Fischer étudie dans un Gymnasium dans une filière « humaniste » (littéraire avec latin et grec). Il passe son Matura (examen de fin d'études secondaires) en 1956, puis il étudie le droit à l'Université de Vienne, où il obtient un doctorat en 1961. En 1963, à l'âge de 25 ans, Fischer a passé un an en tant que bénévole dans le Kibbutz Sarid (Israël).
En même temps que sa carrière politique, il mène une carrière universitaire, devenant Professeur de science politique à l'Université d'Innsbruck en 1993.
En 1971, Fischer est élu député au Conseil national (Nationalrat) autrichien, poste qu'il conserve jusqu'en 2004. Il présidait l'Assemblée depuis 1990.
De 1983 à 1987, il est ministre des Sciences dans un gouvernement de coalition menée par Fred Sinowatz. En janvier 2004, Fischer annonce sa candidature à la présidence fédérale. Le 25 avril 2004, il est élu président de la République d'Autriche et succède ainsi à Thomas Klestil. Candidat du Parti social-démocrate d'Autriche (SPÖ), il bat avec 52% des voix Benita Ferrero-Waldner, la ministre des Affaires étrangères qui faisait partie de la coalition gouvernementale menée par le Parti du peuple autrichien (ÖVP, conservateur). Il prète serment le 8 juillet 2004, reprenant les fonctions présidentielles assurées à titre intérimaire par les présidents du Conseil national, après la mort subite de l'ancien président Klestil, le 6 juillet, deux jours avant la fin de son mandat.
Si certains le décrivent péjorativement comme un Berufspolitiker (politicien professionnel), qui n'a jamais connu le monde réel, d'autres critiques de Fischer comme son collègue universitaire Norbert Leser font remarquer qu'il a toujours évité les controverses et les conflits, même quand il aurait eu raison d'y participer. Un exemple fréquemment cité à ce propos est son soutien tacite des attaques de Bruno Kreisky contre Simon Wiesenthal. Détestant la division, le président Fischer a appelé dans son discours d'investiture l'Autriche à poursuivre l'unité européenne, source de paix selon lui.
Fischer, qui se déclare agnostique, est marié depuis 1968. Sa femme et lui ont deux enfants adultes. Fischer est un fervent alpiniste et est président de l'organisation autrichienne Naturfreunde (les amis de la nature) depuis de nombreuses années.
