L'échelle de Fujita a été développée par Tetsuya Théodore Fujita de l'Université de Chicago, qui était à l'époque l'expert le plus renommé dans le domaine, en collaboration avec le météorologue Allan Pearson, aujourd'hui à la tête du Storm Prediction Center (centre de prévision des orages violents) aux États-Unis. Elle fut adoptée en 1971 comme instrument opérationnel de classification de l'intensité des tornades. Elle comporte jusqu'à 12 catégories mais seulement les catégories de 0 à 5 ont été notées dans la réalité (F0 à F5). Les vitesses de vents communiquées dans cette échelle correspondent à une estimation des vents nécessaires pour produire de tels dégâts, elles ne sont donc fournies qu'à titre indicatif puisqu'aucune corrélation expérimentale entre la vitesse des vents et les dégâts n'avait été effectuée.
Très tôt, l'échelle a accusé certaines limitations, comme par exemple le fait qu'elle ne tienne pas compte des matériaux employés ou de la qualité de construction des structures endommagées, ou encore qu'elle se contente d'un trop petit nombre d'indicateurs, au point que dans certains cas, ces indicateurs soient simplifiés à l'extrême. Le fait que des fondations aient été balayées classe d'office une tornade en catégorie F5, sans pour autant tenir compte du type de structure, ni de la vitesse de déplacement horizontal de la tornade. Il arrive aussi fréquemment que des tornades ayant des vitesses de vents supérieures à une F5 soient tout de même classées dans cette catégorie, raison pour laquelle aucune tornade n'a été enregistrée dans une catégorie supérieure à ce jour. Ceci s'explique en raison des contraintes physiques, mais aussi de la résolution du matériel de mesure utilisé.
En raison des limitations de l'échelle de Fujita originelle, des scientifiques et des experts ont décidé d'en établir une nouvelle version améliorée dans le cadre de la Fujita Scale Enhancement Project au centre de recherche sur le vent et l'ingénérie à l'Université de Texas Tech. Ils ont analysé de 2000 à 2004 les études d'ingénieurs parues depuis les années 1970 et les rapports de dommages notés par les métérologiques chevronnés comparant les effets de tornades et autres dégâts par le vent sur différentes structures.
L'échelle améliorée fut officiellement dévoilée par le National Weather Service (NWS) le 2 février 2006 à la conférence annuelle de l'American Meteorological Society à Atlanta en Georgie. Elle est entrée en vigueur le 1 février 2007 pour toutes les évaluations faites par le NWS. On utilise encore l'échelle originale en parallèle pour un certain temps afin de noter les différences d'évaluation, s'il y en a. Le NWS ne prévoit cependant pas reclassifier les tornades qui se sont produites avant l'adoption de la nouvelle échelle.
Elle fut utilisée la première fois lors d'un événement de tornades multiples survenu à Greensburg, Kansas, le 4 mai 2007.
