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WinFS s'architecture comme une surcouche de l'actuel NTFS. En nouveauté, le classement des fichiers selon des paramètres internes comme leur contexte et leur contenu, et pas uniquement selon leur emplacement, type et nom comme c'est le cas actuellement. L'intérêt de ce nouveau système de stockage: une bien plus grande rapidité des recherches sur disque selon de multiples critères, de manière similaire à l'interrogation d'une grosse base de données.
Microsoft a annoncé que le portage du nouveau système de fichiers est prévu pour l'actuel Windows XP. Cette déclaration a lieu alors que le géant du logiciel annonçait voici quelques mois (lien) la très probable indisponibilité de WinFS pour la sortie de Windows Longhorn en 2006, causée par des retards de développement. Après l'interface graphique Avalon et le système de communication Indigo, il s'agit de la troisième grande fonctionnalité de Windows Longhorn à être portée sur Windows XP.