Plus encore que le lamantin, qui appartient au même ordre des siréniens, cette espèce est menacée. Elle est fréquemment blessée par les hélices des embarcations à moteur et parfois chassée pour sa viande. Ses habitats côtiers sont en réduction, en particulier du fait du tourisme, de la pollution et de l'urbanisation des côtes.
Le taux de reproduction est bas — un petit tous les quatre ou cinq ans — et la maturité sexuelle tardive : vers 10 ans.
Les populations mondiales sont en chute rapide.
« On ne connaît pas de façon extrêmement précise la population globale des dugongs, mais quelques pays disposent de chiffres fiables : il en resterait environ 70 000 dans le Nord de l’Australie et 6 000 dans le golfe Persique, les deux seules régions du monde, au dire des spécialistes, où l’espèce a de véritables chances de survie à moyen terme. Ailleurs, ils ne se comptent que par petites populations résiduelles, une centaine au Mozambique, une cinquantaine au Kenya par exemple, quelques dizaines en Malaisie (ces chiffres sont incertains). Il est considéré aujourd’hui comme le mammifère marin le plus menacé, et dans de nombreux pays, comme les Maldives ou Maurice, le dugong n’est déjà plus qu’un souvenir. »
Le dugong a aussi peuplé la Méditerranée dans des temps reculés, bien qu'aucun individu n'y évolue actuellement, peut-être à cause d'une chasse excessive de la part de l'homme.
L'animal est officiellement intégralement protégé, et placé en annexe 1 de la CITES.
Le dugong n'a pas toujours été le seul représentant de sa famille. Il y a également eu une autre espèce de dugongidés, qui a disparu au XVIII siècle, exterminée par l'homme quelques années après sa découverte : Hydrodamalis gigas ou rhytine de Steller, qui mesurait environ 7 à 8 mètres de long.
