Comment les génomes viraux alertent sur l'épidémie de l'hépatite C à Lyon

Publié par Isabelle le 08/10/2021 à 13:00
Source: CNRS INEE
Le séquençage des génomes viraux et les outils de la phylodynamique peuvent aider la santé publique. Une équipe de recherche a permis de quantifier la propagation du virus de l'hépatite C dans la région lyonnaise. Ces travaux sont publiés dans la revue PloS Pathogens.


Figure issue de l'article et représentant la phylogénie datée des infections dans la région de Lyon. Chaque "feuille" de couleur (La couleur est la perception subjective qu'a l'œil d'une ou plusieurs fréquences d'ondes...) correspond à une séquences de virus (Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise...) de l'hépatite C (L’hépatite C est une maladie infectieuse transmissible par le sang et due au virus de...) issue d'une personne porteuse (Une porteuse est un signal sinusoïdal de fréquence et amplitude constantes. Elle est...). La nouvelle et l'ancienne épidémie sont indiquées par des codes couleurs. On voit bien les regroupements entre patients d'une épidémie donnée (Dans les technologies de l'information (TI), une donnée est une description élémentaire, souvent...).

Une des difficultés majeures dans le suivi des épidémies est que l'on n'en connaît souvent qu'une fraction. C'est le cas pour les virus de l'hépatite (L’hépatite (du grec hépar: foie) désigne toute inflammation aiguë ou...) C (VHC) ou de l'immunodéficience humaine (VIH) pour lesquels on parle même "d'épidémie cachée". En effet, beaucoup de personnes porteuses de ces virus ignorent qu'elles le sont. L'analyse des génomes viraux issus des personnes porteuses dépistées permet en partie de pallier à ce problème de suivi. En effet, les milliers de nucléotides d'une séquence génomique (La génomique est une discipline de la biologie moderne. Elle étudie le fonctionnement...) contiennent plus d'informations. Pour deux virus isolés de patients différents, plus ces séquences sont ressemblantes, plus les personnes sont proches dans la chaîne (Le mot chaîne peut avoir plusieurs significations :) de transmission. Avec le VHC, qui est l'un des virus humains qui accumule le plus vite des mutations dans son génome (Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une...), l'information est particulièrement riche.

Des chercheurs ont analysé les séquences issues de patients dépistés à Lyon entre 2011 et 2018. Ces séquences reflètent l'existence de deux épidémies: l'une, observée depuis des dizaines d'années, et circulant beaucoup parmi les personnes s'injectant des drogues en intraveineuse et coinfectées par le VIH, l'autre, plus récente, touchant principalement les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) et séronégatifs. L'analyse phylodynamique a révélé plusieurs enseignements. D'une part, il existe très peu de contacts entre les deux épidémies. D'autre part, le VHC semble en ce moment se propager bien plus rapidement chez les HSH avec un temps (Le temps est un concept développé par l'être humain pour appréhender le...) de doublement de l'épidémie de 4 mois (Le mois (Du lat. mensis «mois», et anciennement au plur. «menstrues») est une période de temps...) environ contre plus de 4 ans pour l'épidémie touchant les consommateurs de drogues. Ces résultats seraient extrêmement compliqués, voire impossibles, à obtenir sans l'information contenue dans les séquences génétiques.

Ces travaux ouvrent plusieurs pistes de recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue...) pour utiliser au mieux les différents types de données disponibles, c'est-à-dire non seulement les séquences génétiques mais aussi par exemple les données d'incidence. Au niveau de la santé publique (La santé publique peut être définie de diverses manières. On peut en effet la...), des études complémentaires sur le terrain suivant en priorité des communautés plus à risque permettraient de valider ces résultats. Plus généralement, ces travaux renforcent l'approche consistant à traiter les infections par le VHC dès leur dépistage (Le dépistage, en médecine, consiste en la recherche d'une ou de plusieurs maladies ou...) sans attendre que les patients soient en phase (Le mot phase peut avoir plusieurs significations, il employé dans plusieurs domaines et...) chronique.

Ces travaux ont été soutenus par la fondation pour la recherche médicale (La recherche médicale se divise en recherche fondamentale et clinique.) (FRM).

Laboratoire du CNRS impliqué:
- Maladies infectieuses et vecteurs: écologie, génétique (La génétique (du grec genno γεννώ = donner naissance) est...), évolution et contrôle (Le mot contrôle peut avoir plusieurs sens. Il peut être employé comme synonyme d'examen, de...) (MIVEGEC - CNRS / IRD / Université (Une université est un établissement d'enseignement supérieur dont l'objectif est la...) de Montpellier)

Référence:
Gonché Danesh, Victor Virlogeux, Christophe Ramière, Caroline Charre, Laurent Cotte, Samuel Alizon (2021) Quantifying transmission dynamics of acute hepatitis C virus infections in a heterogeneous population using sequence data. PLoS Pathogens, in press.

Contacts:
- Samuel Alizon - Maladies Infectieuses et Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle ( MIVEGEC - CNRS / IRD / Université de Montpellier ) - samuel.alizon at cnrs.fr
- Katia Grucker - Correspondant communication (La communication concerne aussi bien l'homme (communication intra-psychique, interpersonnelle,...) - Maladies Infectieuses et Vecteurs: Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle ( MIVEGEC - CNRS / IRD / Université de Montpellier ) - katia.grucker at ird.fr
Cet article vous a plu ? Vous souhaitez nous soutenir ? Partagez-le sur les réseaux sociaux avec vos amis et/ou commentez-le, ceci nous encouragera à publier davantage de sujets similaires !
Page générée en 0.007 seconde(s) - site hébergé chez Contabo
Ce site fait l'objet d'une déclaration à la CNIL sous le numéro de dossier 1037632
Ce site est édité par Techno-Science.net - A propos - Informations légales
Partenaire: HD-Numérique