Afin de financer le développement du Crew Exploration Vehicle (CEV) et du Crew Launch Vehicle (CLV), la NASA a décidé une nouvelle coupe budgétaire de 493 millions de dollars dans son programme de recherche (R&T) pour l'année fiscale 2006. Des projets ont été annulés sur les trois axes de R&T de la NASA: les vols habités (moins 243 M$), les systèmes d'exploration (moins 174 M$) et le programme nucléaire Prometheus (moins 76 M$).
Les activités de recherche concernant le support vie pour des vols de longue durée, la protection aux radiations ou la gravité artificielle sont en particulier annulés au profit de projets plus matures et de plus court terme liés aux sorties lunaires et à l'accès vers l'ISS. Le programme de R&T pour l'exploration se réoriente vers la propulsion méthane/oxygène et les systèmes de protection thermique au détriment des programmes de nanomatériaux par exemple. Enfin Prometheus, le projet de grande envergure de missions vers les lunes glacées de Jupiter annoncé par l'Administration O'Keefe, n'est pas financé.
Ces nouvelles coupes budgétaires remodèlent profondément le programme de R&T proposé en 2004 et portent à 785 millions de dollars le total des fonds dédiés initialement à la R&T et transférés au programme Constellation pour le développement des futurs véhicules spatiaux.