La CRMH est chargée de mettre en place la démarche de classement d'un objet ou d'un immeuble (incluant les édifices, parcs, jardins, sites archéologiques, etc.) au titre des Monuments historiques. Cette démarche peut-être proposée par n’importe qui : acteurs publics (Service départemental de l'architecture et du patrimoine, Service régional de l'inventaire, etc.) ou particuliers.
Un premier examen a lieu, généralement par une visite du potentiel monument ou une inspection de l'objet. Une présentation d'un premier dossier succinct est présenté, dans le cas des immeubles, à la délégation permanente de la Commission régionale du patrimoine et des sites qui avalise ou non la poursuite de l'instruction du dossier.
Le dossier de demande de protection est généralement constitué par les chargés d'étude documentaire de la CRMH. Le dossier doit comporter une partie documentaire donnant des renseignements détaillés sur l’édifice (histoire, événements qui lui sont liés, architecture propre et son évolution, éléments juridiques, etc.), sur ses alentours (situation urbanistique, intégration dans le lieu, typologie, etc.), sur des édifices semblables, si ils existent, ainsi que des documents photographiques et cartographiques. Il comprend également les avis de l’architecte en chef des monuments historiques, de l’architecte des bâtiments de France et du conservateur régional des Monuments historiques. Tout cela est destiné aux commissions chargées de donner leur avis aux préfets concernés, ou au ministre de la Culture, au sujet de la protection : la commission régionale du patrimoine et des sites pour les immeubles à inscrire, la commission départementale des objets mobiliers pour les objets à inscrire, la commission nationale des monuments historiques pour les classements.