L'île est probablement abordée par le navigateur portugais Pedro Fernandes de Queirós lors de son voyage de 1606. La première notification de cet atoll a été faite par Philip Carteret le 12 juillet 1767 qui le qualifie de « the southernmost island ». Le 6 mars 1803, John Turnbull la renomme « Île Margaret » d'après le nom de son navire. L'atoll a été visité par l'expédition Wilkes le 6 janvier 1841. C'est lui qui reporte le premier le nom local de Nukutipipi donné par les indigènes.
En 1981, un petit aérodrome a été construit sur l'île par Jean-Pierre Fourcade, un négociant en perles. Le 13 janvier 2007, le Conseil des ministres de la Polynésie française vote un budget de 900 millions de francs pacifiques (7,5 millions d'euros) d'investissement dans un projet touristique à Nukutepipi visant à créer un centre de villégiature sur 60 ha pouvant accueillir de 25 à 40 personnes. La totalité de l'atoll a été auparavant acquis par un promoteur privé pour 600 millions de XFP auprès d'une compagnie japonaise, propriétaire du sol depuis 1991.
