Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Apicomplexa (Sporozoa, Sporozoaires, Apicomplexés), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Apicomplexa ou Sporozoa ├─o Apicomonadea ou Colpodellidae ├─o Chromerida └─o ├─o Coccidiomorpha │ ├─o Hematozoa ou Aconoidasida │ │ ├─o Haemospora │ │ └─o Piroplasma │ └─o Coccidia └─o ├─o Cryptosporidium └─o Gregarinia
 Plasmodium sp. (Plasmodiidae), agent du paludisme |  Plasmodium vivax (Plasmodiidae), l'agent d'une des formes de paludisme |  Toxoplasma gondii (Conoida, Sarcocystidae), agent de la toxoplasmose |
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Apicomplexa. C'est manifestement une classification considérée comme transitoire.