La structure de l'enseignement de l'EPT sur la base de modules dont certains sont obligatoires et d'autres optionnels et sélectionnés sur une liste proposée aux étudiants. Chacun peut en choisir, selon ses préférences, à partir du sixième trimestre de son cursus. Ces options constituent plus d'un quart des modules suivis, de façon à ce que chaque ingénieur polytechnicien ait un profil le plus individualisé possible. Cette structure permet également à l'EPT d'évoluer constamment pour s'adapter aux évolutions de l'enseignement supérieur.
Les modules obligatoires couvrent quant à eux les cinq premiers trimestres, ce qui représente les deux-tiers de la durée totale du cursus si l'on excepte le projet de fin d'études. Ces enseignements incluent les sciences sociales et l'économie, la chimie, la littérature et l'algèbre. Par ailleurs, des cours intensifs en français et anglais sont donnés durant les deux premières années.
Les options spécialisées se répartissent sur deux trimestres et demi d'enseignements et un trimestre et demi pour ce qui concerne le projet de fin d'études. Parmi les options disponibles figurent :
- « Économie et gestion scientifiques » destiné à former des ingénieurs économiques et des managers possédant une large culture technique et scientifique ainsi qu'une capacité d'analyse économique et financière ;
- « Mécanique et structures » destiné à orienter les étudiants vers l'ingénierie civile et l'industrie mécanique ;
- « Signaux et systèmes » destiné à former dans les domaines de l'électronique, de l'informatique et des communications.
Dans tous les cas, le caractère général des études est préservé car l'option choisie par l'étudiant n'est pas spécifiée sur le diplôme final. Deux stages sont aussi prévus dans des entreprises, le premier au cours du troisième trimestre et le second au cours du septième trimestre. Les étudiants sont appelés à prendre part à d'autres stages chaque fois que cela est requis.
