de transmettre une maladie de façon directe ou indirecte.) accrues, et l'acquisition (En général l'acquisition est l'action qui consiste à obtenir une information ou à acquérir un bien.) de résistances additionnelles à d'autres antibiotiques. Les chercheurs ont notamment détecté la présence de mutations probables de résistance à la bédaquiline, la molécule (Une molécule est un assemblage chimique électriquement neutre d'au moins deux atomes, qui peut exister à l'état libre, et qui représente la plus petite quantité de matière possédant...) la plus récente pour traiter les tuberculoses multirésistantes, apparues juste après le début de son utilisation dans le pays en 2013.

Cette découverte a été réalisée notamment grâce à un nouveau test de dépistage (Le dépistage, en médecine, consiste en la recherche d'une ou de plusieurs maladies ou d'anomalies dites "à risques" chez les individus d'une population donnée. Ces...) de multirésistance de la bactérie, développé par Genoscreen (2) avec la collaboration de P. Supply. Contrairement au test ADN standard, ce test analyse un large panel (Le panel est un groupe de personnes interrogées régulièrement sur leurs opinions ou leurs attitudes. Les personnes peuvent participer aux enquêtes par courrier, téléphone ou, de plus en plus souvent, via un site...) de gènes cibles de la bactérie et permet d'identifier des résistances à plus d'une dizaine d'antibiotiques simultanément. Ces résultats peuvent être obtenus en seulement un à trois jours, au lieu des semaines nécessaires aux tests de culture. Ce test aidera donc à remédier à la sous-détection problématique des multirésistances.

Il bénéficiera d'un nouvel algorithme de détection de mutations de résistance, dont l'efficacité vient d'être démontrée dans une publication dans The New England Journal of Medicine par un autre consortium (CRyPTIC) (3) auquel le Dr Supply et Genoscreen ont participé. Cette étude s'est basée sur l'analyse de 10 000 génomes, ce qui en fait un des plus grands projets de séquençage (En biochimie, le séquençage consiste à déterminer l'ordre linéaire des composants d'une macromolécule (les acides aminés d'une protéine, les nucléotides d'un acide nucléique comme...) d'ADN bactérien réalisés à ce jour (Le jour ou la journée est l'intervalle qui sépare le lever du coucher du Soleil ; c'est la période entre deux nuits, pendant laquelle les rayons du Soleil éclairent...).

Notes:

(1) National Health Laboratory Service, Dr George Mukhari Tertiary Laboratory, Pretoria, Sefako Makgatho Health Sciences University, Pretoria, and Gauteng Department of Health, Hatfield, Afrique du Sud ; National Reference Laboratory, Ministry of Health, Mbabane, Swaziland; Forschungszentrum Borstel and German Center for Infection Research, Borstel Site, Borstel, Allemagne ; Institute of Tropical Medicine and University of Antwerp, Antwerp, Belgique ; Université (Une université est un établissement d'enseignement supérieur dont l'objectif est la production du savoir (recherche), sa conservation et sa transmission (études...) Catholique de Louvain, Bruxelles, and Katholieke Universiteit Leuven, Leuven, Belgique
(2) Entreprise spécialisée en génomique (La génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du...), située sur le campus (Un campus (du mot latin désignant un champ) désigne l'espace rassemblant les bâtiments et l'infrastructure d'une université ou d'une école située hors d'une ville. Ce terme inclut ainsi les bâtiments...) de l'Institut Pasteur (L’Institut Pasteur est une fondation française privée à but non lucratif qui se consacre à l'étude de la biologie, des microorganismes, des maladies et des vaccins. Il est ainsi nommé...) de Lille.
(3) Voir Consulter le site web (Un site Web est un ensemble de pages Web hyperliées entre elles et mises en ligne à une adresse Web. On dit aussi site Internet par métonymie, le World Wide Web reposant sur Internet.)
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