Les TurboStations TS-x09 intègrent une distribution particulière de Linux (ARM), qui offre une assez grande liberté en matière de personnalisation. Il est ainsi possible d'installer de nouvelles applications sur la machine, afin de l'adapter à un usage particulier. Depuis la version 2.1.0 Build 0624 du firmware, l'interface d'administration des TurboStations intègre un gestionnaire de paquets basé sur IPKG. Il permet d'installer ou de désinstaller des applications officiellement supportées par Qnap: