Le métro de Boston circule en souterrain dans le centre-ville et en surface sur le reste du réseau avec des croisements à niveau. Il comprend trois lignes désignées par leur couleur : Rouge, Bleu, et Orange.
- La ligne rouge fait 33 kilomètres de long dont 14 en souterrain. Elle comprend vingt-deux stations et est constituée d'un tronc commun qui se divise en deux branches, l'une vers Ashmont l'autre vers Baintree. La voie est d'une longueur de 28,3 km sur une branche (parcourue en 48 minutes) et de 18,8 km sur l'autre branche (parcourue en 37 minutes). La ligne rouge traverse la Charles River sur le pont Longfellow bridge pour desservir l'université d'Harvard, dont la couleur rouge du blason donne le nom à la ligne. Au sud, à son terminus d'Ashmont, la ligne est prolongée jusqu'à Matapan par une ligne de tramway.
- La ligne orange fait 18 km de long, comprend dix-neuf stations et est parcourue en 33 minutes. Elle comprend 3 km en souterrain et 7,5 km en viaduc. La ligne orange tient son nom de Orange Street le long duquel elle circulait avant que celle-ci soit rebaptisée Wahington Street.
- La ligne bleue (qui tient son nom de la couleur des eaux du port qu'elle dessert) fait 9,6 km (dont 3,4 km en souterain) et comprend douze stations ; elle est parcourue en 23 minutes. Elle passe sous le port de Boston pour réaliser la desserte de l'aéroport de Boston.
Il existe aussi un ligne verte, qui est en fait une ligne de tramway qui circule en souterrain dans le centre ville. Elle fait 41 km, dont 8 km en souterrain et 2,1 km en viaduc, et comporte soixante-dix arrêts. Elle comprend quatre branches dans sa partie ouest.
Le réseau complet en prenant en compte la ligne verte mesure 101,5 km.