Une molécule est un assemblage chimique électriquement neutre d'au moins deux atomes, qui peut exister à l'état libre, et qui représente la plus petite quantité de matière (La quantité de matière est une grandeur de comptage d'entités chimiques ou physiques...) possédant les propriétés caractéristiques de la substance considérée. Les molécules constituent des agrégats atomiques liés par des forces de valence (liaisons covalentes) et elles conservent leur individualité physique (La physique (du grec φυσις, la nature) est étymologiquement la...). Des forces plus faibles, telles les liaisons hydrogène (L'hydrogène est un élément chimique de symbole H et de numéro atomique 1.) et celles de type Van der Waals, les maintiennent à proximité les unes des autres à l'état liquide (La phase liquide est un état de la matière. Sous cette forme, la matière est...) et solide.
L'assemblage d'atomes constituant une molécule n'est pas définitif, il est susceptible de subir des modifications, c’est-à-dire de se transformer en une ou plusieurs autres molécules ; une telle transformation est appelée réaction chimique (Une réaction chimique est une transformation de la matière au cours de laquelle les...). En revanche, les atomes qui la constituent sont des assemblages (de particules) beaucoup plus stables, qui se conservent durant une réaction chimique car la transformation d'atomes, appelée transmutation (La transmutation est la transformation d'un élément chimique en un autre par une...), nécessite des apports d'énergie (Dans le sens commun l'énergie désigne tout ce qui permet d'effectuer un travail, fabriquer de la...) beaucoup plus importants faisant l'objet (De manière générale, le mot objet (du latin objectum, 1361) désigne une entité définie dans...) des réactions nucléaires.
La composition chimique d'une molécule est donnée (Dans les technologies de l'information, une donnée est une description élémentaire,...) par sa formule chimique. Exemples :
Le nom « molécule » provient du latin scientifique (Un scientifique est une personne qui se consacre à l'étude d'une science ou des sciences et qui...) molecula, diminutif du nom latin moles, se traduisant par « masse ».
Le concept de molécule a été présenté la première fois en 1811 par Amedeo Avogadro, qui a su surmonter la confusion faite à cette époque entre atomes et molécules, en raison des lois des proportions définies et multiples de John Dalton (1803-1808).
L'analyse d'Avogadro a été acceptée par beaucoup de chimistes, à des exceptions notables (Boltzmann, Maxwell, Gibbs). Mais l'existence des molécules est restée en discussion ouverte dans la communauté scientifique jusqu'au travail de Jean Perrin (Jean Baptiste Perrin (30 septembre 1870 à Lille, France - 17 avril 1942...) (1911) qui a alors confirmé expérimentalement l'explication théorique du mouvement brownien (Le mouvement brownien, ou processus de Wiener est une description mathématique du mouvement...) en termes d'atomes proposée par Albert Einstein (Albert Einstein (né le 14 mars 1879 à Ulm, Wurtemberg, et mort le...) (1905). Jean Perrin a également recalculé le nombre (La notion de nombre en linguistique est traitée à l’article « Nombre...) d'Avogadro par plusieurs méthodes.
Les molécules d'un corps sont en agitation (L’agitation est l'opération qui consiste à mélanger une phase ou plusieurs...) permanente (sauf au zéro (Le chiffre zéro (de l’italien zero, dérivé de l’arabe sifr,...) absolu). Cette agitation, appelée mouvement brownien, a été décrite la première fois par Robert Brown en 1821 dans les liquides (mais expliquée presque 100 ans plus tard).
La température (La température est une grandeur physique mesurée à l'aide d'un thermomètre et...) d'un corps donne une indication (Une indication (du latin indicare : indiquer) est un conseil ou une recommandation, écrit...) du degré (Le mot degré a plusieurs significations, il est notamment employé dans les domaines...) d'agitation des molécules.
Les forces d'interaction (Une interaction est un échange d'information, d'affects ou d'énergie entre deux agents au sein...) de très faible intensité qui s'exercent à distance entre les molécules, appelées forces de van der Waals, conditionnent ces arrangements et par conséquent les propriétés physiques des composés moléculaires.
Ainsi, par exemple, les propriétés physiques exceptionnelles de l'eau sont dues pour beaucoup aux liaisons hydrogène.
Les molécules sont des ensembles a priori électriquement neutres, dans lesquels les atomes sont liés entre eux majoritairement par des liaisons covalentes (il existe de nombreux exemples d'assemblages supra-moléculaires par liaisons de type Van der Waals, hydrogène ou ionique), où apparaissent parfois des dissymétries électroniques pouvant aller jusqu'à donner des ions par solvatation (solvants polaires). Dès lors, on doit conclure que le dihydrogène (Le dihydrogène est la forme moléculaire de l'élément hydrogène, qui existe...) (H2), le dichlore (Le dichlore (Cl2) est un gaz jaune-vert dans les conditions normales de pression et de...), le difluor (Le difluor (F2) est une molécule formée de deux atomes de fluor.) et tant d'autres gaz (Un gaz est un ensemble d'atomes ou de molécules très faiblement liés et...) diatomiques, sont électriquement neutres. Ce qui laisse entendre que lorsqu'ils sont isolés, ils sont zérovalents, pour respecter l'équivalence qu'il doit y avoir dans toute équation (En mathématiques, une équation est une égalité qui lie différentes quantités, généralement...) équilibrée en charges et globalement neutre comme : 2 H2 + O2 = 2H2O. Ici, dans la partie des réactants, le dihydrogène et le dioxygène sont des molécules isolées et donc n'ont pas de charge (La charge utile (payload en anglais ; la charge payante) représente ce qui est effectivement...) propre, comme H2O (bien que molécule polaire). L'équation chimique vérifie donc la neutralité de la charge globale.
La forme et la taille d'une molécule (ou de l'une de ses parties) peut jouer un rôle dans son aptitude à réagir. La présence de certains atomes ou groupes d'atomes à l'intérieur d'une molécule joue (La joue est la partie du visage qui recouvre la cavité buccale, fermée par les...) un rôle majeur dans sa capacité à se rompre ou à fixer d'autres atomes issus d'autres corps, c’est-à-dire à se transformer pour donner naissance à d'autres molécules.
Les différents modes de représentation des molécules (Les représentations de molécules sont utilisées en chimie pour décrire les...) sont destinés à expliciter les différents sites réactifs ; certains enchaînements d'atomes, appelés groupes fonctionnels, produisent ainsi des similitudes de propriétés, tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprété comme le monde ou...) particulièrement dans les composés organiques.
Les molécules possédant au moins plusieurs dizaines d'atomes sont appelées macromolécules ou polymères.
Exemples :