L'ADN ancien révèle de nouvelles branches dans l'arbre de la famille de Dénisova
Publié par Redbran le 17/04/2019 à 14:00
Source: CNRS INEE

Il est maintenant largement accepté que les hommes anatomiquement modernes se sont hybridés avec leurs parents proches, les Néandertaliens et les Dénisoviens, lors de leur dispersion hors d'Afrique. Aujourd'hui, une équipe internationale de recherche (La recherche scientifique désigne en premier lieu l’ensemble des actions entreprises en vue de produire et de développer les connaissances scientifiques. Par extension métonymique, la recherche...), incluant le Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB - CNRS/Université de Toulouse III Paul Sabatier/IRD) apporte des résultats surprenants sur ce chapitre méconnu de l'histoire de notre espèce (Dans les sciences du vivant, l’espèce (du latin species, « type » ou « apparence ») est le taxon de base de la systématique. L'espèce est un concept flou dont...). Cette nouvelle étude, à paraitre dans le journal Cell le 11 avril 2019, porte sur des fragments d'ADN de populations humaines vivant actuellement dans les îles d'Asie (L'Asie est un des cinq continents ou une partie des supercontinents Eurasie ou Afro-Eurasie de la Terre. Il est le plus grand continent (8,6 % de la surface...) du Sud-Est (Le sud-est est la direction à mi-chemin entre les points cardinaux sud et est. Le sud-est est opposé au nord-ouest.) et de Nouvelle-Guinée (La Nouvelle-Guinée est une île de l'Océanie proche l'ouest de l'océan Pacifique.). Elle met en évidence une transmission de gènes de ces anciens homininés et précise que les ancêtres des Papous possèdent dans leur génome (Le génome est l'ensemble du matériel génétique d'un individu ou d'une espèce codé dans son ADN (à l'exception de certains virus dont le...) les traces (TRACES (TRAde Control and Expert System) est un réseau vétérinaire sanitaire de certification et de notification basé sur internet sous la responsabilité de la Commission européenne dans le cadre du premier pilier de...) non pas d'une, mais de deux lignées distinctes de Dénisoviens, qui auraient divergé il y a plusieurs centaines de milliers d'années. Les chercheurs suggèrent également que l'une de ces lignées dénisoviennes est si différente (En mathématiques, la différente est définie en théorie algébrique des nombres pour mesurer l'éventuel défaut de dualité d'une application définie à l'aide de la...) des autres qu'elle devrait être considérée comme une nouvelle espèce d'homininés archaïques.

En prenant en compte les études précédentes - qui ont identifié une troisième lignée de Dénisoviens dans les génomes actuels des Sibériens, Amérindiens et des Est-Asiatiques - tout (Le tout compris comme ensemble de ce qui existe est souvent interprété comme le monde ou l'univers.) "suggère que les hommes modernes se sont hybridés avec différentes populations de Denisova, qui étaient géographiquement isolées les unes des autres depuis un temps suffisant pour s'être génétiquement différenciées" indiquent les chercheurs.

Ces nouvelles découvertes montrent que les hommes modernes dans leur dispersion (La dispersion, en mécanique ondulatoire, est le phénomène affectant une onde dans un milieu dispersif, c'est-à-dire dans lequel les différentes fréquences constituant...) hors d'Afrique (D’une superficie de 30 221 532 km2 en incluant les îles, l’Afrique est un continent couvrant 6 % de la surface terrestre et 20,3 % de la surface des terres émergées. Avec une population de...) ont été pour la première fois confrontés à un nouvel environnement (L'environnement est tout ce qui nous entoure. C'est l'ensemble des éléments naturels et artificiels au sein duquel se déroule la vie humaine. Avec les enjeux écologiques actuels, le terme environnement tend actuellement...) très différent de celui que nous connaissons aujourd'hui. "Nous pensions qu'il n'y avait que nous - hommes modernes - et les Néandertaliens", commente l'auteur Murray P Cox de l'université (Une université est un établissement d'enseignement supérieur dont l'objectif est la production du savoir (recherche), sa conservation et sa transmission...) de Massey en Nouvelle Zélande. "Nous savons maintenant qu'il y avait une grande diversité de groupes de type "humain" présents sur le globe. Nos ancêtres les rencontraient en permanence".


Schéma synthétique de la rencontre et du mélange entre les groupes de Denisova et les Hommes modernes © Georgi Hudjashov

Cette nouvelle étude montre de manière inattendue, une hybridation supplémentaire entre les Papous et un des groupes de Denisova, suggérant que ce dernier vivait en Nouvelle-Guinée ou dans les îles proches. "Les gens pensent en général que les Dénisoviens vivaient très au nord sur le continent (Le mot continent vient du latin continere pour « tenir ensemble », ou continens terra, les « terres continues ». Au sens propre, ce terme désigne une vaste étendue continue de terre à...) Asiatique" explique François-Xavier Ricaut, chercheur (Un chercheur (fem. chercheuse) désigne une personne dont le métier consiste à faire de la recherche. Il est difficile de bien cerner le métier de chercheur tant...) CNRS (Le Centre national de la recherche scientifique, plus connu sous son sigle CNRS, est le plus grand organisme de recherche scientifique public français...) au laboratoire Evolution et Diversité Biologique de Toulouse. "Nos travaux montrent en fait que le centre de la diversité de ces homininés archaïques n'était pas l'Europe ou le Grand Nord, mais l'Asie tropicale".

Il était déjà évident que les îles d'Asie du Sud-Est et de Nouvelle-Guinée représentaient un lieu particulier, avec des individus ayant davantage d'ADN de ces homininés archaïques que n'importe où ailleurs sur Terre (La Terre est la troisième planète du Système solaire par ordre de distance croissante au Soleil, et la quatrième par taille et par masse...). La région devient essentielle afin de comprendre l'évolution d'Homo (Homo est le genre qui réunit l'Homme moderne et les espèces apparentées. Le genre apparaît entre environ 2,5 et 2 Ma. Toutes les espèces sont éteintes sauf Homo sapiens ; les...)sapiens en dehors d'Afrique et de nouveaux chapitres inconnus de cette histoire s'ouvrent désormais.

Pour mettre en lumière (La lumière est l'ensemble des ondes électromagnétiques visibles par l'œil humain, c'est-à-dire comprises dans des longueurs d'onde de 380nm (violet) à 780nm...) cette histoire inédite, cette équipe internationale a extrait les haplotypes archaïques de 161 génomes humains provenant de 14 îles d'Asie du Sud-Est et de Nouvelle-Guinée. Leurs analyses ont révélé de grands fragments d'ADN dont la présence ne peut s'expliquer par un seul événement d'introgression entre Denisova et l'Homme (Un homme est un individu de sexe masculin adulte de l'espèce appelée Homme moderne (Homo sapiens) ou plus simplement « Homme ». Par...) moderne dans la région. En effet, les populations actuelles papoues possèdent des centaines de variants génétiques provenant de deux lignées dénisoviennes profondément divergentes, qui se seraient séparées l'une de l'autre il y a plus de 350 mille ans.

En dépit de l'importance et de l'innovation de ces travaux, les chercheurs soulignent le manque d'investissement de recherche engagé jusqu'à présent dans cette partie du monde (Le mot monde peut désigner :). Afin d'illustrer ce faible investissement vis-à-vis du fort potentiel de recherche, notons que de nombreux participants de l'étude vivent en Indonésie (L'Indonésie, officiellement la République d'Indonésie (en indonésien Republik Indonesia), est un pays transcontinental d'Asie du Sud-Est et d'Océanie. Avec plus de 17 500 îles, il s'agit du plus...), pays (Pays vient du latin pagus qui désignait une subdivision territoriale et tribale d'étendue restreinte (de l'ordre de quelques centaines de km²), subdivision de la civitas gallo-romaine. Comme la civitas qui...) de même superficie (L'aire ou la superficie est une mesure d'une surface. Par métonymie, on désigne souvent cette mesure par le terme « surface » lui-même (par...) que l'Europe avec la quatrième population mondiale (La population mondiale désigne le nombre d'êtres humains vivant sur Terre à un instant donné. Elle est estimée à 6,793 milliards au 1er janvier 2010, alors qu'elle était...).

En effet, à part quelques génomes reportés dans une étude sur la diversité globale publiée en 2016^1 dans la revue Nature, ce nouvel article est le premier à rendre compte d'une diversité représentative de génomes indonésiens. Par ailleurs, un fort biais a existé dans les études des homininés archaïques, celles-ci ne se focalisant que sur l'Europe et le nord de l'Eurasie, l'ADN humain étant mieux conservé par le froid (Le froid est la sensation contraire du chaud, associé aux températures basses.). Cette approche a occulté la représentation globale à la fois dans les données (Dans les technologies de l'information (TI), une donnée est une description élémentaire, souvent codée, d'une chose, d'une transaction d'affaire, d'un événement, etc.) génomiques anciennes et modernes, expliquent les chercheurs. "Cependant, nous pensons que nous n'avons pas encore réalisé l'importance du biais que cela introduit dans les interprétations scientifiques - comme ici, celle de la distribution géographique des populations d'homininés archaïques", rapportent MP Cox et FX Ricaut.

Référence publication
Multiple deeply divergent Denisovan ancestries in Papuans. Jacobs G, G Hudjashov, L Saag, P Kusuma, CC Darusallam, DJ Lawson, M Mondal, L Pagani, Ricaut F.-X., M Stoneking, M Metspalu, H Sudoyo, JS Lansing, MP Cox. 2019. Cell, 11 avril 2019.

Contact chercheur:
- François-Xavier Ricaut - Laboratoire Evolution et Diversité Biologique (EDB -CNRS/Université Toulouse III Paul Sabatier/IRD
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