Tests PCR: "Nous pourrons atteindre les 50 000 par semaine"

Publié par Adrien le 09/06/2020 à 09:00
Source: CNRS INSB
Suite à l'arrêté ministériel du 5 avril, les laboratoires de recherche publics peuvent dorénavant être réquisitionnés pour effectuer des tests PCR. L'objectif ? Porter à son maximum la capacité des tests de dépistage du COVID-19 en France. Explications d'André Le Bivic, coordinateur de cette mission pour l'organisme et directeur de l'Institut (Un institut est une organisation permanente créée dans un certain but. C'est habituellement une institution de recherche. Par exemple, le Perimeter...) des sciences biologiques du CNRS (INSB).

"Dès le début du confinement, des laboratoires du CNRS se sont portés volontaires pour soutenir l'effort de dépistage", note André Le Bivic, rappelant la liste des 20 laboratoires CNRS sélectionnés pour réaliser des tests PCR suite à l'arrêté ministériel du 5 avril. Les Français peuvent désormais à nouveau sortir de chez eux mais la crainte d'une "seconde ( Seconde est le féminin de l'adjectif second, qui vient immédiatement après le premier ou qui s'ajoute à quelque chose de nature identique. La seconde est une unité de...) vague (Une vague est un mouvement oscillatoire de la surface d'un océan, d'une mer ou d'un lac. Les vagues sont générées par le vent et ont une amplitude crête-à-crête allant de quelques...)" continue de planer. Pour parer cette menace, le gouvernement a notamment mis en place une politique d'accès à des tests, faisant appel aux laboratoires de recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances...) publics pour répondre à une demande forte si besoin (Les besoins se situent au niveau de l'interaction entre l'individu et l'environnement. Il est souvent fait un classement des besoins humains en trois...).


Le laboratoire Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE) de Perpignan fait partie des deux laboratoires CNRS qui pratiquent des tests PCR à ce jour. © IHPE

40 laboratoires de recherche sélectionnés

Alors que certains laboratoires s'impatientaient de ne pas être sollicités alors qu'ils y étaient prêts, une intervention au plus niveau de l'Etat a finalement permis d'accélérer les actions du Ministère de la Santé (Le Ministère de la Santé peut faire référence :) et des Agences Régionales de Santé (La santé est un état de complet bien-être physique, mental et social, et ne consiste pas seulement en une absence de maladie ou d'infirmité.) (ARS). L'Inserm a été désigné pour coordonner cette action et proposer une liste de laboratoires susceptibles de conduire des tests de dépistage pour atteindre l'objectif de 700 000 tests par semaine, que s'est fixé le gouvernement lors du déconfinement au 11 mai. Au total ( Total est la qualité de ce qui est complet, sans exception. D'un point de vue comptable, un total est le résultat d'une addition, c'est-à-dire une somme....), 40 laboratoires ont été sélectionnés, dont une vingtaine de laboratoires CNRS couvrant l'ensemble (En théorie des ensembles, un ensemble désigne intuitivement une collection d’objets (les éléments de l'ensemble), « une multitude qui peut être comprise comme un tout », comme...) du territoire (La notion de territoire a pris une importance croissante en géographie et notamment en géographie humaine et politique, même si ce concept est utilisé par...). "Les réquisitions se font selon les besoins locaux. Les ARS émettent le besoin et se tournent vers le préfet qui pourra alors réquisitionner le laboratoire", explique le directeur de l'INSB. "Nous sommes en capacité d'atteindre 50 000 tests par semaine grâce à ces 40 laboratoires. "

La liste des laboratoires susceptibles de répondre à un besoin en tests PCR doivent remplir un cahier des charges (Un cahier des charges est un document visant à définir exhaustivement les spécifications de base d'un produit ou d'un service à réaliser. Outre les spécifications de base,...) bien précis. "Ces laboratoires disposent d'un équipement de sécurité de type P2 et d'un équipement pour extraire l'ARN du virus. Deux à trois personnes seront mobilisables par laboratoire. Ce sont des spécialistes en biologie (La biologie, appelée couramment la « bio », est la science du vivant. Prise au sens large de science du vivant, elle recouvre une partie des sciences...) moléculaire avec une bonne connaissance des ARNs", souligne André Le Bivic. Les tests sont réalisés sous l'accréditation et la responsabilité d'un CHU ou de l'ARS. Et tous ces laboratoires ont l'assurance de pouvoir continuer leur recherche dans le même temps (Le temps est un concept développé par l'être humain pour appréhender le changement dans le monde.): "Nous avons fait attention à ce que les deux activités restent compatibles", insiste-t-il.

"Nous avions le matériel et la technique"


André Le Bivic, coordinateur de cette mission pour l'organisme et directeur de l'Institut des sciences biologiques du CNRS (INSB).
© CNRS
Le laboratoire de Génomique (La génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement d'un organisme, d'un organe, d'un cancer, etc. à l'échelle du...) fonctionnelle (En mathématiques, le terme fonctionnelle se réfère à certaines fonctions. Initialement, le terme désignait les fonctions qui en prennent...) métabolique et des mécanismes moléculaires impliqués dans le diabète de type 2 (Cet article traite du « diabète de type 2 », une forme de diabète sucré. Mais il existe d'autres diabètes : voir la page d'homonymie...) et les maladies associées de Lille fait partie de ces labos "dans les starting blocks" dès les premières annonces gouvernementales concernant les tests. A ce jour, il fait partie des deux laboratoires CNRS, au côté du Laboratoire Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE) de Perpignan, qui pratiquent des tests PCR en France, en convention avec un prestataire privé. "Nous avions le matériel et maîtrisions la technique", explique Guillaume (Guillaume est un prénom masculin d'origine germanique. Le nom vient de Wille, volonté et Helm, heaume, casque, protection.) Mitta, directeur de l'IHPE, qui s'est battu pour que son laboratoire participe aux campagnes de tests pour le département des Pyrénées-Orientales. "Nous savions que l'hôpital de Perpignan avait une capacité de dépistage limitée à 80 tests par jour pendant le confinement par rapport aux besoins potentiels", explique-t-il. Guillaumme Mitta se heurte cependant à un refus de l'hôpital au mois (Le mois (Du lat. mensis «mois», et anciennement au plur. «menstrues») est une période de temps arbitraire.) de mars, son équipement étant jugé non conforme. Qu'à cela ne tienne. Le laboratoire engage une collaboration avec un partenaire privé, Biopole66, et monte un système en réseau (Un réseau informatique est un ensemble d'équipements reliés entre eux pour échanger des informations. Par analogie avec un filet (un réseau est un « petit rets », c'est-à-dire un petit filet), on appelle nœud...) permettant d'assurer la traçabilité et l'anonymat des échantillons. Aujourd'hui, dix chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs et techniciens se relaient pour assurer la bonne conduite de ces tests sur des personnes prélevées en dehors de l'hôpital. "Les tests sont réalisés sur les prélèvements effectués sur les deux drives des Pyrénées orientales, ceux effectués dans les Ehpad, les établissements médico-sociaux, mais également sur les forces de l'ordre. Nous passons ainsi à 550 tests par jour disponible pour le bassin de population. "

Des tests à petit prix

"Nous avions compris que le manque de réactif était le problème majeur", note de son côté Bernard Mari, chef d'équipe en génomique à l'Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC), situé en région Provence-Alpes-Côte d'Azur. Avec son équipe, il se lance dès le 19 mars dans la création d'un protocole de tests simplifié au travers d'un appareillage de leur plateforme de génomique permettant de miniaturiser les mesures, limiter les volumes de réactifs et permettre de la sorte de contourner les tensions en approvisionnement. "En trois semaines, le test fonctionnait. Et l'appareillage à haut débit permet de réaliser 4 810 réactions en 1h30." Mais l'institut se trouve lui aussi confronté à un refus de l'hôpital, ce dernier estimant le test en dehors des normes habituelles. Suite au décret du 5 avril, l'institut se voit autoriser par l'ARS à réaliser des tests auprès de soignants hors CHU, par exemple au sein de certains Ehpad. "Lorsque nous avons enfin pu entrer dans la danse, les laboratoires privés sont arrivés avec de gros moyens et ont pris le relais. Nous nous sommes rapprochés d'un laboratoire privé pour leur apporter notre soutien en cas de problème."
La qualité de cette nouvelle procédure, qui pourrait être renforcée par les équipements de plusieurs biotechs sur le site de Sophia-Antipolis, est de proposer des tests qui ne soient plus d'ordre médical, mais d'ordre épidémiologique. En effet, elle permet de proposer des tests à petit prix (le coût d'un test PCR est aujourd'hui de 58 euros, remboursé par la sécurité sociale) et donc à visée plus large. "Il y a eu un manque de capacité de test pendant 1 mois, c'est dommage que nous n'ayons pas pu intervenir", regrette Bernard Mari.

Des tests à grande échelle

L'Institut de génétique (La génétique (du grec genno γεννώ = donner naissance) est la science qui étudie l'hérédité et les gènes.) humaine (IGH) de Montpellier s'est également lancé dans la création d'un nouveau protocole de test en collaboration avec la plateforme Montpellier genomix de Biocampus. "L'une des étapes du test classique PCR consiste à purifier l'ARN. Nous avons donc voulu développer un protocole de test en nous affranchissant de cette étape qui est longue et coûteuse", rapporte Monsef Benkirane, directeur de recherche à l'IGH, institut menant également des recherches sur des molécules anti SARS-COV-2. En se soustrayant à cette étape l'institut a pu ainsi développer un test basé sur le séquençage (En biochimie, le séquençage consiste à déterminer l'ordre linéaire des composants d'une macromolécule (les acides aminés d'une protéine, les nucléotides d'un acide nucléique comme l'ADN,...) massif (Le mot massif peut être employé comme :) permettant de tester en une seul fois 19 000 prélèvements. "Frédérique Vidal, qui a visité l'IGH soutient notre projet. Le test sera proposé d'ici peu au Centre national de référence (CNR) qui validera ou invalidera le protocole. Si le CNR (Le Centre national de la recherche scientifique, plus connu sous son sigle CNRS, est le plus grand organisme de recherche scientifique public français (EPST).) certifie notre test, il pourra ainsi être implémenté dans les laboratoires de biologie médicale (La biologie médicale (France, Afrique du Nord et de l'Ouest), biologie clinique (Belgique, Pays-Bas), médecine de laboratoire (Allemagne et Suisse), pathologie clinique (Pays anglophones) ou...) qui en exprime le souhait", dit-il.

Un autre acteur (Un acteur est un artiste qui incarne un personnage dans un film, dans une pièce de théâtre, à la télévision, à la radio, ou même dans des spectacles de rue. En plus de l'interprétation proprement dite, un...) pourrait révolutionner la rapidité de ces tests. Le consortium formé par la société de biotechnologie (L’OCDE définit les biotechnologies comme "l’application de la science et de la technologie aux organismes vivants à d’autres matériaux vivants ou non vivants, pour la production de savoir, biens et...) SKILLCELL, filiale du groupe ALCEN, le laboratoire SYS2DIAG et la société VOGO, a annoncé le lancement des phases d'industrialisation et de commercialisation d'un test salivaire de détection du SARS-COV-2, EasyCo. Ce dernier permettra un dépistage par prélèvement de salive (La salive est un liquide biologique sécrété par les glandes salivaires, à l'intérieur de la bouche.) auprès des clients, avec un résultat obtenu en moins d'une heure (L’heure est une unité de mesure du temps. Le mot désigne aussi la grandeur elle-même, l'instant (l'« heure qu'il est »), y compris en sciences (« heure solaire » employé...).

Dans la foulée de ces pionniers des tests en laboratoires, d'autres demandes ont vu le jour en Ile-de-France, seule région de l'Hexagone (Un hexagone (du grec hexi = six et gonia = angle) est un polygone à six sommets et six côtés. Les angles internes d'un hexagone régulier sont tous de 120° et ses côtés sont de...) en "zone orange", notamment en provenance de l'hôpital de Marne-la-Vallée, ce dernier exprimant un besoin en personnel pour réaliser ces tests. De nombreuses personnes se sont portées volontaires. A l'inverse (En mathématiques, l'inverse d'un élément x d'un ensemble muni d'une loi de composition interne · notée multiplicativement, est un élément y tel que x·y = y·x = 1, si 1 désigne...), des requêtes émanant des Antilles (Les Antilles sont un vaste archipel situé dans la mer des Caraïbes. L'archipel forme un arc de cercle de 3 500 km de long, s'étendant depuis...) et de la Guyane n'ont pu être satisfaites faute de laboratoires correctement équipés.
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