La Promenade niçoise du variant anglais

Publié par Isabelle le 01/09/2021 à 13:00
Source: CNRS INSB

© Métropole Nice Côte d'Azur
Cet article, publié dans la revue Lancet Regional Health Europe, détaille la dissémination du variant "anglais" (alpha) du SARS-CoV-2 à l'intérieur de la ville de Nice au début de l'année (Une année est une unité de temps exprimant la durée entre deux occurrences d'un évènement lié...) 2021. Les chercheurs ont analysé les eaux usées d'une vingtaine de points de la ville (Une ville est une unité urbaine (un « établissement humain » pour...) par séquençage (En biochimie, le séquençage consiste à déterminer l'ordre linéaire des...) d'ARN. Cela leur a permis de dresser une carte de la composition en différents variants présents sur le territoire (La notion de territoire a pris une importance croissante en géographie et notamment en...). De telles approches peuvent fournir à l'avenir de précieuses informations épidémiologiques.

Le génome (Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une...) du virus (Un virus est une entité biologique qui nécessite une cellule hôte, dont il utilise...) SARS-CoV-2 contient environ 30000 ribonucléotides. Les progrès des méthodes de séquençage ont permis aux scientifiques de traquer les différents variants du virus du SARS-CoV-2 dans les eaux usées de la ville de Nice afin de quantifier le niveau du virus et déterminer la nature d'éventuels variants. Le virus étant détecté dans les selles des personnes infectées, les scientifiques ont voulu voir dans quelle mesure des quantifications effectuées dans des eaux usées de différents quartiers d'une ville pouvait refléter ce qui se passait en surface (Une surface désigne généralement la couche superficielle d'un objet. Le terme a...). Ainsi, tester ce qui se passe dans les réseaux d'assainissement (L’assainissement est un processus par lequel des personnes peuvent vivre dans un...) pourrait donner une image plus complète de ce qui se passe dans toute la population, en criblant aussi bien les personnes symptomatiques que les asymptomatiques.

Avec l'aide des services de la Métropole (Une métropole (du grec mêtêr, mère, et polis, ville) est la ville principale...) de Nice, les chercheurs ont collecté des eaux usées provenant de 20 quartiers différents de la ville. Cela a permis de vérifier la bonne correspondance (La correspondance est un échange de courrier généralement prolongé sur une longue période. Le...) existant entre ce qui était mesuré en sous-sol et ce que voyaient les biologistes médicaux lors de leurs tests individuels sur des patients. Des informations très précises sur les différents variants qui circulaient ont pu être collectées permettant, dès la fin de l'année 2020, d'identifier très tôt la présence de variants "à risque" dans certains quartiers de la ville.

Ce séquençage a permis de révéler en janvier dernier l'émergence dans un des quartiers de la ville d'un variant particulier de la lignée alpha, porteur d'une mutation A522S sur la spicule. Ce variant n'avait été détecté que chez moins de 2% de tous les virus B.1.1.7, mais c'est pourtant lui qui s'est rapidement répandu dans toute la ville pour devenir largement majoritaire dans toute la ville à partir du mois (Le mois (Du lat. mensis «mois», et anciennement au plur. «menstrues») est une période de temps...) de février. D'autres variants préoccupants (B.1.351, P.1) ont également été détectés dans certains quartiers, mais toujours à une faible fréquence (En physique, la fréquence désigne en général la mesure du nombre de fois qu'un...). Une comparaison avec les échantillons cliniques individuels collectés au cours de la même semaine a démontré la bonne correspondance existant entre le séquençage des eaux usées et les tests individuels, puisque ces 2 approches identifiaient les mêmes lignées.

Le séquençage des eaux usées a permis de documenter de façon très précise la diversité des séquences du SARS-CoV-2 présentes dans différents quartiers, notamment certains où des niveaux de virus bien au-dessus de la moyenne (La moyenne est une mesure statistique caractérisant les éléments d'un ensemble de...) sont mesurés. L'intérêt de ces techniques de séquençage est de pouvoir suivre l'évolution du virus plus rapidement qu'avec des approches de PCR quantitative qui réclament la mise en place de nouveaux kits possédant de nouvelles amorces d'amplification (On parle d'amplificateur de force pour tout une palette de systèmes qui amplifient les...) chaque fois que de nouvelles variations apparaissent. Au vu des progrès faits en séquençage, il est donc envisageable que la PCR soit remplacée un jour (Le jour ou la journée est l'intervalle qui sépare le lever du coucher du Soleil ; c'est la...) par du séquençage.

Cette démarche générique d'analyse des eaux usées peut aussi être adaptée à d'autres virus que le SARS-CoV-2 et permettre de réaliser un suivi très complet d'une population, même dans une ville assez grande, et tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprété comme le monde ou...) cela à des coûts très raisonnables. Cela peut constituer un outil (Un outil est un objet finalisé utilisé par un être vivant dans le but d'augmenter son...) "micro-épidémiologique" très utile pour suivre la dissémination d'agents pathogènes sur un territoire lors d'épisodes pandémiques et/ou épidémiques.


Evolution du pourcentage de variant alpha du SARS-CoV-2 par rapport à la quantité (La quantité est un terme générique de la métrologie (compte, montant) ; un scalaire,...) totale du virus. Les mesures ont été effectuées par séquençage entre décembre 2020 et février 2021, montrant la propagation de ce variant à l'intérieur de la ville de Nice. Initialement absent en décembre, il est identifié dans un quartier à l'ouest (L’ouest est un point cardinal, opposé à l'est. C'est la direction vers laquelle se...) de la ville en janvier, puis dans toute la ville en février.
© Franck Aguila & Pascal Barbry

Pour en savoir plus:
Monitoring SARS-CoV-2 variants alterations in Nice neighborhoods by wastewater nanopore sequencing.
Géraldine Rios, Caroline Lacoux, Vianney Leclercq, Anna Diamant (Le diamant est un minéral composé de carbone (tout comme le graphite et la...), Kévin Lebrigand, Adèle Lazuka, Emmanuel Soyeux, Sébastien Lacroix, Julien Fassy, Aurélie Couesnon, Richard Thiery, Bernard Mari, Christian Pradier, Rainer Waldmann, Pascal Barbry.
Lancet Regional Health Europe (L’Europe est une région terrestre qui peut être considérée comme un...). 16 Août 2021 DOI: https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2021.100202

laboratoire:
Institut de pharmacologie (La pharmacologie est une discipline scientifique du vivant, subdivision de la biologie, qui...) moléculaire et cellulaire (IPMC) et Institut (Un institut est une organisation permanente créée dans un certain but. C'est...) interdisciplinaire (Un travail interdisciplinaire intègre des concepts provenant de différentes disciplines.) en intelligence artificielle (L'intelligence artificielle ou informatique cognitive est la « recherche de moyens...) de la Côte d'Azur (3IA Côte d'Azur, Université (Une université est un établissement d'enseignement supérieur dont l'objectif est la...) Côte d'Azur/CNRS) - 660, route (Le mot « route » dérive du latin (via) rupta, littéralement « voie...) des lucioles. F06560 Sophia Antipolis (Sophia Antipolis est une technopole située dans une pinède de 2 400 hectares sur les...).

Contact:
Pascal Barbry - Chercheur (Un chercheur (fem. chercheuse) désigne une personne dont le métier consiste à faire de la...) CNRS (Le Centre national de la recherche scientifique, plus connu sous son sigle CNRS, est le plus grand...) à l'Institut de pharmacologie moléculaire et cellulaire (IPMC) - barbry at ipmc.cnrs.fr
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