Nouvelle lignée génétique du virus Ebola chez les grands singes
Publié par Michel le 15/11/2007 à 00:00
Source: Institut de Recherche pour le Développement. Droits réservés.
Illustration: Wikipedia
Parmi les différentes espèces connues de virus Ebola, l'espèce Zaïre (ZEBOV) reste la plus virulente. A elle seule, elle est en effet responsable de 88 % des décès humains par fièvre hémorragique répertoriés depuis la découverte d'Ebola en 1976. C'est cette même espèce (Dans les sciences du vivant, l’espèce (du latin species, « type » ou « apparence ») est le taxon de base de la...) qui est d'ailleurs impliquée dans l'épidémie qui sévit depuis deux mois (Le mois (Du lat. mensis «mois», et anciennement au plur. «menstrues») est une période de temps arbitraire.) en République démocratique du Congo (RDC). Malgré les nombreuses données (Dans les technologies de l'information (TI), une donnée est une description élémentaire, souvent codée, d'une chose, d'une transaction d'affaire,...) scientifiques recueillies lors des épidémies précédentes, la communauté scientifique (Un scientifique est une personne qui se consacre à l'étude d'une science ou des sciences et qui se consacre à l'étude d'un domaine avec la rigueur et les méthodes scientifiques.) internationale n'est toujours pas parvenue à déterminer le cheminement évolutif du virus (Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise les constituants pour se multiplier. Les virus existent sous une forme...) Ebola et plus particulièrement de l'espèce ZEBOV.

Les investigations sont notamment limitées par la faible quantité (La quantité est un terme générique de la métrologie (compte, montant) ; un scalaire, vecteur, nombre d’objets ou d’une autre manière de dénommer la valeur d’une collection ou un...) de données disponibles. Seules 12 séquences de gènes codant pour la glycoprotéine (GP), structure moléculaire permettant au virus de pénétrer une cellule avant de l'infecter, ont pour l'instant (L'instant désigne le plus petit élément constitutif du temps. L'instant n'est pas intervalle de temps. Il ne peut donc être...) été identifiées. De plus, ces séquences isolées entre 1976 et 2001 chez l'être humain semblent appartenir à une seule et même lignée génétique (La génétique (du grec genno γεννώ = donner naissance) est la science qui étudie l'hérédité et les gènes.) ayant pour origine la première épidémie répertoriée en RDC en 1976. Cette uniformité génétique apparente laissait donc supposer que les épidémies survenues depuis 1976 dériveraient toutes de la première. Mais les récentes découvertes d'une équipe de l'IRD et du CIRMF remettent en cause cette hypothèse.


La nouvelle espèce de virus Ebola baptisée souche B
a été identifiée chez six gorilles

Entre 2001 et 2006, ces scientifiques ont effectivement découvert au Gabon et en République du Congo 47 cadavres d'animaux. Parmi eux figuraient 18 dépouilles de gorilles et 5 de chimpanzés. A cause de la rapide décomposition (En biologie, la décomposition est le processus par lequel des corps organisés, qu'ils soient d'origine animale ou végétale dès l'instant qu'ils...) tissulaire qui suit le décès, la recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances scientifiques. Par extension métonymique, la...) de séquences d'ARN codant pour la GP n'a pu être concluante que pour 6 gorilles et un chimpanzé (Le terme chimpanzé désigne aujourd'hui deux espèces de grands singes qui forment la tribu des Panines (genre Pan), membres de la famille des Hominidés et de l'ordre des primates . Ces anthropoïdes...). Leur analyse phylogénétique a néanmoins permis de révéler que le virus qui avait contaminé les sept primates (Les primates (du latin primas, atis signifiant « celui qui occupe la première place ») constituent un ordre au sein des mammifères placentaires. Ce clade regroupe les singes - dont l'homme -...) appartenait à une nouvelle lignée génétique de l'espèce Zaïre. Baptisée B, celle-ci présente entre 2 et 3 % de divergence génétique avec la lignée A dans laquelle les scientifiques rangeaient jusqu'à présent l'ensemble (En théorie des ensembles, un ensemble désigne intuitivement une collection d’objets (les éléments de l'ensemble), « une multitude qui peut...) des virus recueillis chez l'homme (Un homme est un individu de sexe masculin adulte de l'espèce appelée Homme moderne (Homo sapiens) ou plus simplement « Homme ». Par distinction, l'homme...). Pour les besoins de cette étude, les séquences GP des souches virales responsables des épidémies humaines répertoriées depuis 2001 ont elles aussi été passées au crible de l'analyse phylogénétique. Jusqu'en 2003, celle-ci confirme que les souches virales appartiennent bien à la lignée A. En revanche, la caractérisation puis l'analyse phylogénétique des souches virales impliquées dans les deux dernières épidémies humaines survenues en République du Congo (Mandza en novembre 2003 et Etoumbi en mai 2005) prouvent que ces souches appartiennent à la lignée B.

L'équipe de scientifiques a donc voulu pousser ses investigations un peu plus loin. Une analyse phylogénétique similaire menée à partir d'une autre séquence du génome (Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce codé dans son ADN (à l'exception de certains virus dont le...) viral, codant cette fois-ci pour la nucléoprotéine (NP 1), leur a permis de conclure que les souches virales responsables des épidémies humaines survenues entre 2001 et 2003 se positionnent toutes dans la lignée B. D'après les chercheurs de l'IRD, ces résultats en apparence contradictoires apporteraient en fait la preuve que les souches sauvages du virus Ebola ont la capacité d'échanger du matériel génétique via des phénomènes de recombinaison. Alors que ce processus est aujourd'hui bien connu pour les virus à ARN positif (1) comme le VIH, il est beaucoup plus rare pour les virus à ARN négatif auxquels appartiennent les Filoviridae (Ebola, Marburg). Ce phénomène de recombinaison génétique, jamais décrit dans cette famille de virus, apporte des éléments nouveaux quant aux modalités d'émergence du virus Ebola chez l'homme et les grands singes. Il suggère également que des souches beaucoup moins pathogènes encore inconnues à ce jour (Le jour ou la journée est l'intervalle qui sépare le lever du coucher du Soleil ; c'est la période entre deux nuits, pendant laquelle les rayons du Soleil éclairent le ciel. Son début (par rapport à minuit heure locale) et...) circuleraient dans la nature.

D'après les estimations des chercheurs, ces événements recombinants sont survenus entre 1996 et 2001. Ils auraient notamment donné naissance aux virus responsables des épidémies apparues au Gabon et en République du Congo entre 2001 et 2003. Or si les recombinaisons génétiques font effectivement partie de l'arsenal du virus Ebola, cet élément doit être pris en compte dans la perspective d'élaborer des vaccins vivants atténués comme stratégie (La stratégie - du grec stratos qui signifie « armée » et ageîn qui signifie « conduire » - est :) de prévention (La prévention est une attitude et/ou l'ensemble de mesures à prendre pour éviter qu'une situation (sociale, environnementale, économique..) ne se dégrade, ou qu'un accident, une...) des épidémies de fièvres hémorragiques. Dans un tel contexte (Le contexte d'un évènement inclut les circonstances et conditions qui l'entourent; le contexte d'un mot, d'une phrase ou d'un texte inclut les mots qui l'entourent. Le concept de contexte issu traditionnellement de...) ce type de vaccins, dont le principe fondamental consiste à provoquer une vive réaction immunitaire chez un patient (Dans le domaine de la médecine, le terme patient désigne couramment une personne recevant une attention médicale ou à qui est prodigué un soin.) en lui inoculant un virus dont le pouvoir pathogène (Le terme pathogène (du grec παθογ?νεια ! « naissance de la douleur ») signifie : qui entraîne une maladie. Les germes pathogènes ou les bactéries...) a été fortement atténué, risquerait d'engendrer des effets inattendus. Le virus atténué pourrait par exemple s'hybrider avec l'une des souches sauvages du virus Ebola et ainsi donner naissance à un nouveau virus pathogène. Afin de mieux caractériser ce phénomène, les chercheurs veulent désormais localiser précisément l'endroit du génome où s'est produit cet échange de matériel génétique entre les deux lignées du virus. Pour cela, ils doivent encore obtenir la cartographie (La cartographie désigne la réalisation et l'étude des cartes géographiques. Le principe majeur de la cartographie est la représentation de données sur un support réduit représentant un...) génétique complète des différentes souches virales.

Note:
(1) Le génome des virus à ARN peut être codé dans deux directions différentes. Soit les gènes sont stockés dans la direction 5'- >3' (polarité positive ou +), comme cela est la cas avec l'ARN messager contenu dans nos cellules, soit ils sont stockés dans la direction opposée (polarité négative ou -).


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