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Madagascar se trouve à 400 km des côtes africaines. Et pourtant sa langue, sa culture et ses croyances religieuses sont bien plus proches de celles de Bornéo, une île indonésienne située à plus de 7 000 km de là. "Déjà, dans les études anthropologiques du XIXe siècle, on voyait bien que les Malgaches ne ressemblaient pas aux Est-Africains ni aux Sud-Africains. Et, par la suite, les études linguistiques ont mis en évidence que la langue malgache était originaire d'Indonésie, qu'elle se rapprochait du ma'anyan, une langue austronésienne parlée sur l'île de Bornéo, retrace Nicolas Brucato, généticien au Laboratoire d'Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse (AMIS). C'est quelque chose qui a toujours interrogé les anthropologues, qui résulte de l'une des plus grandes migrations de l'histoire de l'humanité, et à laquelle nous avons voulu apporter un éclairage biologique". L'archipel indonésien, et plus précisément l'île de Bornéo, serait donc le berceau de Madagascar ; toutes les études scientifiques le confirment. Mais, jusqu'à présent, aucune population source n'a clairement été identifiée.
Dans cette nouvelle étude, les chercheurs se sont intéressés aux similitudes entre le génome de la population malgache et ceux d'une soixantaine de populations d'Asie Insulaire dont une trentaine de populations indonésiennes. "L'échantillonnage de ces populations et l'analyse du profil de ces génomes est le fruit de quatre ans de travaux et de collaborations avec diverses équipes de recherches" explique François-Xavier Ricaut, généticien au laboratoire AMIS et responsable du projet. Ces génomes ont pu être comparés puis classés par degré de ressemblance grâce à de puissants outils bio-informatiques. "Aujourd'hui, avec les progrès de la génétique et la réduction des coûts, il ne faut pas plus de quelques mois pour analyser des milliers de génomes en parallèle, alors qu'il a fallu une petite quinzaine d'années pour séquencer le premier génome humain en 2003", rappelle Nicolas Brucato. Après plusieurs semaines de calcul et des modèles statistiques bien choisis, le verdict tombe: les ancêtres des malgaches seraient les Banjar, un peuple qui vit dans le sud-est de l'île de Bornéo.
"Nous sommes assez certains de nos résultats car ils correspondent de façon quasi-parfaite avec les données de nos collègues linguistes et anthropologues, se réjouit Nicolas Brucato. Les Banjar vivent à l'endroit d'un ancien comptoir de commerce malais, ces derniers étant de grands navigateurs en contact permanent avec le continent africain et Madagascar. Enfin, les données génétiques nous ont permis de dater cette migration au premier millénaire, ce qui là encore concorde avec les datations des archéologues". "Nous avons pu réconcilier données et hypothèses émanant de ces disciplines, et proposer un scénario solide", rajoute Francois-Xavier Ricaut. Les Malgaches sembleraient donc avoir définitivement retrouvé leurs ancêtres. Reste encore à savoir si les premiers habitants de l'île, en provenance de l'Océan Indien, se sont arrêtés sur la côte est-africaine avant de rejoindre l'île de Madagascar ou s'ils ont fait le trajet en direct.